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万見
- PDB-7kik: Wheat dwarf virus Rep domain circular permutation complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kik
タイトルWheat dwarf virus Rep domain circular permutation complexed with a single-stranded DNA 10-mer comprising the cleavage site and Mn2+
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
  • Replication-associated protein
キーワードREPLICATION/DNA / HUH-tag / HUH motif / Rep domain / viral protein / single stranded DNA / ssDNA / ssDNA binding / REPLICATION / DNA BINDING PROTEIN / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endodeoxyribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA replication / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus AL1 replication-associated protein, catalytic domain / Geminivirus AL1, replication-associated protein / Geminivirus AL1 replication-associated protein, CLV type / Geminivirus AL1 replication-associated protein, central domain / Geminivirus Rep catalytic domain / Geminivirus rep protein central domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Wheat dwarf virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Tompkins, K.J. / Gordon, W.R. / Shi, K. / Litzau, L.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM119483 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Watson-Crick Base-Pairing Requirements for ssDNA Recognition and Processing in Replication-Initiating HUH Endonucleases.
著者: Smiley, A.T. / Tompkins, K.J. / Pawlak, M.R. / Krueger, A.J. / Evans 3rd, R.L. / Shi, K. / Aihara, H. / Gordon, W.R.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication-associated protein
C: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6523
ポリマ－18,5982
非ポリマー551
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.252, 94.252, 50.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Replication-associated protein / Rep


分子量: 15594.540 Da / 分子数: 1 / 変異: Y22F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Wheat dwarf virus (ウイルス) / 遺伝子: rep / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F6N442, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*TP*AP*TP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 3003.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Wheat dwarf virus (ウイルス)
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Bis-tris, pH 6.2, 10% polyethylene glycol, 20% glycerol added to drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→66.65 Å / Num. obs: 22917 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 28.16 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.07361 / Rpim(I) all: 0.05003 / Rrim(I) all: 0.0894 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 1.73→1.792 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7564 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2283 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.923 / Rpim(I) all: 0.5207 / Rrim(I) all: 0.9219 / % possible all: 99.04

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6WE0

6we0


解像度: 1.73→66.65 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 1092 4.77 %
Rwork0.1559 21806 -
obs0.1574 22883 99.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.14 Å2 / Biso mean: 33.8815 Å2 / Biso min: 18.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.73→66.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数975 182 1 162 1320
Biso mean--29.19 47 -
残基数----131
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.73-1.810.54661260.37012684281098
1.81-1.90.3521240.2552719284399
1.9-2.020.23681520.19192707285999
2.02-2.180.21331410.15432707284899
2.18-2.40.20641490.16982707285699
2.4-2.740.19271340.149727472881100
2.75-3.460.16851140.14742764287899
3.46-66.650.14531520.12982771292398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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