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- PDB-7kgx: Structure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 4-(3-(2-me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgx
タイトルStructure of PQS Response Protein PqsE in Complex with 4-(3-(2-methyl-2-morpholinobutyl)ureido)-N-(thiazol-2-yl)benzamide
要素2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
キーワードHYDROLASE/Inhibitor / Quorum Sensing / PQS / PqsE / inhibitor / HYDROLASE-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase / secondary metabolite biosynthetic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-WE1 / 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jeffrey, P.D. / Taylor, I.R. / Bassler, B.L.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM134583 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1713731 米国
Alexander von Humboldt Foundation 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2021
タイトル: Inhibitor Mimetic Mutations in the Pseudomonas aeruginosa PqsE Enzyme Reveal a Protein-Protein Interaction with the Quorum-Sensing Receptor RhlR That Is Vital for Virulence Factor Production.
著者: Taylor, I.R. / Paczkowski, J.E. / Jeffrey, P.D. / Henke, B.R. / Smith, C.D. / Bassler, B.L.
履歴
登録2020年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1624
ポリマ－34,6331
非ポリマー5293
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.885, 60.885, 146.601
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase


分子量: 34632.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: pqsE, PA1000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P20581, 2-aminobenzoylacetyl-CoA thioesterase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-WE1 / 4-({[(2R)-2-methyl-2-(morpholin-4-yl)butyl]carbamoyl}amino)-N-(1,3-thiazol-2-yl)benzamide


分子量: 417.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27N5O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 32% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.81 Å / Num. obs: 21904 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 324985 / Scaling rejects: 4
反射 シェル解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 1.456 / Num. measured all: 18718 / Num. unique obs: 1541 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.424 / Rrim(I) all: 1.518 / Net I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.17-3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Q0I

2q0i


解像度: 2→29.81 Å / SU ML: 0.2274 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.5482
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2208 1027 4.7 %
Rwork0.1745 20827 -
obs0.1766 21854 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 31 102 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00672508
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84263406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0498368
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5679951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.110.28611600.25072890X-RAY DIFFRACTION98.64
2.11-2.240.22711230.21372942X-RAY DIFFRACTION100
2.24-2.420.22531530.18852909X-RAY DIFFRACTION99.97
2.42-2.660.22981260.18992981X-RAY DIFFRACTION100
2.66-3.040.23521600.19332952X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.830.21191610.17292997X-RAY DIFFRACTION100
3.83-29.810.20921440.14953156X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1877234582-0.878416731138-3.785387430884.028733086140.5749992044813.892976482890.1684135048680.9915397147610.00893157083049-0.4172911495010.1488425967640.0743537144876-0.293455939289-0.126881715661-0.4373600547470.284286029860.000432286527218-0.04883526662890.399166371333-0.02310429578060.371691754758-25.4804138295-9.36939817178-28.1371299018
25.841642005450.09340212851220.7778753806123.38040296967-0.2098008420254.08593477579-0.0889734735137-0.19347360486-0.4041551752760.3480293905450.08654343459540.321550386781-0.0389548064348-0.463078661830.01306926166120.2714611427370.05105535176690.08427690291610.2501314091820.02363222844120.294834588062-31.9215112845-9.85222036288-14.7928527217
37.40670930866-0.4168359967952.312338181022.738607294080.6579113108044.0219321827-0.100455034944-1.41540079565-0.4470437078320.9239357347820.134226683450.2836976290330.120999664014-0.33528288597-0.04268614825840.6373637886630.04174183828570.08553961441750.5079823050480.1329552381170.33009942749-29.0806490704-11.5102916666-2.70651609899
43.01420794683-2.146577991332.702344768721.53495280052-1.945410072962.56680145665-0.823347124779-1.168613856760.8179632493121.509445759850.321193903169-0.293729778984-1.57822417739-1.155365835270.3098210586371.012326447510.181364730786-0.03861271185920.666482704405-0.1876428839970.467777696957-27.46452686073.47762884509-0.317553471266
55.97425444412-0.5443099420170.01425234540411.935969207970.8924494588634.31024155513-0.297877850666-0.536368921725-0.3875988618030.4893647165010.1845432782990.192159451974-0.0308320010992-0.3804908157260.1319836707310.5002346688610.03005524101460.05498838584050.3235757280810.1401934882050.326604027183-27.5535298914-13.7505065155-8.03403226417
63.8101681593-0.5244215334570.0477039959452.788066452330.131397360314.27552504328-0.101079319197-0.2141838238720.01232240579890.549237418628-0.0477106884665-0.12263845152-0.1730759798910.1499955135840.1332128437030.2384878801520.029475052444-0.06598424287730.190312864371-0.01189385844190.26659369075-14.3185567621-8.26488875486-15.8285876588
74.105568882340.145183838385-0.09081889437125.927574957422.855322853336.85878751608-0.01975913869510.161154032996-0.3232605254330.297996074990.0845974007549-0.4448920480250.1581693796410.585440982169-0.05449800602350.199653055230.00957995589613-0.02325165230680.1679054378070.02740052707610.25890530239-10.5019257442-11.4566649308-19.3088786167
89.134908531127.911227925010.2005295408968.472852574841.421123411183.5388236615-0.1021427997250.0245716538920.2579617206760.3860766121410.356537689281-0.218693114934-0.8203355642020.687126351813-0.2686819837590.434956710357-0.0445975741625-0.1539329022360.397517534043-0.04018524755060.400353960020.4498510221412.8693822991-16.5496854464
95.59817183914.893706270233.684556946424.674801310232.661377041814.02079212229-0.574758346567-0.2431056133052.36771382091-0.2444551165540.04609345604120.589255898147-1.0862523443-0.103878385240.5107046626350.881510812140.0090073698582-0.2362586130530.428481335312-0.01720738750260.861170579771-11.813359644311.4708487135-14.2972315543
107.90894485319-5.75945572031-3.029975153167.811078785561.02847810488.71193203133-0.03189679039-0.7681618762130.319416934762-0.0534565949642-0.1143793086240.449183499785-0.7071502500260.3322472021730.1955190571250.736861768339-0.133431952555-0.1229280526110.446646026371-0.1320256671630.486166350431-7.978881614816.8852247285-6.65134011375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 77 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 102 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 103 through 116 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 155 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 156 through 197 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 198 through 232 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 233 through 254 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 255 through 278 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 279 through 298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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