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- PDB-7ki5: Crystal structure of P[6] rotavirus vp8* in complex with LNT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ki5
タイトルCrystal structure of P[6] rotavirus vp8* in complex with LNT
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / Rotavirus / host receptor interaction / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / viral capsid / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Xu, S. / Kennedy, M.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis of P[II] rotavirus evolution and host ranges under selection of histo-blood group antigens.
著者: Xu, S. / McGinnis, K.R. / Liu, Y. / Huang, P. / Tan, M. / Stuckert, M.R. / Burnside, R.E. / Jacob, E.G. / Ni, S. / Jiang, X. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2138
ポリマ－74,1714
非ポリマー1,0424
水5,062281
1
A: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6932
ポリマ－18,5431
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2502
ポリマ－18,5431
非ポリマー7081
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6352
ポリマ－18,5431
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6352
ポリマ－18,5431
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.681, 75.354, 74.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Capsid protein


分子量: 18542.631 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 遺伝子: VP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91E88
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2/a4-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate,0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6,2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→74.38 Å / Num. obs: 92741 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 317719 / Scaling rejects: 276
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.52-1.63.40.6145238133350.8040.3870.7252.694.9
4.8-74.383.30.031994430230.9980.020.03727.996.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UT9

6ut9


解像度: 1.52→74.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.55 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 4797 5.2 %RANDOM
Rwork0.1741 ---
obs0.1753 87918 95.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74 Å2 / Biso mean: 19.943 Å2 / Biso min: 10.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.92 Å20 Å20.23 Å2
2--0.88 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.52→74.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5172 0 58 281 5511
Biso mean--50.12 29.11 -
残基数----631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135388
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2331.6627343
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2831.58311197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1235635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93624.306288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.77215870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9121516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.026089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021295
LS精密化 シェル解像度: 1.52→1.556 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 357 -
Rwork0.282 6319 -
obs--93.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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