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- PDB-7k51: Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and G... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k51
タイトルMid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II)
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 32
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Elongation factor G
  • mRNA
  • tRNAPro
  • tRNAfMet
キーワードRIBOSOME / tRNA / EFG / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...negative regulation of cytoplasmic translational initiation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translation elongation factor activity / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / translational initiation / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV ...Translation elongation factor EFG/EF2 / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L10 / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type
類似検索 - ドメイン・相同性
N-FORMYLMETHIONINE / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / PROLINE / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) ...N-FORMYLMETHIONINE / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / PROLINE / : / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Elongation factor G / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Demo, G. / Loveland, A.B. / Svidritskiy, E. / Gamper, H.B. / Hou, Y.M. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, チェコ, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM127094 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)GM134931 米国
Czech Science Foundation20-16013Y チェコ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for +1 ribosomal frameshifting during EF-G-catalyzed translocation.
著者: Gabriel Demo / Howard B Gamper / Anna B Loveland / Isao Masuda / Christine E Carbone / Egor Svidritskiy / Ya-Ming Hou / Andrei A Korostelev /
要旨: Frameshifting of mRNA during translation provides a strategy to expand the coding repertoire of cells and viruses. How and where in the elongation cycle +1-frameshifting occurs remains poorly ...Frameshifting of mRNA during translation provides a strategy to expand the coding repertoire of cells and viruses. How and where in the elongation cycle +1-frameshifting occurs remains poorly understood. We describe seven ~3.5-Å-resolution cryo-EM structures of 70S ribosome complexes, allowing visualization of elongation and translocation by the GTPase elongation factor G (EF-G). Four structures with a + 1-frameshifting-prone mRNA reveal that frameshifting takes place during translocation of tRNA and mRNA. Prior to EF-G binding, the pre-translocation complex features an in-frame tRNA-mRNA pairing in the A site. In the partially translocated structure with EF-G•GDPCP, the tRNA shifts to the +1-frame near the P site, rendering the freed mRNA base to bulge between the P and E sites and to stack on the 16S rRNA nucleotide G926. The ribosome remains frameshifted in the nearly post-translocation state. Our findings demonstrate that the ribosome and EF-G cooperate to induce +1 frameshifting during tRNA-mRNA translocation.
履歴
登録2020年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22670
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
b: 50S ribosomal protein L2
c: 50S ribosomal protein L3
d: 50S ribosomal protein L4
e: 50S ribosomal protein L5
f: 50S ribosomal protein L6
g: 50S ribosomal protein L9
h: 50S ribosomal protein L10
i: 50S ribosomal protein L11
j: 50S ribosomal protein L13
k: 50S ribosomal protein L14
l: 50S ribosomal protein L15
m: 50S ribosomal protein L16
n: 50S ribosomal protein L17
o: 50S ribosomal protein L18
p: 50S ribosomal protein L19
q: 50S ribosomal protein L20
r: 50S ribosomal protein L21
s: 50S ribosomal protein L22
t: 50S ribosomal protein L23
u: 50S ribosomal protein L24
v: 50S ribosomal protein L25
w: 50S ribosomal protein L27
x: 50S ribosomal protein L28
y: 50S ribosomal protein L29
z: 50S ribosomal protein L30
A: 50S ribosomal protein L31
B: 50S ribosomal protein L32
C: 50S ribosomal protein L33
D: 50S ribosomal protein L34
E: 50S ribosomal protein L35
F: 50S ribosomal protein L36
G: 30S ribosomal protein S2
H: 30S ribosomal protein S3
I: 30S ribosomal protein S4
J: 30S ribosomal protein S5
K: 30S ribosomal protein S6
L: 30S ribosomal protein S7
M: 30S ribosomal protein S8
N: 30S ribosomal protein S9
O: 30S ribosomal protein S10
P: 30S ribosomal protein S11
Q: 30S ribosomal protein S12
R: 30S ribosomal protein S13
S: 30S ribosomal protein S14
T: 30S ribosomal protein S15
U: 30S ribosomal protein S16
V: 30S ribosomal protein S17
W: 30S ribosomal protein S18
X: 30S ribosomal protein S19
Y: 30S ribosomal protein S20
Z: 30S ribosomal protein S21
a: 50S ribosomal protein L1
3: 16S ribosomal RNA
1: 23S ribosomal RNA
2: 5S ribosomal RNA
5: tRNAPro
6: tRNAfMet
4: mRNA
8: Elongation factor G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,299,57463
ポリマ－2,298,73659
非ポリマー8384
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 bcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFa

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60422
#2: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60438
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60723
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P62399
#5: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG55
#6: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R1
#7: タンパク質 50S ribosomal protein L10 / 50S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL10


分子量: 14112.345 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J3
#8: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7J7
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AA10
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY3
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02413
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADY7
#13: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG44
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0C018
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7K6
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L3
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG48
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P61175
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P60624
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68919
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 8174.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L8
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M2
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M6
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG51
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7516.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7M9
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N4
#28: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7N9
#29: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7P5
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#31: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein bL36-A / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L1 / Large ribosomal subunit protein uL1


分子量: 23735.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7L0

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 GHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#32: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 25015.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V0
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V3
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7V8
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 16532.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W1
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02358
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P02359
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7W7
#39: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7X3
#40: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R5
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12388.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7R9
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S3
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7S9
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG59
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0ADZ4
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T3
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0AG63
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 7606.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7T7
#49: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U3
#50: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P0A7U7
#51: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 7763.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: P68679

-
RNA鎖 , 6種, 6分子 312564

#53: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 498725.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1126835768
#54: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941305.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 802133627
#55: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38813.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1266961702
#56: RNA鎖 tRNAPro


分子量: 24862.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1848949880
#57: RNA鎖 tRNAfMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1275521620
#58: RNA鎖 mRNA


分子量: 5192.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 8

#59: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 78616.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: MRE600 / 遺伝子: fusA, ECDEC6A_4099
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: H4UQ46

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非ポリマー , 4種, 4分子

#60: 化合物 ChemComp-FME / N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 177.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#61: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#62: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#63: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) ribosome complex
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#59 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: MRE600
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2120 mMammonium chlorideNH4Cl1
320 mMmagnesium chlorideMgCl21
42 mMspermidine1
50.05 mMspermine1
66 mMbME1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: glow discharged with 25mA negative polarity in PELCO easiGlow unit
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K / 詳細: Blotting force 9, blotted for 4 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7.2 sec. / 電子線照射量: 47.5 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 1041
画像スキャン動画フレーム数/画像: 36 / 利用したフレーム数/画像: 1-36

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimera1.14モデルフィッティング
8PyMOL1.8モデルフィッティング
10FREALIGN初期オイラー角割当
11FREALIGN最終オイラー角割当
12FREALIGN分類
13FREALIGN３次元再構成
14RSRef2モデル精密化
15PHENIX1.18.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 62716
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3179 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15UYM

5uym

15UYM1PDBexperimental model
24V7D

4v7d

14V7D2PDBexperimental model
34V9P

4v9p

14V9P3PDBexperimental model
46ENJ

6enj

16ENJ4PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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