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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7k1y | ||||||
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タイトル | PIKfyve/Fig4/Vac14 complex centered on Vac14 - map1 | ||||||
要素 | Vac14 | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / Lipid kinase / Lipid phosphatase / protein complex | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.25 Å | ||||||
データ登録者 | Lees, J.A. / Reinisch, K.M. / Li, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Insights into Lysosomal PI(3,5)P Homeostasis from a Structural-Biochemical Analysis of the PIKfyve Lipid Kinase Complex. 著者: Joshua A Lees / PeiQi Li / Nikit Kumar / Lois S Weisman / Karin M Reinisch / 要旨: The phosphoinositide PI(3,5)P, generated exclusively by the PIKfyve lipid kinase complex, is key for lysosomal biology. Here, we explore how PI(3,5)P levels within cells are regulated. We find the ...The phosphoinositide PI(3,5)P, generated exclusively by the PIKfyve lipid kinase complex, is key for lysosomal biology. Here, we explore how PI(3,5)P levels within cells are regulated. We find the PIKfyve complex comprises five copies of the scaffolding protein Vac14 and one copy each of the lipid kinase PIKfyve, generating PI(3,5)P from PI3P and the lipid phosphatase Fig4, reversing the reaction. Fig4 is active as a lipid phosphatase in the ternary complex, whereas PIKfyve within the complex cannot access membrane-incorporated phosphoinositides due to steric constraints. We find further that the phosphoinositide-directed activities of both PIKfyve and Fig4 are regulated by protein-directed activities within the complex. PIKfyve autophosphorylation represses its lipid kinase activity and stimulates Fig4 lipid phosphatase activity. Further, Fig4 is also a protein phosphatase acting on PIKfyve to stimulate its lipid kinase activity, explaining why catalytically active Fig4 is required for maximal PI(3,5)P production by PIKfyve in vivo. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7k1y.cif.gz | 328.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7k1y.ent.gz | 283 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7k1y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7k1y_validation.pdf.gz | 821.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7k1y_full_validation.pdf.gz | 838.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7k1y_validation.xml.gz | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7k1y_validation.cif.gz | 65.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/7k1y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22634MC 7k1wC 7k2vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10578 (タイトル: Cryo electron microscopy single particle of PIKfyve lipid kinase complex Data size: 920.4 / Data #1: PIKfyve complex [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45293.883 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 配列の詳細 | Due to low resolution, only backbone atoms are modeled. The full sequence of the protein is: ...Due to low resolution, only backbone atoms are modeled. The full sequence of the protein is: MNPEKDFAPL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PIKfyve/Fig4/Vac14 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 4.28 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F |
緩衝液 | pH: 7.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 58.4 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 5.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53279 / 対称性のタイプ: POINT |