[日本語] English
万見
- PDB-7kgn: S. Typhi YcbB - ertapenem complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kgn
タイトルS. Typhi YcbB - ertapenem complex
要素L,D-transpeptidase
キーワードTRANSFERASE / L / D-transpeptidase / antibiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan biosynthetic process / carboxypeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity
類似検索 - 分子機能
: / L,D-transpeptidase, scaffold domain / Scaffold domain / PGBD superfamily / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1RG / L,D-transpeptidase / Periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Caveney, N.A. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2021
タイトル: Structural and Cellular Insights into the l,d-Transpeptidase YcbB as a Therapeutic Target in Citrobacter rodentium, Salmonella Typhimurium, and Salmonella Typhi Infections.
著者: Caveney, N.A. / Serapio-Palacios, A. / Woodward, S.E. / Bozorgmehr, T. / Caballero, G. / Vuckovic, M. / Deng, W. / Finlay, B.B. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: L,D-transpeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7442
ポリマ－64,2671
非ポリマー4781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.309, 75.309, 194.370
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 L,D-transpeptidase


分子量: 64266.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica (サルモネラ菌)
遺伝子: ldtD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0W3KZB5, UniProt: Q8ZQB5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-1RG / (4R,5S)-3-({(3S,5S)-5-[(3-carboxyphenyl)carbamoyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-5-[(1S,2R)-1-formyl-2-hydroxypropyl]-4-methyl-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / ERTAPENEM, bound form PRE-ISOMERIZED


分子量: 477.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N3O7S / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 298.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: S. Typhi YcbB was crystallized at 20C by sitting drop vapour diffusion using 1 uL protein solution (9 mg/mL purified protein in Buffer A) and 1 uL of mother liquor (0.1 M Tris pH 8.5, 0.18 M ...詳細: S. Typhi YcbB was crystallized at 20C by sitting drop vapour diffusion using 1 uL protein solution (9 mg/mL purified protein in Buffer A) and 1 uL of mother liquor (0.1 M Tris pH 8.5, 0.18 M MgCl2, 17% PEG 8k, 2% ethanol) with the addition of 1mM ertapenem (Millipore Sigma).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.965 Å / Num. obs: 7733 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 7.96 % / Biso Wilson estimate: 56.737 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.315 / Rrim(I) all: 0.337 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 2.83 / Num. measured all: 222947 / Scaling rejects: 1040

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NTW

6ntw


解像度: 3.6→45.965 Å / SU ML: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 53.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3587 757 9.79 %
Rwork0.2833 6976 -
obs0.2909 7733 98.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 232.35 Å2 / Biso mean: 144.0694 Å2 / Biso min: 87.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→45.965 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3661 0 33 0 3694
Biso mean--159.21 --
残基数----462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.6004-3.87820.64411340.5455133096
3.8782-4.26820.42551460.3406131995
4.2682-4.88530.39481500.2643139899
4.8853-6.15260.37181610.31931419100
6.1526-45.9650.29131660.21561510100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る