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Yorodumi- PDB-7k6a: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobact... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k6a | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor SDDC-0001575 | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SSGCID / SDDC / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium ulcerans (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase (DHFR) from Mycobacterium ulcerans Agy99 in complex with NADP and inhibitor SDDC-0001575 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Santhakumar, V. / Walpole, C. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k6a.cif.gz | 108.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k6a.ent.gz | 65.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k6a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7k6a_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7k6a_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7k6a_validation.xml.gz | 11.3 KB | Display | |
Data in CIF | 7k6a_validation.cif.gz | 16.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k6a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6uwwS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 19051.684 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E96A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium ulcerans (strain Agy99) (bacteria) Strain: Agy99 / Gene: dfrA, MUL_2179 / Plasmid: MyulA.01062.a.B12 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0PQG8, dihydrofolate reductase |
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-Non-polymers , 5 types, 211 molecules
#2: Chemical | ChemComp-NAP / | ||
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#3: Chemical | ChemComp-VYG / | ||
#4: Chemical | ChemComp-CL / | ||
#5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Morpheus screen, condition F2: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine: 100mM ...Details: Morpheus screen, condition F2: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD: 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine: 100mM MES/imidazole pH 6.5: MyulA.01062.a.B12.PS38539 and 15.75mg/ml + 2.5mM NADP and 4mM SDDC compound SDDC-0001575: tray: 317893F2: cryo: direct: puck: xhf8-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Sep 2, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 21861 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.162 % / Biso Wilson estimate: 19.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.929 / Net I/σ(I): 25.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NAD and P218-bound structure, PDB entry 6uww Resolution: 1.6→44.27 Å / SU ML: 0.1368 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.4672 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.55 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→44.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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