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- PDB-7k32: Crystal structure of Endonuclease Q complex with 27-mer duplex su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k32
タイトルCrystal structure of Endonuclease Q complex with 27-mer duplex substrate with an abasic lesion at the active site
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Endonuclease Q
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE / deamination / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP00375 / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Shi, K. / Moeller, N.M. / Banerjee, S. / Yin, L. / Orellana, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for recognition of distinct deaminated DNA lesions by endonuclease Q.
著者: Shi, K. / Moeller, N.H. / Banerjee, S. / McCann, J.L. / Carpenter, M.A. / Yin, L. / Moorthy, R. / Orellana, K. / Harki, D.A. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease Q
B: DNA (27-MER)
C: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6936
ポリマ－61,5383
非ポリマー1553
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.020, 154.020, 118.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease Q


分子量: 44985.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6V2I0
#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8356.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8196.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 15 mM Tris-HCl pH 7.4, 0.15 M NaCl, 1 mM MgCl2, and 4 mM beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→88.6 Å / Num. obs: 17827 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 121.63 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 39581 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.11-3.332.31.002736832610.7480.8491.3181.296
8.8-88.62.20.03617337770.9910.030.0472493.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZB8

5zb8


解像度: 3.11→88.59 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 38.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 562 4.56 %
Rwork0.1994 11766 -
obs0.2016 12328 65.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 285.82 Å2 / Biso mean: 131.9871 Å2 / Biso min: 42.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→88.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3126 1093 3 0 4222
Biso mean--145.57 --
残基数----449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.11-3.420.5707280.44455658412
3.42-3.920.43871130.34482709282260
3.92-4.930.26962070.24534222442994
4.93-88.590.20532140.14724279449395
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5984-0.65342.14078.52842.98457.77210.0957-0.2155-0.84060.94850.30130.03271.897-0.5559-0.38110.902-0.12760.19960.85110.00490.48621.731725.3318-18.7858
24.10570.47292.39475.3528-2.11213.64830.13490.43280.1624-0.3960.04960.55720.7943-0.9588-0.14530.61160.02560.00820.8962-0.04420.483620.507733.0727-30.3909
39.016-0.51233.43674.17310.48844.85190.23690.24610.4391-0.8263-0.2694-0.4896-0.01840.6390.19240.7128-0.01910.06380.87310.18780.538236.085737.9767-31.3679
48.63415.5665-3.97514.082-4.51777.8457-0.0307-0.0218-0.6352-0.3817-0.7167-0.70420.33140.82470.73910.53940.1632-0.0090.87220.14890.572937.375934.7406-20.3924
55.4398-2.3804-1.77394.66391.33879.8202-0.599-0.7399-0.5692-0.13830.3274-0.49550.86231.44550.2530.64070.03380.09010.59020.18710.698841.071232.487-23.1731
63.3268-0.25590.28233.9671-1.87598.272-0.00990.1409-0.37570.6726-0.2518-0.61481.17911.3750.28860.94780.4092-0.09220.8348-0.04150.786344.592227.0045-6.8226
70.9068-0.594-0.07853.9041-0.94892.7887-1.55821.0471-0.6022-2.00020.23280.70621.5690.19860.95023.0051-0.0656-0.10151.47130.03132.182135.6917-9.2678-0.9575
82.3304-0.64742.07232.9416-0.86438.88340.24730.8958-1.3375-0.48180.12180.78621.51821.0816-0.552.39420.3846-0.19411.1087-0.21691.548136.26486.4043-22.3902
93.7662-3.4045-3.76536.2195.32314.5522-0.70751.0737-0.31810.269-0.83150.61781.85071.58691.21812.09350.52830.4072.2672-0.18791.93841.776516.2406-52.8087
107.4118-1.4154-1.25067.59142.81912.14450.65240.8558-0.1265-0.5092-0.74760.704-0.3169-0.29660.53732.64431.81120.84732.5535-0.3822.522743.428517.747-72.282
116.8219-5.8175-3.89246.92546.75547.5830.99090.57131.06160.3869-0.93261.22871.91280.76580.06091.99210.54060.432.2282-0.37871.848842.577715.751-56.3678
121.9762-3.44293.12516.4422-4.24453.29581.07630.0785-1.3308-1.7118-0.39950.7153.28080.7359-0.67192.04730.0594-0.12491.0294-0.06551.40437.02635.3287-16.1393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 54 )A1 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 131 )A55 - 131
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 132 through 173 )A132 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 205 )A174 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 278 )A206 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 395 )A279 - 395
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 5 )B1 - 5
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 15 )B6 - 15
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 17 through 26 )B17 - 26
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 27 through 27 )B27
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 11 through 27 )C11 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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