PDB-7k2x: Crystal structure of CTX-M-14 E166A/K234R Beta-lactamase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k2x

タイトル

Crystal structure of CTX-M-14 E166A/K234R Beta-lactamase

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / antibiotic resistance / CTX-M-14

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lu, S. / Palzkill, T. / Sankaran, B. / Hu, L. / Soeung, V. / Prasad, B.V.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A drug-resistant beta-lactamase variant changes the conformation of its active-site proton shuttle to alter substrate specificity and inhibitor potency.
著者: Soeung, V. / Lu, S. / Hu, L. / Judge, A. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.

履歴

登録	2020年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2021年2月10日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_nonpoly_scheme ...atom_site / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
改定 2.1	2021年5月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.2	2021年6月30日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 2.3	2023年10月18日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k2x.cif.gz	516.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k2x.ent.gz	338.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k2x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/7k2x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k2wC 7k2yC 1yltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ori-d 5j69-d 4bqk-d 1fdp-d 6xb8-d 4oaw-d 4bwi-d 6vvq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

E: Beta-lactamase

F: Beta-lactamase

G: Beta-lactamase

H: Beta-lactamase

ヘテロ分子

221 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Beta-lactamase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.373, 83.373, 232.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27628.133 Da / 分子数: 8 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCTX-M / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A2H4FY00, UniProt: Q9L5C7*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1547 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.0, 20% w/v PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.11 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→45.23 Å / Num. obs: 2042053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 1.8→4.88 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.621 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique obs: 166864

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3386	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YLT

1ylt

解像度: 1.8→45.23 Å / SU ML: 0.1761 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.785
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2237	8348	5.02 %
R_work	0.1814	157917	-
obs	0.1836	166265	99.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15524	0	0	1547	17071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0075	15752
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9041	21439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0538	2544
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0056	2823
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.9128	9591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.2567	378	0.2309	5164	X-RAY DIFFRACTION	99.46
1.82-1.84	0.283	290	0.2239	5301	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.84-1.87	0.233	313	0.1927	5170	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.87-1.89	0.2543	316	0.202	5238	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.89-1.91	0.2693	278	0.2	5312	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.91-1.94	0.2415	264	0.1952	5349	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.94-1.97	0.2499	242	0.1905	5264	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.97-2	0.2355	314	0.1877	5239	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2-2.03	0.2412	259	0.1915	5303	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.03-2.06	0.2382	274	0.1779	5232	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.06-2.1	0.2404	253	0.1751	5301	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.1-2.14	0.2097	292	0.1677	5373	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.14-2.18	0.2278	264	0.1703	5165	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.18-2.22	0.2292	240	0.1748	5388	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.22-2.27	0.2394	260	0.18	5291	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.27-2.32	0.2282	218	0.1816	5364	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.38	0.2289	300	0.1742	5221	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.38-2.45	0.2363	202	0.1829	5360	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.45-2.52	0.2313	282	0.1756	5279	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.52-2.6	0.2076	299	0.1747	5289	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.6-2.69	0.2295	292	0.181	5261	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.69-2.8	0.2577	233	0.1807	5256	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.8-2.93	0.2042	223	0.174	5297	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.93-3.08	0.194	266	0.1724	5393	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.08-3.27	0.2093	286	0.1732	5204	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.27-3.53	0.1954	217	0.1686	5326	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.53-3.88	0.1981	310	0.1792	5172	X-RAY DIFFRACTION	98.94
3.88-4.44	0.2113	354	0.1744	5170	X-RAY DIFFRACTION	99.48
4.44-5.59	0.2306	337	0.181	5237	X-RAY DIFFRACTION	99.46
5.59-45.2	0.2326	292	0.2166	4998	X-RAY DIFFRACTION	95.47

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関連情報:EMDBヘッダ

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