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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7kaf | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the 2009/H1N1/California PA endonuclease I38T (construct with truncated loop 51-72) in complex with baloxavir acid | ||||||
![]() | Protein PA-X | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / NUCLEASE / INFLUENZA / cleaved / DNA BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuypers, M.G. / Kumar, G. / Slavish, J. / White, S.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into the substrate specificity of the endonuclease activity of the influenza virus cap-snatching mechanism. 著者: Kumar, G. / Cuypers, M. / Webby, R.R. / Webb, T.R. / White, S.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 98.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 8||||||||
単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 23136.289 Da / 分子数: 1 / 変異: i38T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PA-X, PA / 株: A/Luxembourg/43/2009(H1N1) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 68分子 ![](data/chem/img/E4Z.gif)
![](data/chem/img/QQ4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/QQ4.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-E4Z / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-QQ4 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.81 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1 M HEPES PH 7.8, 1 M AMMONIUM SULFATE, 10mM MnCl2, 10mM MgCl2, 0.5% Polyvinylpyrrolidone K15 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→46.06 Å / Num. obs: 12419 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.33 Å / Rmerge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 762 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.332 / Rrim(I) all: 0.744 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5vpt 解像度: 2.25→46.06 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.94 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.07 Å2 / Biso mean: 60.1328 Å2 / Biso min: 32.26 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.25→46.06 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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