PDB-7k4x: Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.7 in complex with the tra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k4x

タイトル

Crystal structure of Kemp Eliminase HG3.7 in complex with the transition state analog 6-nitrobenzotriazole

要素

Endo-1,4-beta-xylanase

キーワード

HYDROLASE / kemp elimination / directed evolution / transition state analog

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoascus aurantiacus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Padua, R.A.P. / Otten, R. / Bunzel, A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

資金援助

米国,

スイス, 11件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-FG02-05ER15699	米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation	DRG-2114-12	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124169	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-05CH11231	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD021832	米国
Swiss National Science Foundation		スイス
Other government		スイス
National Science Foundation (NSF, United States)	BioXFEL STC (1231306)	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: How directed evolution reshapes the energy landscape in an enzyme to boost catalysis.
著者: Otten, R. / Padua, R.A.P. / Bunzel, H.A. / Nguyen, V. / Pitsawong, W. / Patterson, M. / Sui, S. / Perry, S.L. / Cohen, A.E. / Hilvert, D. / Kern, D.

履歴

登録	2020年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k4x.cif.gz	432.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k4x.ent.gz	294.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/7k4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k4pC 7k4qC 7k4rC 7k4sC 7k4tC 7k4uC 7k4vC 7k4wC 7k4yC 7k4zC 4bs0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k4q-1 6tu6-9 1i1w-d 5h2u-3 1gor-d 1b31-d 6tu6-15 1b3z-d 1b3y-d 1gok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endo-1,4-beta-xylanase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.170, 77.330, 97.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase / Xylanase / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase / TAXI 分子量: 33309.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoascus aurantiacus (菌類) / 遺伝子: XYNA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P23360, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-6NT / 6-NITROBENZOTRIAZOLE 分子量: 164.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₄N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate trihydrate, pH 4.6, and 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.8855 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→41.11 Å / Num. obs: 75249 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 17.94 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 7438 / CC_1/2: 0.428

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3965	精密化
Coot		モデル構築
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4bs0

4bs0

解像度: 1.6→41.11 Å / SU ML: 0.2647 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.6477
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2275	3838	2.68 %
R_work	0.1956	139308	-
obs	0.1965	75233	99.22 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4609	0	70	512	5191

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	4893
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7608	6695
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0461	743
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	875
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.4762	666

