PDB-7k3c: SGMGGIT segment 58-64 from Keratin-8

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 7k3c
• タイトル: SGMGGIT segment 58-64 from Keratin-8
• 要素: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8
• キーワード: PROTEIN FIBRIL / amyloid filament / low complexity sequence
• 機能・相同性: ETHANOL / TRIETHYLENE GLYCOL
• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å
• データ登録者: Murray, K.A. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 1件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P30 GM124165	米国

• 引用: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022; タイトル: Identifying amyloid-related diseases by mapping mutations in low-complexity protein domains to pathologies.; 著者: Murray, K.A. / Hughes, M.P. / Hu, C.J. / Sawaya, M.R. / Salwinski, L. / Pan, H. / French, S.W. / Seidler, P.M. / Eisenberg, D.S.

履歴

登録	2020年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.2	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2022年7月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

集合体

登録構造単位

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

概要:

• 1.49 kDa, 2 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	1,486	5
ポリマ－	1,243	2
非ポリマー	242	3
水	90	5

1

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

A: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

B: SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

ヘテロ分子

概要:

• 登録者が定義した集合体
• 8.91 kDa, 12 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	8,914	30
ポリマ－	7,460	12
非ポリマー	1,454	18
水	216	12

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_554	x,y,z-1	1
crystal symmetry operation	1_556	x,y,z+1	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_454	x-1,y,z-1	1
crystal symmetry operation	1_456	x-1,y,z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	8.360, 51.610, 9.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.096, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P1211

要素

#1: タンパク質・ペプチド

A B SGMGGIT segment 58-64 from the low complexity domain of Keratin-8

詳細:

分子量: 621.706 Da / 分子数: 2 / 断片: SGMGGIT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

#2: 化合物

A-101 B-101 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル

詳細:

分子量: 46.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O

#3: 化合物

B-102 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

詳細:

分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: N

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 1.56 ų/Da / 溶媒含有率: 21.28 %
• 結晶化: 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 ; 詳細: 0.1 M phoshate/citrate pH 4.2, 40% ethanol, 5% PEG 1000

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
• 検出器: タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月9日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 1.1→25.81 Å / Num. obs: 2926 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.636 % / B_iso Wilson estimate: 10.188 Ų / CC_1/2: 0.955 / R_merge(I) obs: 0.182 / R_rim(I) all: 0.224 / Χ²: 0.791 / Net I/σ(I): 3.33

反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Rmerge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC1/2	Rrim(I) all	% possible all
1.1-1.13	2.007	0.351	1.39	148	0.946	0.462	62.7
1.13-1.16	2.098	0.318	1.62	164	0.932	0.406	72.6
1.16-1.19	2.408	0.299	2.08	228	0.927	0.381	93.1
1.19-1.23	2.528	0.305	2.17	193	0.895	0.383	99.5
1.23-1.27	2.47	0.308	2.11	185	0.889	0.388	100
1.27-1.31	2.687	0.29	2.25	214	0.938	0.361	100
1.31-1.36	2.67	0.276	2.73	197	0.903	0.347	97
1.36-1.42	2.667	0.257	3.02	171	0.908	0.315	96.1
1.42-1.48	2.826	0.263	3.27	178	0.904	0.322	100
1.48-1.56	2.872	0.188	3.74	164	0.927	0.235	100
1.56-1.64	2.821	0.233	3.56	168	0.955	0.285	98.8
1.64-1.74	2.618	0.18	3.86	144	0.934	0.224	94.7
1.74-1.86	2.758	0.174	4.59	132	0.944	0.216	96.4
1.86-2.01	2.725	0.198	4.82	138	0.93	0.244	99.3
2.01-2.2	2.964	0.143	5.33	112	0.963	0.174	93.3
2.2-2.46	2.911	0.169	5.61	112	0.934	0.208	99.1
2.46-2.84	3	0.211	5.54	97	0.977	0.263	98
2.84-3.48	2.6	0.156	5.61	80	0.917	0.192	94.1
3.48-4.92	3.121	0.153	6.4	66	0.946	0.186	98.5
4.92-25.81	2.657	0.162	5.5	35	0.993	0.191	100

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0266	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→25.805 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.974 / SU B: 1.972 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.039 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.1694	293	10.014 %
Rwork	0.1562	2633	-
all	0.158	-	-
obs	-	2926	93.782 %

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.298 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	1.396 Å2	-0 Å2	-0.326 Å2
2-	-	-0.316 Å2	0 Å2
3-	-	-	-0.688 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→25.805 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	84	0	16	5	105

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.014	95
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.018	106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.713	116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.613	1.647	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.65	5	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	6.783	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	100
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.057	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.126	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.341	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.837	0.618	54
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.77	0.614	53
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.76	0.939	64
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.769	0.94	65
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.283	1.239	41
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.258	1.277	42
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.539	1.544	52
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.516	7.959	53
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	1.215	8.002	74
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	1.277	8.411	75
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	8.451	3	200

LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	Rfactor Rfree	Num. reflection Rfree	Rfactor Rwork	Num. reflection Rwork	Rfactor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WRfactor Rwork
1.1-1.128	0.231	15	0.3	130	0.293	238	0.816	0.784	60.9244	0.29
1.128-1.159	0.357	16	0.26	149	0.27	225	0.827	0.848	73.3333	0.274
1.159-1.193	0.237	23	0.201	206	0.205	238	0.876	0.899	96.2185	0.21
1.193-1.229	0.254	19	0.193	172	0.2	191	0.864	0.909	100	0.205
1.229-1.27	0.266	19	0.243	167	0.246	186	0.838	0.881	100	0.244
1.27-1.314	0.284	21	0.206	194	0.215	217	0.873	0.907	99.0783	0.205
1.314-1.364	0.179	20	0.171	175	0.172	197	0.927	0.937	98.9848	0.185
1.364-1.419	0.162	17	0.164	153	0.163	173	0.966	0.936	98.2659	0.173
1.419-1.482	0.2	17	0.191	161	0.192	178	0.955	0.933	100	0.2
1.482-1.554	0.172	17	0.165	145	0.166	164	0.936	0.953	98.7805	0.186
1.554-1.638	0.295	17	0.162	156	0.174	175	0.913	0.949	98.8571	0.179
1.638-1.737	0.195	14	0.165	129	0.169	145	0.946	0.947	98.6207	0.174
1.737-1.856	0.15	13	0.132	118	0.133	137	0.956	0.967	95.6204	0.149
1.856-2.004	0.114	14	0.125	125	0.124	143	0.976	0.975	97.2028	0.138
2.004-2.194	0.164	11	0.123	100	0.127	113	0.974	0.98	98.2301	0.14
2.194-2.45	0.085	11	0.129	100	0.124	113	0.987	0.978	98.2301	0.142
2.45-2.825	0.095	10	0.143	88	0.136	99	0.98	0.974	98.9899	0.173
2.825-3.45	0.13	8	0.125	73	0.125	84	0.979	0.977	96.4286	0.139
3.45-4.836	0.111	7	0.093	60	0.095	68	0.98	0.988	98.5294	0.141
4.836-25.805	0.188	4	0.187	31	0.187	35	0.893	0.973	100	0.209