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- PDB-7k30: Crystal structure of Endonuclease Q complex with 27-mer duplex su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k30
タイトルCrystal structure of Endonuclease Q complex with 27-mer duplex substrate with dU at the active site
要素
  • (DNA (27-MER)) x 2
  • Endonuclease Q
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE / deamination / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP00375 / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Shi, K. / Moeller, N.M. / Banerjee, S. / Yin, L. / Orellana, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Structural basis for recognition of distinct deaminated DNA lesions by endonuclease Q.
著者: Shi, K. / Moeller, N.H. / Banerjee, S. / McCann, J.L. / Carpenter, M.A. / Yin, L. / Moorthy, R. / Orellana, K. / Harki, D.A. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2020年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease Q
B: DNA (27-MER)
C: DNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,05210
ポリマ－61,6483
非ポリマー4037
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6680 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.700, 152.700, 118.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#5: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#6: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#7: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#8: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#9: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Endonuclease Q


分子量: 44985.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I6V2I0

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8356.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (27-MER)


分子量: 8306.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 62分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M tri-potassium citrate and 15 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→88.12 Å / Num. obs: 44238 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 509530
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible allRrim(I) all
2.32-2.4119.943110.3773.34698.9
8.99-88.1211.10.0467650.9990.01499.20.048

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZB8

5zb8


解像度: 2.34→88.12 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 32.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2284 1411 4.94 %
Rwork0.2055 27180 -
obs0.2067 28591 65.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 173.02 Å2 / Biso mean: 70.5227 Å2 / Biso min: 13.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.34→88.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3126 1101 19 55 4301
Biso mean--54.21 45.97 -
残基数----449
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.34-2.420.450371.121211283
2.42-2.520.6917190.567446848711
2.52-2.630.3391580.3794968102624
2.63-2.770.35031020.34881644174640
2.77-2.940.39211440.3413277342179
2.94-3.170.32311980.29341754373100
3.17-3.490.27082020.236541294331100
3.49-3.990.23572030.198341554358100
3.99-5.030.16852410.149941354376100
5.03-88.120.18222370.152141084345100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27140.06480.06050.6989-0.26120.9378-0.1958-0.1955-0.22020.15830.12490.06830.6697-0.11560.07450.5317-0.08750.21850.32350.0829-0.126923.986225.4739-17.4449
20.6059-0.28790.13340.76360.17831.9683-0.0827-0.1936-0.19750.11840.04650.25930.5025-0.58580.11870.2194-0.12490.25080.54140.0507-0.176318.253731.1612-26.6581
31.4412-0.3786-0.58151.85690.07024.3786-0.21970.1951-0.076-0.2132-0.11570.23910.5982-0.2952-0.09370.2361-0.1244-0.07340.3509-0.07310.026723.405732.7848-37.422
41.9723-0.24070.04250.79030.16771.8303-0.40010.39880.01170.0643-0.0508-0.23110.21510.4329-0.22490.0450.1312-0.01470.43660.12260.126436.427636.2483-26.5151
51.18990.1064-0.04241.21830.28311.7693-0.12380.4018-0.1745-0.2812-0.2323-0.44120.32080.3556-0.16450.40490.37690.09390.67310.09840.124540.87732.051-23.1693
62.5416-0.4702-0.41791.32020.56310.9709-0.11940.74370.5762-0.09110.1445-0.6143-0.0510.7184-0.02520.16420.0414-0.08390.72960.20610.517146.636143.0566-24.0468
70.8494-0.33-0.07262.4345-0.96620.9195-0.0182-0.3079-0.52530.07320.17510.2571.01740.0741-0.28630.80090.208-0.04730.29860.18210.252438.075120.0189-4.6239
80.95210.5363-0.32231.80080.21360.22350.1245-0.2876-0.30110.2766-0.0653-0.680.44840.67370.19950.6960.6025-0.0830.71950.15220.305547.448725.2915-2.3745
95.4482-0.30540.51156.9401-4.33392.7283-0.0065-0.1041-0.7388-0.72230.22060.50131.4223-0.1372-0.09742.38290.2425-0.10350.8340.29950.92938.0973-2.5016-7.3361
103.7797-4.0994.17695.2967-4.97294.84670.24471.1386-0.9866-0.01750.33810.59211.51670.9577-0.60611.88310.1481-0.13881.0237-0.03240.915532.93298.5112-31.1572
110.12210.26230.02980.58220.06970.00780.11911.00830.0232-0.85450.1812-0.59540.86930.24150.03691.65150.24060.70682.0316-0.37931.063941.93116.2292-54.1905
120.23450.4239-0.27190.9886-0.87360.97850.07720.931-0.08120.23090.0845-0.16580.3686-0.465-0.45732.14980.25450.77132.0817-0.42471.12942.605815.7916-56.0459
131.9099-0.52360.55070.1388-0.15130.15730.5162-0.2584-0.8663-0.0391-0.09020.09961.67020.5473-0.24141.83470.2676-0.01140.670.12090.672537.22665.8225-16.3578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 45 )A1 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 105 )A46 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 131 )A106 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 205 )A132 - 205
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 278 )A206 - 278
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 279 through 298 )A279 - 298
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 299 through 333 )A299 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 334 through 395 )A334 - 395
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1 through 10 )B1 - 10
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 11 through 15 )B11 - 15
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 17 through 27 )B17 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 10 )C1 - 10
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 27 )C11 - 27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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