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- PDB-7k5m: CRYSTAL STRUCTURE OF HBV CAPSID Y132A MUTANT IN COMPLEX WITH N-(3... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k5m | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF HBV CAPSID Y132A MUTANT IN COMPLEX WITH N-(3-chloro-4-fluorophenyl)-3-phenyl-1,4,6,7-tetrahydro-5H-pyrazolo[4,3-c]pyridine-5-carboxamide AT 2.65A RESOLUTION | ||||||
![]() | Capsid protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HVB capsid | ||||||
Function / homology | ![]() microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. ...Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. / Lukacs, C.M. / Abendroth, J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Identification of a new class of HBV capsid assembly modulator. Authors: Kuduk, S.D. / Stoops, B. / Alexander, R. / Lam, A.M. / Espiritu, C. / Vogel, R. / Lau, V. / Klumpp, K. / Flores, O.A. / Hartman, G.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 319.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 261.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.9 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.9 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 30.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 17816.332 Da / Num. of mol.: 6 / Mutation: Y132A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: isolate United Kingdom/adyw/1979 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-VXJ / #3: Chemical | ChemComp-IPA / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.24 Å3/Da / Density % sol: 62 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1M ammonium citrate/citric acid pH 6.5, 9% isopropanol, 10% PEG 3350, 10% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jan 22, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→48.035 Å / Num. obs: 37097 / % possible obs: 93.2 % / Redundancy: 2.93 % / Biso Wilson estimate: 42.14 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 10.37 / Num. measured all: 108596 / Scaling rejects: 10 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→48.035 Å / Redundancy: 2.87 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 1234 / Num. possible: 486 / Num. unique obs: 421 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.024 / % possible all: 95.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: internal model Resolution: 2.65→48.035 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 38.06 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 162.32 Å2 / Biso mean: 75.6629 Å2 / Biso min: 40.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.65→48.035 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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