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.4142	138	0.3958	4851	X-RAY DIFFRACTION	93.8
1.62-1.64	0.3955	141	0.3867	4918	X-RAY DIFFRACTION	94.56
1.64-1.66	0.3951	118	0.3703	5021	X-RAY DIFFRACTION	96.58
1.66-1.69	0.395	151	0.3726	5077	X-RAY DIFFRACTION	97.14
1.69-1.71	0.3841	146	0.3688	5103	X-RAY DIFFRACTION	98.65
1.71-1.74	0.3781	132	0.3397	5223	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.74-1.77	0.3286	150	0.3117	5169	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.77-1.8	0.3579	145	0.2944	5213	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.8-1.83	0.3079	130	0.2736	5216	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.83-1.87	0.2834	141	0.2707	5164	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.87-1.9	0.289	157	0.2485	5189	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.9-1.95	0.2675	150	0.2369	5165	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-1.99	0.287	136	0.233	5234	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.99-2.04	0.2832	146	0.2284	5217	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.04-2.1	0.2548	145	0.2156	5192	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.1-2.16	0.2378	145	0.188	5173	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.16-2.23	0.2334	127	0.1824	5203	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.23-2.31	0.2422	144	0.1797	5188	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.31-2.4	0.2429	156	0.1695	5203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.51	0.2014	135	0.177	5221	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.51-2.64	0.2068	147	0.1743	5185	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.64-2.81	0.1981	139	0.1772	5156	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.81-3.02	0.201	138	0.1661	5242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.02-3.33	0.2188	145	0.1627	5173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.81	0.1556	149	0.1406	5220	X-RAY DIFFRACTION	100
3.81-4.8	0.1373	139	0.1263	5183	X-RAY DIFFRACTION	99.94
4.8-41.11	0.1804	148	0.1682	5209	X-RAY DIFFRACTION	99.98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.75645140036	0.121975906544	1.37765451715	1.67438739393	0.0472771691267	2.55236528763	-0.125981097338	-0.136618445489	0.0787145997834	0.185191606891	0.0154903567951	-0.0457181390381	-0.147564569346	0.0768061813911	0.10321732631	0.16035658209	0.0182928869093	-0.0265111501881	0.0947804543921	0.0306260149303	0.107456804299	8.53753203962	11.8809424096	32.1737786607
2	0.72013162638	-0.708054384792	-0.220353899488	2.10118789971	1.00790860848	1.8423036151	-0.0160247807115	0.0506797823836	-0.0469092384113	0.00748390723525	-0.0265384418088	-0.0157266322875	0.160815411088	0.192378226666	0.0442922010338	0.159877977733	0.0142495972078	0.00354317258093	0.19027523959	0.0151856398675	0.145500402803	14.4037323733	0.253741119926	16.3224337867
3	0.452459558337	0.157137611847	0.4811620079	1.74818018232	-0.135463962696	2.35327460873	-0.0577109573447	0.0890048127827	-0.0208397536744	-0.036333812573	0.0379109292993	-0.129028750156	0.0658706390261	0.411377204032	0.00255191453528	0.106086103422	0.00179730381088	0.00809958737696	0.289332733818	0.0168117503753	0.147340875952	23.5436907434	2.28899338886	14.7547636139
4	0.512990516379	0.0540928061958	0.264050021621	0.791418229902	-0.131395776268	3.35206237395	0.20845197942	0.175200349828	-0.16691571489	-0.139958924394	-0.00737506001208	-0.081789754729	0.509813203907	0.223949051429	-0.0444737766714	0.258865894679	0.127054688448	-0.0154417291795	0.265652943549	-0.010286493891	0.198184060882	26.8030448461	-13.3532901748	24.3397674949
5	0.27956756946	0.228452673577	-0.720979618809	6.11889001859	-1.24473754962	4.02457428931	-0.00679421081491	-0.0898072204086	0.0694388878625	0.184813522117	0.129301978786	-0.249951373207	-0.0757244029061	0.52477940777	0.0594179598053	0.159484525698	0.0171194892347	-0.00492848116642	0.347181512615	0.00720644740044	0.192554359082	31.7499537031	-0.810043004287	18.7191514776
6	0.941033138355	0.751805809855	-0.77897088808	1.95010284282	-1.03796125445	2.55977682814	-0.0130151749446	-0.118746243755	-0.0788209023283	0.136520533764	0.00484925881949	-0.142527525474	0.119369704072	0.412349244243	0.0133867738371	0.157526215313	0.0675212580857	-0.0215173025313	0.305264905879	-0.0100871143701	0.142432222953	28.8053928892	-2.76064324097	31.7206422162
7	1.78698357186	-0.210721465969	0.166060879309	0.65353590224	0.107359665911	1.29111911268	-0.107103558349	-0.110080354535	-0.0148140020366	0.130838094465	0.0556272482031	-0.0361793832282	-0.0637507689096	0.12551958124	0.0522253034391	0.185898915217	0.0317421618189	-0.0184991346202	0.156771572874	0.0231001611689	0.115510585743	14.2193576226	2.76483876191	39.342204614
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10	2.18544697002	0.638440001623	-0.760542903119	0.923632178601	-0.850547825157	4.34444303214	0.0284008148818	0.345905215857	0.512501354482	-0.0598560520164	-0.081208589442	0.373539646085	-0.419222813585	0.077576531653	0.0513559378919	0.257484854374	-0.0099634608458	-0.0730620346578	0.244698724967	0.129158074184	0.479159159055	-14.7762787532	14.8691014434	1.55116569941
11	1.54728244959	-0.511254798617	0.782246175738	8.67629641778	-0.754259493492	6.22364017454	-0.0745970129862	0.936024350679	0.262321791335	-0.405754835863	-0.0245965741401	0.387502235223	-0.167018033752	-0.186145069206	0.070029397276	0.187678107957	-0.0333731933936	-0.0592676154939	0.483297769544	0.090458206412	0.245657264524	-12.581075007	2.54707773675	-5.57152927319
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13	0.915580424111	-0.0943391317756	-0.936733442061	4.21401606219	4.12900427999	6.81356499808	-0.307250306587	0.358918698114	0.438240477767	-0.0938600545894	-0.1174630903	0.587863932428	-0.223043411791	-0.196559302723	0.405576467048	0.232420852441	0.0491947721644	-0.0951181018387	0.357407869148	0.124633427849	0.404915892496	-25.5981127644	6.37011958291	0.551035728512
14	1.43807954387	-0.0742335482112	0.428886892308	0.611423133531	0.0454465259649	2.56244338777	-0.0653330120973	0.103742054791	0.0855588754031	-0.0523718246091	0.0796893017294	0.188386895357	-0.0875269328993	-0.247118062262	0.00600761962509	0.149106406071	0.0178328730412	-0.0125672577063	0.215730337244	0.0459341892744	0.30453085458	-22.3768043943	-0.462538457902	15.5440911526
15	5.64255038952	1.03950955241	0.966331994844	1.96614784745	0.334975476461	3.44825459917	-0.0536270120817	-0.231435733645	0.122729568882	0.0691668777119	0.0131729716195	0.236661363544	0.0102995959125	-0.311469794172	0.0385967842795	0.111156793948	0.0518014293724	0.03194772807	0.162622837029	0.0252925550929	0.192557296704	-15.8224132444	-3.20510610164	29.8204272563

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 45 )	A	A	2 - 45	1 - 44
2	2	chain 'A' and (resid 46 through 100 )	A	A	46 - 100	45 - 99
3	3	chain 'A' and (resid 101 through 130 )	A	A	101 - 130	100 - 129
4	4	chain 'A' and (resid 131 through 149 )	A	A	131 - 149	130 - 148
5	5	chain 'A' and (resid 150 through 163 )	A	A	150 - 163	149 - 162
6	6	chain 'A' and (resid 164 through 197 )	A	A	164 - 197	163 - 196
7	7	chain 'A' and (resid 198 through 303 )	A	A	198 - 303	197 - 302
8	8	chain 'B' and (resid 3 through 45 )	B	F	3 - 45	1 - 43
9	9	chain 'B' and (resid 46 through 130 )	B	F	46 - 130	44 - 128
10	10	chain 'B' and (resid 131 through 149 )	B	F	131 - 149	129 - 147
11	11	chain 'B' and (resid 150 through 163 )	B	F	150 - 163	148 - 161
12	12	chain 'B' and (resid 164 through 181 )	B	F	164 - 181	162 - 179
13	13	chain 'B' and (resid 182 through 196 )	B	F	182 - 196	180 - 194
14	14	chain 'B' and (resid 197 through 270 )	B	F	197 - 270	195 - 268
15	15	chain 'B' and (resid 271 through 303 )	B	F	271 - 303	269 - 301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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