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- PDB-7kdc: The complex between RhoD and the Plexin B2 RBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kdc
タイトルThe complex between RhoD and the Plexin B2 RBD
要素
  • Plexin-B2
  • Rho-related GTP-binding protein RhoD
キーワードSIGNALING PROTEIN / Plexin / RhoD / GTPase / axon guidance
機能・相同性
機能・相同性情報


excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor activity / focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules ...excitatory synapse assembly / regulation of neuron migration / semaphorin receptor activity / focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / positive regulation of axonogenesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / regulation of GTPase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / regulation of protein phosphorylation / semaphorin-plexin signaling pathway / actin filament bundle assembly / neuroblast proliferation / Rho protein signal transduction / positive regulation of cell adhesion / receptor-mediated endocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of translation / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / brain development / positive regulation of neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / regulation of cell shape / : / mitochondrial outer membrane / early endosome / endosome membrane / positive regulation of cell migration / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Plexin-B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat ...Plexin-B, PSI domain / Plexin, TIG domain 1 / TIG domain / Plexin, cytoplasmic RasGAP domain / Plexin, cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin cytoplasmic RasGAP domain / Plexin cytoplasmic RhoGTPase-binding domain / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / ig-like, plexins, transcription factors / Rho GTPase activation protein / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Plexin-B2 / Rho-related GTP-binding protein RhoD
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kuo, Y. / Wang, Y. / Zhang, x.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationI-1702 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A putative structural mechanism underlying the antithetic effect of homologous RND1 and RhoD GTPases in mammalian plexin regulation.
著者: Liu, Y. / Ke, P. / Kuo, Y.C. / Wang, Y. / Zhang, X. / Song, C. / Shan, Y.
履歴
登録2020年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho-related GTP-binding protein RhoD
B: Rho-related GTP-binding protein RhoD
C: Plexin-B2
D: Plexin-B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,14710
ポリマ－66,0064
非ポリマー1,1426
水1448
1
A: Rho-related GTP-binding protein RhoD
C: Plexin-B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5745
ポリマ－33,0032
非ポリマー5713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16270 Å2
手法PISA
2
B: Rho-related GTP-binding protein RhoD
D: Plexin-B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5745
ポリマ－33,0032
非ポリマー5713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.810, 82.810, 136.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Rho-related GTP-binding protein RhoD / Rho-related protein HP1 / RhoHP1


分子量: 21335.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOD, ARHD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00212
#2: タンパク質 Plexin-B2


分子量: 11667.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxnb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RXS4
#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY
配列の詳細The original sequence for chains C and D included residues 1274 to 1842 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4, ...The original sequence for chains C and D included residues 1274 to 1842 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4, however, proteolytic cleavage occurs during incubation at an unknown site. Thus, the reported sequence corresponds to the portion observed in the coordinates, which is residues 1463 to 1565 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M MgCl2, 22 % (w/v) PEG 3350, and 100 mM MIB (pH 6.8, sodium malonate, imidazole, and boric acid mixed at 2:3:3 molar ratio).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 19325 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 107.05 Å2 / Rpim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 857 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.465 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 91.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2REX

2rex


解像度: 3.1→39.63 Å / SU ML: 0.4476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 37.7234
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 951 5.07 %
Rwork0.2151 17812 -
obs0.2178 18763 98.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 123.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4382 0 68 8 4458
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00244546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48216217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0428720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4906621
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.260.37621350.35892431X-RAY DIFFRACTION94.55
3.26-3.470.37741390.27942574X-RAY DIFFRACTION99.3
3.47-3.740.3631280.25712548X-RAY DIFFRACTION98.6
3.74-4.110.27571310.23392595X-RAY DIFFRACTION99.42
4.11-4.710.29461400.22972548X-RAY DIFFRACTION99.56
4.71-5.930.23111440.21762570X-RAY DIFFRACTION99.82
5.93-39.630.22271340.16662546X-RAY DIFFRACTION99.19
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.196023313091.04834450438-0.3084937528143.06984101017-1.798150249062.369813493970.2391071946920.07228675160790.05998720348990.169877358213-0.392430756276-0.00914654373522-0.562421891159-0.05962310027180.2045706472431.3027068540.1018208123570.1406713878241.20199351840.07549875223240.779959144812-9.7887309760152.02948128254.05022005745
22.69174651651.511398485371.371038277183.477954947870.6901067073252.09782202869-0.302972733877-0.3009271155460.108381277082-0.1607083453070.2350156870150.023836981191-0.2822136081790.6006213127130.1117443823211.009568575190.0103124067259-0.01707726191741.23772990541-0.1812261354330.652037026972-32.858298758365.3283911708-80.1342770533
34.229019430431.562232592481.311430518832.798033373160.18214793670.160713332090.004533774448130.659602709478-0.293154774458-0.2186097770610.12906049043-0.1248575170970.2337577607960.425443519467-0.2209922995321.071850350110.114034769795-0.03551990042331.23118033804-0.1548739947420.764994474893-19.780556143866.0915369572-51.818047837
41.211122942270.277706620120.844899318638.25759210829-2.050279497941.38849956159-0.170858028592-0.110581145780.06775495174190.7838450361310.2737827946730.611722708988-0.471507959998-0.367491007815-0.2078420949610.9569748205560.1468258898570.1157362771121.100441443620.09470054748810.772116401304-15.559916960363.8307896514-24.3155397241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 15:194 OR RESID 201:202 ) )A15 - 194
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 15:194 OR RESID 201:202 ) )A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 15:194 OR RESID 201:202 ) )B15 - 194
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND ( RESID 15:194 OR RESID 201:202 ) )B201 - 202
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1463:1508 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1509:1565 )C1463 - 1508
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 1463:1508 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1509:1565 )D1509 - 1565
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 1509:1565 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1463:1508 )C1509 - 1565
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN C AND RESID 1509:1565 ) OR ( CHAIN D AND RESID 1463:1508 )D1463 - 1508

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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