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- PDB-7k5o: Bst DNA polymerase I time-resolved structure, 1 min post dATP addition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5o
タイトルBst DNA polymerase I time-resolved structure, 1 min post dATP addition
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
  • DNA polymerase I
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase I, ribonuclease H-like domain / DNA polymerase 1 / 3'-5' exonuclease / 3'-5' exonuclease domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase I
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Chim, N. / Meza, R.A. / Trinh, A.M. / Chaput, J.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE 2001434 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Following replicative DNA synthesis by time-resolved X-ray crystallography.
著者: Chim, N. / Meza, R.A. / Trinh, A.M. / Yang, K. / Chaput, J.C.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*T)-3')
T: DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')
A: DNA polymerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6828
ポリマ－74,2023
非ポリマー4805
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area27590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.990, 93.050, 104.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*GP*T)-3')


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*A)-3')


分子量: 4923.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質 DNA polymerase I / Bst DNA polymerase I


分子量: 66233.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: polA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 0.1M MES, 2% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→44.89 Å / Num. obs: 46274 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 34.22 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.16→2.237 Å / Num. unique obs: 4541 / CC1/2: 0.776

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
autoXDSデータ削減
autoXDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DSY

6dsy


解像度: 2.16→44.89 Å / SU ML: 0.2479 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9932 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2268 2008 4.34 %
Rwork0.1864 44253 -
obs0.1881 46261 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→44.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4636 448 25 206 5315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00795258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89547206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0519807
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052858
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.02634304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.16-2.210.31961340.27913096X-RAY DIFFRACTION99.97
2.21-2.270.34011590.28253106X-RAY DIFFRACTION99.66
2.27-2.340.27271240.23563120X-RAY DIFFRACTION99.97
2.34-2.420.25021530.22473118X-RAY DIFFRACTION99.91
2.42-2.50.27651400.20743155X-RAY DIFFRACTION99.97
2.5-2.60.2621340.20093116X-RAY DIFFRACTION99.97
2.6-2.720.2641590.20383129X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.860.25341340.20173145X-RAY DIFFRACTION99.97
2.86-3.040.27321380.20133158X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.280.25351430.19363160X-RAY DIFFRACTION99.94
3.28-3.610.22711460.17753184X-RAY DIFFRACTION99.94
3.61-4.130.18951450.15583191X-RAY DIFFRACTION99.82
4.13-5.20.18521430.14943222X-RAY DIFFRACTION99.88
5.2-44.890.17881560.17613353X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.348541963722.30572266540.06374640114576.811402018821.607969463268.947018618150.1236930086390.492419619186-0.1374321533340.827228609201-0.1913543177470.639819932791.36203971549-1.151499096770.04773736254250.7551255330690.0586727595925-0.06759787203660.798847609943-0.08488871642870.49346107389526.665733061930.67926462834.4460147923
25.32860439078-2.675866260061.811398939289.01744021389-2.049903665355.402118555920.07031397557420.0390907680802-1.044335306461.3494707231-0.1298413019930.4897300784791.78597674864-0.4767469638080.147316490551.125741446650.07362387577470.02834298762590.722644325314-0.1364476207490.59043816274827.23499050928.764399568633.281342496
33.089670908120.828465841842-0.3980812446163.53565299553-0.2030807373582.00200420362-0.02634384110580.275279810553-0.0749564661312-0.3939653926850.0782244673961-0.0697838652320.03978472515110.0421189875245-0.04516203983840.225642734116-0.01061099772570.009899459982130.202313589819-0.02038022248250.17208742643111.019661630927.24075838525.10622989878
41.016413006430.165804293323-0.176514220861.29323980444-0.0683773784821.33088944419-0.0319784873552-0.0129172271153-0.05208793076520.13889606743-0.011358786514-0.158013590513-0.0223277923470.2151807336870.01326777362250.2140012868490.01001556599680.01119127778650.1936372109370.01801413213070.18837189536717.161236980135.88702486419.392994491
51.50409819845-0.4864524011763.346381783131.96539111918-0.5630464613357.546312298310.192735140331-0.0619274074422-0.01587989432990.464975502502-0.0172697155567-0.2124714898810.8003328030390.312807496726-0.1353907893890.5061769365280.0421595629706-0.01944232240010.396899014142-0.01062247094650.35365714422835.735063882436.840049895839.8312660876
61.94841544402-0.197434458673-1.557028853771.910294964450.3537768151351.94743119648-0.059001125539-0.1605578551230.05457012449060.006709463358320.0617123803729-0.2011325858330.1092191153490.205549658693-0.01413268664930.2237881234410.00466637744461-0.03902473827450.2315842695210.02098471563670.20426900770812.490036019446.989419885630.5370815459
76.71179006326-1.374863361362.147585980226.37766488158-2.35021102945.882281523180.400961103081-0.0485487939011-0.477965639681-0.0283567603936-0.196913176099-0.2400189984380.3143410957120.273736644018-0.1293840740530.3201599567660.00681824749503-0.1320328229750.282522243545-0.007701014679770.3147695606649.7768393694846.390133988551.4143552249
81.209385907210.811957670763-0.6510589293572.3493418746-1.052848057551.407730732720.0802726956553-0.10487071186-0.02488718902660.209935882467-0.0667247058833-0.123425780599-0.0966707968393-0.0265031093833-0.006785424686360.27316218893-0.01037561757630.003167604746170.22940271186-0.02074408563670.2375253262984.6789678794942.970820957432.9371403297
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'P' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'T' and (resid 5 through 16 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 300 through 439 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 440 through 521 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 522 through 604 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 605 through 676 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 677 through 728 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 729 through 876 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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