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- PDB-7k1q: Solution structure of lantibiotic from Paenibacillus sp. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k1q
タイトルSolution structure of lantibiotic from Paenibacillus sp.
要素Lantibiotic CMB001
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / lantipeptide / antimicrobial / stability / antibiotic resistance / MRSA
機能・相同性Lantibiotic, Type A, Bacillales-type / Gallidermin / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / signaling receptor binding / extracellular region / Lantibiotic
機能・相同性情報
生物種Paenibacillus sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Karczewski, J. / Diehl, C.
引用
ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Isolation, Characterization and Structure Elucidation of a Novel Lantibiotic From Paenibacillus sp.
著者: Karczewski, J. / Krasucki, S.P. / Asare-Okai, P.N. / Diehl, C. / Friedman, A. / Brown, C.M. / Maezato, Y. / Streatfield, S.J.
#1: ジャーナル: Microbiology / 年: 2020
タイトル: Isolation, Characterization and Structure Elucidation of a Novel Lantibiotic From Paenibacillus sp.
著者: Karczewski, J. / Krasucki, S.P. / Asare-Okai, P.N. / Diehl, C. / Friedman, P. / Brown, C.M. / Maezato, Y. / Streatfield, S.J.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_database_related / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_database_related.details / _struct.title
改定 1.22020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32025年4月2日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lantibiotic CMB001


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,4561
ポリマ－3,4561
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 60structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Lantibiotic CMB001


分子量: 3456.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paenibacillus sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A1E3KYX3*PLUS
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic12D 1H-1H COSY
141isotropic12D 1H-1H NOESY
151isotropic12D 1H-1H NOESY
161isotropic12D 1H-1H TOCSY
171isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 5.7 mM CMB001, DMSO / 詳細: 5.7 mM CMB001 in DMSO-d6 / Label: CMB001 / 溶媒系: DMSO
試料濃度: 5.7 mM / 構成要素: CMB001 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 0 M / Label: CMB001 / pH: 0 Not defined / 圧: 1 bar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
GROMACSLindahl, Abraham, Hess, van der Spoel精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
GROMACSLindahl, Abraham, Hess, van der Spoelstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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