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Yorodumi- PDB-7k5t: Bst DNA polymerase I time-resolved structure, 25.5 hr post dATP a... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k5t | ||||||
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Title | Bst DNA polymerase I time-resolved structure, 25.5 hr post dATP and dCTP addition | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE/DNA / DNA polymerase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Geobacillus stearothermophilus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Chim, N. / Meza, R.A. / Trinh, A.M. / Chaput, J.C. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2021 Title: Following replicative DNA synthesis by time-resolved X-ray crystallography. Authors: Chim, N. / Meza, R.A. / Trinh, A.M. / Yang, K. / Chaput, J.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k5t.cif.gz | 330.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k5t.ent.gz | 218.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k5t.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/7k5t | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7k5oC 7k5pC 7k5qC 7k5rC 7k5sC 7k5uC 6dsyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules PT
#1: DNA chain | Mass: 3358.211 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
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#2: DNA chain | Mass: 4923.204 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#3: Protein | Mass: 66233.938 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Geobacillus stearothermophilus (bacteria) Gene: polA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1C9K5, DNA-directed DNA polymerase |
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-Non-polymers , 3 types, 124 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-DCP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 50% ammonium sulfate, 0.1M MES, 2% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 22, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→46.79 Å / Num. obs: 38768 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 40.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06221 / Rpim(I) all: 0.02661 / Rrim(I) all: 0.06778 / Net I/σ(I): 19.23 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.382 Å / Rmerge(I) obs: 0.4801 / Num. unique obs: 3819 / CC1/2: 0.932 / Rpim(I) all: 0.198 / Rrim(I) all: 0.5198 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DSY Resolution: 2.3→46.79 Å / SU ML: 0.286 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.7364 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 57.51 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→46.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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