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万見
- PDB-7k9d: Crystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k9d
タイトルCrystal structure of Bacillus halodurans OapB in complex with its OLE RNA target (crystal form I)
要素
  • OLE* RNA
  • OLE-associated protein B
キーワードRNA-BINDING PROTEIN/RNA / ribonucleoprotein complex / OLE RNA / noncoding RNA / RNA / RNA-BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性Ribosomal protein L14, KOW motif / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L2, domain 2 / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10) / BH0157 protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.098 Å
データ登録者Yang, Y. / Breaker, R.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM022778 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structure of a bacterial OapB protein with its OLE RNA target gives insights into the architecture of the OLE ribonucleoprotein complex.
著者: Yang, Y. / Harris, K.A. / Widner, D.L. / Breaker, R.R.
履歴
登録2020年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OLE-associated protein B
B: OLE* RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,16710
ポリマ－30,8442
非ポリマー1,3238
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4250 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.817, 98.817, 198.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-352-

HOH

21A-354-

HOH

31B-858-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 OLE-associated protein B / OapB


分子量: 11378.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH0157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KGD7
#2: RNA鎖 OLE* RNA


分子量: 19465.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)

-
非ポリマー , 4種, 248分子

#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0 to 7.5), 200 mM NH4Cl and 39 to 42.5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)
PH範囲: 7.0 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.6058 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.6058 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.098→41.84 Å / Num. obs: 42266 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.098→2.18 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 1.211 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2175 / CC1/2: 0.816 / Rpim(I) all: 0.411 / Rrim(I) all: 1.28 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.098→41.832 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1983 1143 5.18 %
Rwork0.1619 40075 -
obs0.1636 42266 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.12 Å2 / Biso mean: 72.8179 Å2 / Biso min: 42.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.098→41.832 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数736 1288 65 240 2329
Biso mean--96.5 74.05 -
残基数----149
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.098-2.14360.41881180.33247298
2.1436-2.19340.31551760.30262491100
2.1934-2.24830.28431630.27432480100
2.2483-2.30910.27241740.26542460100
2.3091-2.3770.21121210.23562494100
2.377-2.45370.26231080.2182547100
2.4537-2.54140.23731450.23022506100
2.5414-2.64320.26981390.23562514100
2.6432-2.76340.2911200.23062515100
2.7634-2.90910.28171230.2222543100
2.9091-3.09130.15181280.17592523100
3.0913-3.32990.17321490.15732457100
3.3299-3.66480.20611410.14452544100
3.6648-4.19470.19151260.13162501100
4.1947-5.28320.16591240.12432534100
5.2832-41.8320.16791360.1412249499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.2896-0.11472.47747.9113-0.72789.21020.3052-0.404-0.02120.2185-0.1060.7035-0.2593-1.2282-0.17860.48440.05860.07550.59620.02750.5698-6.31136.35117.951
24.55841.5441.75453.6464-1.79536.93460.1844-0.3659-0.11130.4972-0.07490.15270.484-0.0489-0.12460.58260.11530.05550.54750.01010.5869-2.58634.987118.329
37.33120.31061.79691.6610.73398.5810.3412-1.0911-0.38951.0757-0.06880.35910.8287-0.5096-0.24710.85020.05310.05240.80920.08080.6583-0.34631.275130.287
43.7971-1.70840.13841.66080.4141-0.00940.07480.51730.3315-0.0815-0.09830.0461-0.0336-0.00990.00780.54870.0410.08330.78440.08640.6656-7.17441.19793.781
52.2983-2.0109-1.10982.92221.9651.30890.01220.094-0.06250.06680.0986-0.06930.081-0.018-0.09440.46260.08650.07910.59530.03890.58214.99634.298102.669
64.3964-0.66721.98953.9753-0.30914.85970.44650.8669-0.5837-0.88330.00090.08030.2528-0.1272-0.38980.71810.0360.02640.8522-0.0910.6488.7625.95385.826
74.8337-0.874-1.24052.47550.55693.43360.14530.5740.32370.1135-0.0978-0.01690.4567-1.034-0.04370.76610.16670.13421.03120.12250.61115.59235.62773.98
87.2732-0.8567-3.04724.60231.05712.76910.24062.25240.2203-1.1528-0.1747-0.1243-0.4446-0.52790.03730.93550.17570.17321.23410.06810.6463-2.01739.52682.228
97.71014.60841.31285.3968-1.37845.2733-0.78542.5670.9583-3.01360.6159-0.6711-1.36390.5059-0.04751.80790.43570.21862.07410.46171.0391-9.81649.86779.799
105.41831.5901-2.14286.4014-1.20257.95550.36922.0965-0.4218-1.0237-0.22420.61190.0746-1.1569-0.00720.51150.1517-0.01381.0430.00830.6425-13.00639.12191.855
111.42840.41132.82335.4464-1.78816.9154-0.49270.24860.24290.51480.2360.5736-0.38070.24020.31820.50690.10330.08440.71710.07690.7156-16.16847.103104.969
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 6:40 )A6 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 41:65 )A41 - 65
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 66:94 )A66 - 94
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 485:494 )B485 - 494
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 495:509 )B495 - 509
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 510:514 )B510 - 514
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 515:524 )B515 - 524
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 525:529 )B525 - 529
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 530:534 )B530 - 534
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 535:539 )B535 - 539
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 540:543 )B540 - 543

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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