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- PDB-7kfg: Antibody Fab BDBV-289 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kfg
タイトルAntibody Fab BDBV-289
要素
  • Antibody Fab BDBV-289 heavy chain
  • Antibody Fab BDBV-289 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / ebolavirus / antibody / broadly neutralizing / glycan cap / VIRAL PROTEIN
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.002 Å
データ登録者Murin, C.D. / Bruhn, J.F. / Ward, A.B.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI109762 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies.
著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward /
要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies.
履歴
登録2020年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody Fab BDBV-289 heavy chain
B: Antibody Fab BDBV-289 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7213
ポリマ－47,6152
非ポリマー1061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.460, 94.460, 94.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: 抗体 Antibody Fab BDBV-289 heavy chain


分子量: 24704.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody Fab BDBV-289 light chain


分子量: 22910.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.09 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M HEPES pH 6.5 and 20% (w/v) polyethylene glycol 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 9473 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 68.35 Å2 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.612 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Swiss model

解像度: 3.002→37.563 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 927 9.78 %
Rwork0.2214 --
obs0.2259 9473 97.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.002→37.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3263 0 7 0 3270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023348
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5124560
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5671200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046515
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003586
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.002-3.16020.33531400.32731216X-RAY DIFFRACTION97
3.1602-3.35810.32321350.28361204X-RAY DIFFRACTION98
3.3581-3.61710.32761360.25211213X-RAY DIFFRACTION98
3.6171-3.98080.3131340.24831222X-RAY DIFFRACTION98
3.9808-4.5560.25221250.19411220X-RAY DIFFRACTION98
4.556-5.73670.20511260.19361244X-RAY DIFFRACTION99
5.7367-37.560.24351310.19021229X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3603-1.3234-1.82915.9095-1.13245.28790.0453-0.0345-0.16620.1084-0.4414-0.7211-0.52680.80440.0180.4063-0.01090.01220.47050.02820.3382-24.0937-17.4487-9.8916
25.7152-1.6168-1.08953.95270.02494.28710.67621.51610.3306-1.0484-0.46210.8823-0.0685-1.5913-0.03320.79430.3282-0.23291.0583-0.27030.7811-41.53-50.64262.9867
35.12950.3553-1.94653.5782-0.03385.96750.8705-0.3840.48810.8119-0.23760.1044-1.39910.0692-0.12391.13760.1870.24850.41680.04360.4699-37.7645-9.76942.9432
45.9629-5.51880.0968.6688-2.52447.9810.3677-0.27370.2670.30770.3139-0.3114-0.26120.6243-0.44670.44470.0389-0.00820.54550.00140.7233-38.5822-42.656317.187
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 129 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 130 through 229 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 109 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 110 through 211 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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