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万見
- PDB-7k7z: Structure of a hit for G Protein Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k7z
タイトルStructure of a hit for G Protein Coupled Receptor Kinase 2 (GRK2) Inhibitor for the Potential Treatment of Heart Failure
要素
  • Beta-adrenergic receptor kinase 1
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE/INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Activation of SMO ...beta-adrenergic-receptor kinase / negative regulation of the force of heart contraction by chemical signal / negative regulation of relaxation of smooth muscle / beta-adrenergic receptor kinase activity / G protein-coupled receptor kinase activity / Edg-2 lysophosphatidic acid receptor binding / alpha-2A adrenergic receptor binding / tachykinin receptor signaling pathway / positive regulation of catecholamine secretion / Activation of SMO / negative regulation of striated muscle contraction / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of the force of heart contraction / Calmodulin induced events / cardiac muscle contraction / viral genome replication / G protein-coupled receptor binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / receptor internalization / cilium / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / GTPase binding / retina development in camera-type eye / presynapse / Ca2+ pathway / heart development / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / peptidyl-serine phosphorylation / Ras protein signal transduction / postsynapse / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / protein kinase activity / symbiont entry into host cell / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / signal transduction / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. ...GPCR kinase / Regulator of G protein signaling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / PH-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
3-benzyl-7-(1H-pyrazol-4-yl)quinazolin-4(3H)-one / Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.60608692764 Å
データ登録者Spurlino, J.C. / Milligan, C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Hit-to-lead optimization and discovery of a potent, and orally bioavailable G protein coupled receptor kinase 2 (GRK2) inhibitor.
著者: Xu, G. / Gaul, M.D. / Liu, Z. / DesJarlais, R.L. / Qi, J. / Wang, W. / Krosky, D. / Petrounia, I. / Milligan, C.M. / Hermans, A. / Lu, H.R. / Huang, D.Z. / Xu, J.Z. / Spurlino, J.C.
履歴
登録2020年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-adrenergic receptor kinase 1
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,6534
ポリマ－118,3513
非ポリマー3021
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area46290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.679, 70.689, 111.503
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Beta-adrenergic receptor kinase 1 / Beta-ARK-1 / G-protein coupled receptor kinase 2


分子量: 74545.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRK2, ADRBK1, BARK, BARK1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P25098, beta-adrenergic-receptor kinase
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37285.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 6519.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P59768
#4: 化合物 ChemComp-W4G / 3-benzyl-7-(1H-pyrazol-4-yl)quinazolin-4(3H)-one


分子量: 302.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 2% PEG 3350, 0.1M MES pH 6.5, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 43160 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 52.338872052 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 9.96
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / Num. unique obs: 2147 / CC1/2: 0.577

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: GRK2

解像度: 2.60608692764→37.1456237759 Å / SU ML: 0.3874797241 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33786888298 / 位相誤差: 30.7403996444
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261883490594 1988 4.61702819453 %
Rwork0.204642341506 41070 -
obs0.207319145272 43058 98.5714939792 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 72.4782885558 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.60608692764→37.1456237759 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8160 0 23 0 8183
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002300615086038378
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52817235237711297
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04026541324991213
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003012968733871478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.36947615965072
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6061-2.67120.3796425367841310.3088464498072732X-RAY DIFFRACTION92.8942245295
2.6712-2.74340.3401120112561400.2994779263722898X-RAY DIFFRACTION98.6683988308
2.7434-2.82410.3379482077541400.2992479127262936X-RAY DIFFRACTION98.4635083227
2.8241-2.91530.3684164538261400.27378212112885X-RAY DIFFRACTION98.6305836322
2.9153-3.01940.3788391826981420.276654762032937X-RAY DIFFRACTION98.9395886889
3.0194-3.14020.3343540685131430.2654269595162944X-RAY DIFFRACTION98.8472622478
3.1402-3.28310.2968185002181410.2444562347072925X-RAY DIFFRACTION98.9351403679
3.2831-3.45610.3115318475451440.2316893573332936X-RAY DIFFRACTION99.1309945285
3.4561-3.67240.2856098491561420.2151260788312958X-RAY DIFFRACTION99.104859335
3.6724-3.95570.250841196761430.1918144371832930X-RAY DIFFRACTION99.2571059432
3.9557-4.35320.2603201055441440.1725914679762971X-RAY DIFFRACTION99.3620414673
4.3532-4.98180.1902656314841440.1577038224592973X-RAY DIFFRACTION99.4893073731
4.9818-6.27170.2537077952581460.1930965300473001X-RAY DIFFRACTION99.4627054362
6.2717-37.1440.1895192262211480.1574004885913044X-RAY DIFFRACTION98.8847583643
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.87793689179 Å / Origin y: 13.7000030771 Å / Origin z: 29.03458561 Å
111213212223313233
T0.393459020402 Å20.00257109686944 Å2-0.0276642037721 Å2-0.319144869901 Å2-0.0294874432779 Å2--0.356168860311 Å2
L0.583330258327 °2-0.20097275471 °20.706326175375 °2-0.474732029453 °2-0.53583572711 °2--2.06536813644 °2
S0.196562180134 Å °-0.0489905511632 Å °-0.139311157308 Å °0.0215175371606 Å °-0.0159972007522 Å °0.0163900680499 Å °0.385851971321 Å °0.107855449429 Å °-0.156146145621 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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