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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kdc | ||||||
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タイトル | The complex between RhoD and the Plexin B2 RBD | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Plexin / RhoD / GTPase (GTPアーゼ) / axon guidance (軸索誘導) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 excitatory synapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / regulation of neuron migration / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly ...excitatory synapse assembly / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / regulation of neuron migration / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / negative regulation of cell adhesion / focal adhesion assembly / RHOD GTPase cycle / regulation of small GTPase mediated signal transduction / lamellipodium assembly / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / actin filament bundle assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Rho protein signal transduction / neuroblast proliferation / positive regulation of cell adhesion / regulation of cell migration / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of translation / actin filament organization / neural tube closure / RHO GTPases Activate Formins / regulation of protein phosphorylation / brain development / positive regulation of neuron projection development / 遊走 / regulation of cell shape / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial outer membrane / エンドソーム / endosome membrane / positive regulation of cell migration / ゴルジ体 / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / シグナル伝達 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Kuo, Y. / Wang, Y. / Zhang, x. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2021 タイトル: A putative structural mechanism underlying the antithetic effect of homologous RND1 and RhoD GTPases in mammalian plexin regulation. 著者: Liu, Y. / Ke, P. / Kuo, Y.C. / Wang, Y. / Zhang, X. / Song, C. / Shan, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7kdc.cif.gz | 288.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7kdc.ent.gz | 196.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7kdc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kd/7kdc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2rexS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21335.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RHOD, ARHD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00212 #2: タンパク質 | 分子量: 11667.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plxnb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B2RXS4 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | 配列の詳細 | The original sequence for chains C and D included residues 1274 to 1842 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4, ...The original sequence for chains C and D included residues 1274 to 1842 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4, however, proteolytic cleavage occurs during incubation at an unknown site. Thus, the reported sequence corresponds to the portion observed in the coordinates, which is residues 1463 to 1565 of UNP PLXB2_MOUSE B2RXS4. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 0.2 M MgCl2, 22 % (w/v) PEG 3350, and 100 mM MIB (pH 6.8, sodium malonate, imidazole, and boric acid mixed at 2:3:3 molar ratio). |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 19325 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 107.05 Å2 / Rpim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 23.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 857 / CC1/2: 0.843 / Rpim(I) all: 0.465 / Rsym value: 0.514 / % possible all: 91.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2REX 解像度: 3.1→39.63 Å / SU ML: 0.4476 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 37.7234 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 123.4 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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