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- PDB-7k76: Crystal structure of MAD2-6 IgG Fab in complex with PfCSP N-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k76
タイトルCrystal structure of MAD2-6 IgG Fab in complex with PfCSP N-terminal peptide.
要素
  • Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab
  • Light chain of MAD2-6 IgG Fab
  • PfCSP N-terminal peptide P17
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / circumsporozoite protein / N-terminal domain / region I / antibody
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Pholcharee, T. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1170236 米国
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2021
タイトル: Functional human IgA targets a conserved site on malaria sporozoites.
著者: Tan, J. / Cho, H. / Pholcharee, T. / Pereira, L.S. / Doumbo, S. / Doumtabe, D. / Flynn, B.J. / Schon, A. / Kanatani, S. / Aylor, S.O. / Oyen, D. / Vistein, R. / Wang, L. / Dillon, M. / ...著者: Tan, J. / Cho, H. / Pholcharee, T. / Pereira, L.S. / Doumbo, S. / Doumtabe, D. / Flynn, B.J. / Schon, A. / Kanatani, S. / Aylor, S.O. / Oyen, D. / Vistein, R. / Wang, L. / Dillon, M. / Skinner, J. / Peterson, M. / Li, S. / Idris, A.H. / Molina-Cruz, A. / Zhao, M. / Olano, L.R. / Lee, P.J. / Roth, A. / Sinnis, P. / Barillas-Mury, C. / Kayentao, K. / Ongoiba, A. / Francica, J.R. / Traore, B. / Wilson, I.A. / Seder, R.A. / Crompton, P.D.
履歴
登録2020年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab
B: Light chain of MAD2-6 IgG Fab
H: Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab
L: Light chain of MAD2-6 IgG Fab
P: PfCSP N-terminal peptide P17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6615
ポリマ－96,6615
非ポリマー00
水7,116395
1
A: Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab
B: Light chain of MAD2-6 IgG Fab
P: PfCSP N-terminal peptide P17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2423
ポリマ－49,2423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19430 Å2
手法PISA
2
H: Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab
L: Light chain of MAD2-6 IgG Fab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4192
ポリマ－47,4192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.390, 77.320, 181.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Heavy chain of MAD2-6 IgG Fab


分子量: 24044.104 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain of MAD2-6 IgG Fab


分子量: 23374.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド PfCSP N-terminal peptide P17


分子量: 1823.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.4 M NH4-sulfate, 0.1 M MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03316 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03316 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→77.32 Å / Num. obs: 54785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4429 / CC1/2: 0.777 / Rpim(I) all: 0.216 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Homology model

解像度: 2.14→71.113 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2177 2000 3.66 %
Rwork0.1841 --
obs0.1854 54704 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→71.113 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6600 0 0 395 6995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5819414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0195495
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431079
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.19250.29951400.23113704X-RAY DIFFRACTION100
2.1925-2.25180.27041410.21743703X-RAY DIFFRACTION100
2.2518-2.31810.26691420.2163737X-RAY DIFFRACTION100
2.3181-2.39290.26591400.21063698X-RAY DIFFRACTION100
2.3929-2.47840.26131420.2033739X-RAY DIFFRACTION100
2.4784-2.57760.21731420.19833725X-RAY DIFFRACTION100
2.5776-2.6950.27671400.20173717X-RAY DIFFRACTION100
2.695-2.83710.23561420.19483733X-RAY DIFFRACTION100
2.8371-3.01480.25661420.18373755X-RAY DIFFRACTION100
3.0148-3.24760.20241440.17783764X-RAY DIFFRACTION100
3.2476-3.57440.19911420.17393763X-RAY DIFFRACTION100
3.5744-4.09160.18291450.15913817X-RAY DIFFRACTION100
4.0916-5.15470.17431450.15383837X-RAY DIFFRACTION100
5.1547-71.1130.20631530.19924012X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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