PDB-7k7w: The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remode...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k7w

タイトル

The X-ray crystal structure of SSR4, an S. pombe chromatin remodelling protein: native

要素

SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

キーワード

GENE REGULATION / chromatin remodelling / SAD phasing / novel structure

機能・相同性

機能・相同性情報

RSC-type complex / SWI/SNF complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / chromatin remodeling / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: The X-ray crystal structure of the N-terminal domain of Ssr4, a Schizosaccharomyces pombe chromatin-remodelling protein.
著者: Newman, J. / Nebl, T. / Van, H. / Peat, T.S.

履歴

登録	2020年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k7w.cif.gz	59.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k7w.ent.gz	39.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k7w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7k7w_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7k7w_full_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示
XML形式データ	7k7w_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	7k7w_validation.cif.gz	14.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k7/7k7w	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7k7vSC 7k82C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k7v-d 3nfc-4 1jy5-1 6tl1-2 7ckj-d 4tki-2 6aw5-d 3wk2-d 4uw1-7 4fzo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4

ヘテロ分子

22.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.096, 67.506, 67.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SWI/SNF and RSC complexes subunit ssr4 分子量: 22334.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 遺伝子: ssr4, SPBP23A10.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P7Y0
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. Reservoir conditions contained 1.5 to 1.9 M ammonium sulfate, 0.7-12% dioxane and either 100 mM MES, 100 mM bis-tris or 10% (v/v) malate-MES-tris buffer at a pH between 5.5 and 5.8 PH範囲: 5.5 - 5.8

結晶

マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.84 %

結晶化

温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystallisation experiments were set up in SD2 sitting drop plates at 8 C with 200 nL protein plus 200 nL reservoir with 50 uL of reservoir in the wells. The protein concentration was 5 mg/mL. ...
PH範囲: 5.5 - 5.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.911684 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.911684 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→47.7 Å / Num. obs: 23002 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.169 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.77→1.81 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1297 / CC_1/2: 0.423 / R_pim(I) all: 0.893 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7k7v

7k7v

解像度: 1.77→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.283 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.103 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2056	1090	4.75 %
R_work	0.1768	21857	-
all	0.178	-	-
obs	-	22947	99.97 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.738 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.593 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.108 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.515 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1505	0	13	138	1656

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.646	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.433	1.566	3468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.862	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.199	21.375	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.295	15	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.807	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	381
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	699
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.036	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.224	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.142	2.047	789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.128	2.044	788
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.064	3.054	995
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.064	3.056	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.309	2.366	837
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.308	2.367	838
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.088	3.417	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.086	3.418	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.19	39.156	6606
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.134	38.923	6523

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.77-1.816	0.378	88	0.347	1576	0.348	1666	0.666	0.752	99.88	0.34
1.816-1.866	0.317	52	0.306	1596	0.306	1649	0.82	0.841	99.9394	0.292
1.866-1.92	0.246	67	0.24	1515	0.24	1583	0.913	0.909	99.9368	0.214
1.92-1.979	0.231	84	0.188	1429	0.191	1514	0.922	0.942	99.934	0.162
1.979-2.043	0.212	68	0.162	1427	0.164	1495	0.942	0.957	100	0.14
2.043-2.115	0.172	59	0.155	1389	0.155	1449	0.963	0.964	99.931	0.136
2.115-2.195	0.16	82	0.15	1321	0.151	1403	0.966	0.969	100	0.135
2.195-2.284	0.19	61	0.156	1290	0.158	1351	0.955	0.97	100	0.14
2.284-2.385	0.175	68	0.156	1218	0.157	1286	0.96	0.967	100	0.141
2.385-2.502	0.219	62	0.161	1173	0.164	1235	0.939	0.959	100	0.147
2.502-2.636	0.239	57	0.169	1136	0.172	1193	0.94	0.956	100	0.155
2.636-2.796	0.219	50	0.166	1066	0.168	1116	0.944	0.957	100	0.152
2.796-2.988	0.206	49	0.159	1002	0.162	1051	0.95	0.963	100	0.149
2.988-3.227	0.17	38	0.161	960	0.161	998	0.966	0.963	100	0.151
3.227-3.533	0.201	37	0.164	885	0.166	922	0.959	0.967	100	0.159
3.533-3.947	0.167	47	0.153	777	0.154	824	0.974	0.972	100	0.152
3.947-4.553	0.162	49	0.142	704	0.143	753	0.979	0.977	100	0.146
4.553-5.563	0.236	37	0.171	599	0.174	636	0.955	0.974	100	0.177
5.563-7.815	0.253	24	0.246	484	0.247	508	0.945	0.951	100	0.243
7.815-47.719	0.319	11	0.264	309	0.266	321	0.913	0.938	99.6885	0.285

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