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- PDB-7kcj: The crystal structure of the translation initiation factor EIF4E5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7kcj
タイトルThe crystal structure of the translation initiation factor EIF4E5 from Leishmania major
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5
キーワードTRANSLATION
機能・相同性Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / nuclear lumen / RNA 7-methylguanosine cap binding / ciliary plasm / translation initiation factor activity / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.997 Å
データ登録者Lima, G.B. / Guimaraes, B.G.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) ブラジル
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2021
タイトル: The translation initiation factor EIF4E5 from Leishmania: crystal structure and interacting partners.
著者: de Lima, G.B. / de Lima Cavalcanti, T.Y.V. / de Brito, A.N.A.L.M. / de Assis, L.A. / Andrade-Vieira, R.P. / Freire, E.R. / da Silva Assuncao, T.R. / de Souza Reis, C.R. / Zanchin, N.I.T. / ...著者: de Lima, G.B. / de Lima Cavalcanti, T.Y.V. / de Brito, A.N.A.L.M. / de Assis, L.A. / Andrade-Vieira, R.P. / Freire, E.R. / da Silva Assuncao, T.R. / de Souza Reis, C.R. / Zanchin, N.I.T. / Guimaraes, B.G. / de-Melo-Neto, O.P.
履歴
登録2020年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8402
ポリマ－50,8402
非ポリマー00
水3,675204
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4201
ポリマ－25,4201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4201
ポリマ－25,4201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.89, 61.89, 173.03
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E type 5 / EIF4E5


分子量: 25419.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LMJF_36_0590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4Q217
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.25 M Sodium Citrate and 0.1 M Sodium Cacodylate pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26851 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.5 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 4162 / CC1/2: 0.45

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (3-OCT-2019)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.997→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU R Cruickshank DPI: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Blow DPI: 0.158 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1343 -RANDOM
Rwork0.2011 ---
obs0.2026 26848 99.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3556 Å20 Å20 Å2
2--3.3556 Å20 Å2
3----6.7111 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.997→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2807 0 0 204 3011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082885HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963924HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d993SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes489HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2885HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion381SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2388SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.19
LS精密化 シェル解像度: 2→2 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 27 -
Rwork0.247 --
obs--88.59 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3811-0.20170.17081.4537-0.45390.85520.0208-0.23810.0081-0.2381-0.00760.06290.00810.0629-0.0132-0.3273-0.00670.0038-0.31660.0037-0.2856-10.2718.7103-3.2866
21.2271-0.5667-0.38730.7129-0.11630.69150.00320.1359-0.09110.13590.0302-0.0771-0.0911-0.0771-0.0334-0.29270.00460.0151-0.33240.0275-0.2615-17.336719.39531.0822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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