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- PDB-7k5m: CRYSTAL STRUCTURE OF HBV CAPSID Y132A MUTANT IN COMPLEX WITH N-(3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k5m
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HBV CAPSID Y132A MUTANT IN COMPLEX WITH N-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-phenyl-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide AT 2.65A RESOLUTION
要素Capsid protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HVB capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Chem-VXJ / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. ...Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. / Lukacs, C.M. / Abendroth, J.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Identification of a new class of HBV capsid assembly modulator.
著者: Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D.
履歴
登録2020年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,42317
ポリマ－106,8986
非ポリマー2,52511
水543
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4946
ポリマ－35,6332
非ポリマー8624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
2
C: Capsid protein
D: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4345
ポリマ－35,6332
非ポリマー8023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area13390 Å2
手法PISA
3
E: Capsid protein
F: Capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4946
ポリマ－35,6332
非ポリマー8624
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.580, 87.960, 106.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Capsid protein / Core antigen / Core protein / HBcAg / p21.5


分子量: 17816.332 Da / 分子数: 6 / 変異: Y132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus genotype D subtype adw (isolate United Kingdom/adyw/1979) (ウイルス)
株: isolate United Kingdom/adyw/1979 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03147
#2: 化合物
ChemComp-VXJ / N-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-phenyl-2,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide


分子量: 370.808 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClFN4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M ammonium citrate/citric acid pH 6.5, 9% isopropanol, 10% PEG 3350, 10% MPD

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→48.035 Å / Num. obs: 37097 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 42.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 10.37 / Num. measured all: 108596 / Scaling rejects: 10
反射 シェル解像度: 2.65→48.035 Å / 冗長度: 2.87 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 1234 / Num. possible: 486 / Num. unique obs: 421 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.024 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev-1932精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: internal model

