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- PDB-7kia: Crystal structure of FGFR2 kinase domain gatekeeper mutant V564F ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kia
タイトルCrystal structure of FGFR2 kinase domain gatekeeper mutant V564F in complex with covalent compound 19
要素Fibroblast growth factor receptor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / FGFR kinase domain / FGFR / FGFR2 / FGFR3 / kinase inhibitor / covalent inhibitor / gatekeeper mutant / RTK
機能・相同性
機能・相同性情報


2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADP-reducing hydrogenase subunit HndA / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 24 Kd subunit signature. / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Chem-WFD / NADH-quinone oxidoreductase, E subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Ke, J. / Wibowo, A.S. / Carter, J.J. / Larsen, N.A.
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of Aminopyrazole Derivatives as Potent Inhibitors of Wild-Type and Gatekeeper Mutant FGFR2 and 3.
著者: Brawn, R.A. / Cook, A. / Omoto, K. / Ke, J. / Karr, C. / Colombo, F. / Virrankoski, M. / Prajapati, S. / Reynolds, D. / Bolduc, D.M. / Nguyen, T.V. / Gee, P. / Borrelli, D. / Caleb, B. / Yao, ...著者: Brawn, R.A. / Cook, A. / Omoto, K. / Ke, J. / Karr, C. / Colombo, F. / Virrankoski, M. / Prajapati, S. / Reynolds, D. / Bolduc, D.M. / Nguyen, T.V. / Gee, P. / Borrelli, D. / Caleb, B. / Yao, S. / Irwin, S. / Larsen, N.A. / Selvaraj, A. / Zhao, X. / Ioannidis, S.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0538
ポリマ－70,6552
非ポリマー1,3976
水4,017223
1
A: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0264
ポリマ－35,3281
非ポリマー6993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Fibroblast growth factor receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0264
ポリマ－35,3281
非ポリマー6993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.980, 117.300, 63.810
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: WFD / End label comp-ID: WFD / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 467 - 801 / Label seq-ID: 7

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - F

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.02345, 0.702223, 0.711571), (0.692307, -0.502077, 0.518296), (0.721222, 0.50478, -0.474379)-44.088268, 64.338814, -2.48915

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 2 / FGFR-2 / K-sam / KGFR / Keratinocyte growth factor receptor


分子量: 35327.656 Da / 分子数: 2 / 断片: Kinase domain, residues 461-768 / 変異: V564F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR2, BEK, KGFR, KSAM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21802, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-WFD / 1-[4-(4-{4-(4-methylpiperazin-1-yl)-6-[(3-methyl-1H-pyrazol-5-yl)amino]pyrimidin-2-yl}phenyl)piperidin-1-yl]prop-2-en-1-one


分子量: 486.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 12% w/v PEG 8000, 0.1M Sodium Citrate pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.92009 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→58.65 Å / Num. obs: 40121 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 298777 / Scaling rejects: 20
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.22-2.287.81.2422302529360.6360.4731.331.7100
9.93-58.656.50.04834795370.9970.020.05225.599.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RI1

3ri1


解像度: 2.22→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 6.154 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 2032 5.1 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2 38036 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.54 Å2 / Biso mean: 48.065 Å2 / Biso min: 22.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å2-0 Å20 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4605 0 100 223 4928
Biso mean--58.87 47.7 -
残基数----575
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0124841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.6676549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4475581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.09322.642246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48815878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2441530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023686
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2291 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.380.5
MEDIUM THERMAL5.732
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.278 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 159 -
Rwork0.294 2773 -
all-2932 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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