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- PDB-7k9y: GsI-IIC RT Template-Switching Complex (twinned) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k9y
タイトルGsI-IIC RT Template-Switching Complex (twinned)
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')
  • RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')
  • Trt
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Polymerase / Reverse transcriptase / RNA binding protein-RNA-DNA complex / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-directed DNA polymerase / defense response to virus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Group II intron, maturase-specific / Group II intron reverse transcriptase/maturase / Group II intron, maturase-specific domain / RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase), msDNA / : / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA-directed DNA polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Stamos, J.L. / Lentzsch, A.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for template switching by a group II intron-encoded non-LTR-retroelement reverse transcriptase.
著者: Lentzsch, A.M. / Stamos, J.L. / Yao, J. / Russell, R. / Lambowitz, A.M.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trt
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')
D: Trt
E: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')
G: RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')
H: RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,97515
ポリマ－115,6558
非ポリマー1,3197
水00
1
A: Trt
B: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')
G: RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5358
ポリマ－57,8284
非ポリマー7084
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5900 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area23430 Å2
手法PISA
2
D: Trt
E: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')
F: RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')
H: RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4397
ポリマ－57,8284
非ポリマー6123
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.380, 107.415, 71.973
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.650, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAARGARGAA2 - 4182 - 418
21ALAALAARGARGDD2 - 4182 - 418
12DCDCDCDCBB1 - 111 - 11
22DCDCDCDCEE1 - 111 - 11

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 CFGH

#3: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*UP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*AP*G)-3')


分子量: 3193.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(*U*UP*UP*UP*G)-3')


分子量: 1524.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Trt


分子量: 49805.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: trt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2GM63
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3303.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.5
11H+4/2L, -K, -L20.5
反射解像度: 3.2→48.79 Å / Num. obs: 20707 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 141221 / Scaling rejects: 22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.2-3.4270.5812612037480.9490.2370.628399.8
9.05-48.7960.03255319230.9990.0140.03547.598

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AR3

6ar3


解像度: 3.2→48.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 61.08 / SU ML: 0.491 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3241 2073 10 %RANDOM
Rwork0.2705 ---
obs0.276 18631 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 231.34 Å2 / Biso mean: 115.561 Å2 / Biso min: 44.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--119.13 Å2-0 Å2-90.83 Å2
2--69.39 Å20 Å2
3---49.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→48.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6898 1016 77 0 7991
Biso mean--123.15 --
残基数----893
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0128258
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.58911354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2011.68417038
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.8316.0691066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.35319.227440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.332151312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1361597
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.21073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.028431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021923
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A135350.11
12D135350.11
21B9220.04
22E9220.04
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 182 -
Rwork0.331 1336 -
all-1518 -
obs--99.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8381.50060.48190.6260.06510.599-0.0528-0.2690.0253-0.11-0.1747-0.05020.11590.14330.22760.5390.06730.23410.2671-0.01480.2074-102.80639.6083-16.8361
21.08740.34770.95690.9760.03582.26280.33450.1745-0.4349-0.06770.079-0.08520.20240.2369-0.41350.60750.06940.0910.2035-0.14030.3396-98.894816.6385-26.264
34.95180.40051.95491.30471.09721.46670.1355-0.28150.28320.1259-0.1311-0.11820.1154-0.1836-0.00450.3993-0.03120.12230.1275-0.06470.1045-133.039921.5626-43.9415
42.8217-0.37741.71310.1703-0.46861.5720.0851.13170.23560.3261-0.16640.0263-0.5580.73660.08141.034-0.02370.19750.5531-0.08970.4006-110.288834.7352-34.2989
54.2631-0.93491.65330.72760.15894.2619-0.24210.36840.1493-0.082-0.05750.04-0.28030.18470.29950.356-0.03760.06620.0733-0.04290.1355-110.47435.8059-33.8437
62.92061.04450.35070.46490.09190.104-0.00230.1593-0.0240.0015-0.0571-0.1404-0.1183-0.01190.05940.70550.06010.11830.29930.11690.2422-130.17451.4941-68.3719
70.19020.0469-0.00450.77990.70.668-0.22180.16350.218-0.1467-0.15710.36620.0266-0.14530.3790.6739-0.0240.01380.35460.2850.6713-129.861620.1906-75.4056
85.1777-1.00170.81070.759-0.71250.79950.1605-0.23780.2353-0.12680.03650.1790.03090.1131-0.19690.2801-0.0890.08670.1674-0.02250.1604-97.997120.9195-66.1845
90.62791.3688-0.35433.4466-0.51510.458-0.19490.12720.1595-0.3272-0.13130.84740.1791-0.05910.32610.8249-0.089-0.00040.8512-0.09380.777-111.85513.7056-73.6593
105.112-0.18793.7991.1842-0.24513.0855-0.0940.5402-0.1073-0.04580.3079-0.25550.14010.1703-0.2140.3785-0.1943-0.00790.3120.03190.1993-112.41383.0151-72.7252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2A92 - 300
3X-RAY DIFFRACTION2A501
4X-RAY DIFFRACTION2A503
5X-RAY DIFFRACTION3A301 - 426
6X-RAY DIFFRACTION4B1 - 11
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 10
8X-RAY DIFFRACTION5G2 - 5
9X-RAY DIFFRACTION6D2 - 108
10X-RAY DIFFRACTION7D109 - 236
11X-RAY DIFFRACTION7D501
12X-RAY DIFFRACTION7D503
13X-RAY DIFFRACTION8D237 - 419
14X-RAY DIFFRACTION9E1 - 11
15X-RAY DIFFRACTION10F1 - 10
16X-RAY DIFFRACTION10H2 - 5

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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