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万見
- PDB-1t79: Crystal structure of the androgen receptor ligand binding domain ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1t79
タイトルCrystal structure of the androgen receptor ligand binding domain in complex with a FxxLW motif
要素
  • Androgen receptor
  • FxxLW motif peptide
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR / nuclear receptor / transcription factor / ligand binding domain / AF-2 / androgen / testosterone / DHT / alpha-helical sandwich / HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of integrin biosynthetic process / androgen binding / intracellular receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / regulation of protein localization to plasma membrane / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / steroid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...negative regulation of integrin biosynthetic process / androgen binding / intracellular receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / regulation of protein localization to plasma membrane / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / steroid binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / beta-catenin binding / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Androgen receptor / Androgen receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Androgen receptor / Androgen receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / Androgen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Pan troglodytes (チンパンジー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hur, E. / Pfaff, S.J. / Payne, E.S. / Gron, H. / Buehrer, B.M. / Fletterick, R.J.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2004
タイトル: Recognition and accommodation at the androgen receptor coactivator binding interface.
著者: Hur, E. / Pfaff, S.J. / Payne, E.S. / Gron, H. / Buehrer, B.M. / Fletterick, R.J.
履歴
登録2004年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Androgen receptor
B: FxxLW motif peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2923
ポリマ－33,0012
非ポリマー2901
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.826, 66.128, 68.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Androgen receptor / Dihydrotestosterone receptor


分子量: 30877.957 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pan troglodytes (チンパンジー) / 遺伝子: AR, NR3C4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O97775
#2: タンパク質・ペプチド FxxLW motif peptide


分子量: 2123.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Derived from phage display selections
#3: 化合物 ChemComp-DHT / 5-ALPHA-DIHYDROTESTOSTERONE / ジヒドロテストステロン


分子量: 290.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O2 / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: sodium citrate, TRIS, HEPES, lithium sulfate, glycerol, TCEP, n-octyl glucoside, 5-alpha dihydrotestosterone, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.12713 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月31日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12713 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 23860 / Num. obs: 23860 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.596 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1217201.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1152 4.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all-23771 --
obs-23771 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.5675 Å2 / ksol: 0.379274 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.44 Å20 Å20 Å2
2---7.91 Å20 Å2
3----6.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 21 145 2280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.8355
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78993
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.251.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.192.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 188 5.1 %
Rwork0.299 3476 -
obs-3664 93.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4DHT_LIGAND.PARDHT_LIGAND.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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