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- PDB-7k95: Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k95
タイトルCrystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1
要素
  • Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
  • Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / mRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / : / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript ...: / : / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / : / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / mRNA 3'-end processing / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / termination of RNA polymerase II transcription / mRNA export from nucleus / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA splicing, via spliceosome / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA polyadenylation factor Fip1 domain / Fip1 motif / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / zinc finger ...Pre-mRNA polyadenylation factor Fip1 domain / Fip1 motif / Zinc-finger CCCH domain / Zinc-finger containing family / Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar) / Zinc finger, CCCH-type superfamily / zinc finger / Zinc finger, CCCH-type / Zinc finger C3H1-type profile. / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hamilton, K. / Tong, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Complementary and Integrative Health (NIH/NCCIH)R35GM118093 米国
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism for the interaction between human CPSF30 and hFip1.
著者: Hamilton, K. / Tong, L.
履歴
登録2020年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
B: Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
C: Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5465
ポリマ－17,4153
非ポリマー1312
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.040, 79.040, 48.662
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 30 kDa subunit / CPSF 30 kDa subunit / NS1 effector domain-binding protein 1 / Neb-1 / No arches homolog


分子量: 7157.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95639-2
#2: タンパク質・ペプチド Pre-mRNA 3'-end-processing factor FIP1 / hFip1 / FIP1-like 1 protein / Factor interacting with PAP / Rearranged in hypereosinophilia


分子量: 5128.710 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FIP1L1, FIP1, RHE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6UN15
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 0.1 M sodium malonate, 16% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.66 Å / Num. obs: 13793 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 30.9 / Num. measured all: 174010
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.9-1.9410.90.8748690.7880.91799.9
9.11-48.6611.60.0341370.9990.03598.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180808データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.2194 / WRfactor Rwork: 0.1865 / FOM work R set: 0.8693 / SU B: 4.954 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1257 / SU Rfree: 0.1187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2092 690 5 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1811 13086 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 128.09 Å2 / Biso mean: 52.784 Å2 / Biso min: 29.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1043 0 2 82 1127
Biso mean--41.38 53.98 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131088
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.017954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.6781463
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4341.6062212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0885120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.47920.5869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.79815180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3931510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.021200
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02270
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 52 -
Rwork0.262 943 -
all-995 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.72411.47690.17773.51161.69244.5172-0.01810.1698-0.28270.02970.1010.03040.6291-0.1062-0.08280.1555-0.0121-0.02260.0179-0.00470.077936.75657.657212.1428
23.56730.3616-0.25074.4069-0.84953.8372-0.12760.08850.28340.21170.21530.69580.01-0.7225-0.08770.11210.0231-0.04030.1581-0.01240.208128.369616.040315.13
34.51520.7848-0.62965.2834-1.0373.65290.05370.3410.175-0.3628-0.017-0.83950.060.9281-0.03670.1859-0.02310.02210.3147-0.0230.185552.916520.53779.089
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A121 - 173
2X-RAY DIFFRACTION2B162 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3C161 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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