解像度: 2.65→48.035 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 38.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2757 1979 5.35 %0
Rwork0.2424 34990 --
obs0.2442 36969 92.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.32 Å2 / Biso mean: 75.6629 Å2 / Biso min: 40.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→48.035 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6028 0 176 3 6207
Biso mean--68.7 61.09 -
残基数----785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036417
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6838800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032971
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3492162
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.65-2.71620.4741520.4371251595
2.7162-2.78960.36921310.377254395
2.7896-2.87170.34791380.3709248993
2.8717-2.96440.43361460.3633249993
2.9644-3.07030.40131300.3458249994
3.0703-3.19320.35671390.3209252794
3.1932-3.33850.29451440.2644252894
3.3385-3.51450.28091490.228251794
3.5145-3.73460.27021430.221248493
3.7346-4.02280.24371470.2115246092
4.0228-4.42740.21541220.1811251892
4.4274-5.06740.19891490.1788247092
5.0674-6.3820.2431560.216245891
6.382-480.22711330.1916248389
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.03980.3269-0.43644.0769-2.00262.3743-0.1013-0.1107-0.00530.3363-0.04430.343-0.1749-0.0124-0.00330.6765-0.02750.0120.6868-0.07130.2658-43.6271-12.281630.308
23.12320.88530.41223.41490.48893.59290.94760.2214-0.30980.09140.9851-0.1279-0.29920.7992.80550.697-0.050.05050.83810.253-1.3855-53.5578-11.702430.5797
30.4680.10590.36460.22240.06410.2943-0.55360.9308-1.0572-0.12220.03940.1040.5765-0.6604-0.00170.8071-0.09410.01230.64460.05541.1143-70.4428-15.93827.2845
41.12890.45850.3921.16831.4682.1495-0.0915-0.05220.30530.03420.0308-0.17380.1671-0.0102-00.6645-0.0394-0.03750.7610.01410.8378-27.0286-4.137429.0347
54.35550.5193-0.35495.50070.96570.33450.1405-0.25860.35680.346-0.28790.22640.03140.028900.6642-0.0398-0.01750.70740.01970.6938-33.2789-2.266432.3181
60.55940.5199-0.52270.9244-0.75420.567-0.1760.52991.0934-0.23020.1217-0.3431-0.1436-0.02290.00040.6955-0.0127-0.03010.7344-0.0371.3072-10.6154-2.191925.2795
74.10950.36791.04254.2728-0.2621.380.09620.023-0.29760.1187-0.2299-0.06650.0303-0.0182-0.00010.60140.03670.03780.69830.10710.9771-30.748133.721329.7777
80.0112-0.00590.02310.0055-0.00510.0445-0.3289-2.1362-0.34611.22620.4855-0.2515-0.5026-0.1702-0.00071.15270.0997-0.11121.38110.18481.0558-30.921532.392347.7466
90.9449-0.1776-0.10811.3293-0.42421.59910.0830.2818-0.101-0.18410.0348-0.9259-0.1085-0.0722-00.67040.00870.0230.6765-0.08261.1223-22.572720.415326.9078
101.2552-0.6436-0.63571.4227-0.36232.0777-0.0355-0.15550.0287-0.00930.0958-0.09010.0170.04550.00010.69880.0620.01030.6826-0.06991.0062-46.441543.738428.7469
112.93720.1950.06633.97310.45270.32410.1309-0.1802-0.35620.2095-0.13760.06830.6766-0.3503-00.71550.0085-0.01540.7084-0.04490.9995-42.699933.117331.8944
122.40720.8876-1.03681.7485-0.22370.4357-0.0407-0.1801-0.340.1486-0.03940.3573-0.33870.449900.72290.0468-0.00010.7541-0.08820.6032-47.680544.059732.1931
130.98990.09340.8580.5744-0.16950.79590.21070.2645-0.2461-0.2128-0.39441.12230.2185-0.0243-0.00010.7283-0.00760.06610.69880.1141.1858-56.066657.795925.2769
140.93590.5126-1.06881.73860.36691.76980.1498-0.1540.2135-0.07060.0791-0.5110.03570.113900.7404-0.0243-0.1260.65950.02930.9425-73.624225.615228.9473
152.7405-0.61550.28823.11820.59340.32660.043-0.1933-0.5026-0.24980.33050.5499-0.0682-0.3349-0.00020.73220.0218-0.04050.7255-0.02270.5513-81.177417.13128.9976
160.9565-0.2001-0.4771.60610.52440.6660.0541-0.13480.19260.2610.15730.12010.55480.29840.94510.962-0.0565-0.00140.72060.0491-0.6833-74.100726.851630.5617
170.6614-0.18980.32131.2296-0.93870.672-0.19130.05130.7988-0.5263-0.10350.72480.1056-0.22810.00020.712-0.03260.0970.69790.03151.4594-66.742940.90325.055
183.31170.0814-0.0124.5087-0.88232.6364-0.1342-0.2637-0.0475-0.02470.134-0.4594-0.1819-0.02740.00010.71190.02840.07120.6450.00350.598-74.52277.096830.2055
193.756-0.67250.07982.8629-1.95311.3566-0.06620.34-1.3753-0.03550.5491-0.0419-0.12720.01220.13310.7805-0.03430.04160.72930.06080.0067-81.5346-5.666628.7008
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION10
2X-RAY DIFFRACTION20
3X-RAY DIFFRACTION30
4X-RAY DIFFRACTION40
5X-RAY DIFFRACTION50
6X-RAY DIFFRACTION60
7X-RAY DIFFRACTION70
8X-RAY DIFFRACTION80
9X-RAY DIFFRACTION90
10X-RAY DIFFRACTION100
11X-RAY DIFFRACTION110
12X-RAY DIFFRACTION120
13X-RAY DIFFRACTION130
14X-RAY DIFFRACTION140
15X-RAY DIFFRACTION150
16X-RAY DIFFRACTION160
17X-RAY DIFFRACTION170
18X-RAY DIFFRACTION180
19X-RAY DIFFRACTION190

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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