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- PDB-2lke: Structures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lke
タイトルStructures and Interaction Analyses of the Integrin Alpha-M Beta-2 Cytoplasmic Tails
要素Integrin alpha-M
キーワードCELL ADHESION / MYRISTOYLATED / DPC MICELLES
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / vertebrate eye-specific patterning / : / complement component C3b binding / complement-mediated synapse pruning / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / complement receptor mediated signaling pathway / cargo receptor activity / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / phagocytosis, engulfment / cell adhesion mediated by integrin / negative regulation of dopamine metabolic process / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chua, G.L. / Tang, X.Y. / Amalraj, M. / Bhattacharjya, S. / Tan, S.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structures and interaction analyses of the integrin alphaMbeta2 cytoplasmic tails
著者: Chua, G.L. / Tang, X.Y. / Amalraj, M. / Tan, S.M. / Bhattacharjya, S.
履歴
登録2011年10月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-M


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,7031
ポリマ－2,7031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Integrin alpha-M


分子量: 2703.099 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, UNP residues 1129-1152 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide purchased from GL Biochem / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11215
配列の詳細THIS PEPTIDE IS CHEMICALLY SYNTHESIZED WITH A N-TERMINAL MYRISTATE GROUP. THE CORRECT SEQUENCE IS ...THIS PEPTIDE IS CHEMICALLY SYNTHESIZED WITH A N-TERMINAL MYRISTATE GROUP. THE CORRECT SEQUENCE IS (MYR)KLGFFKRQYKDMMSEGGPPGAEPQ, BUT N-TERMINAL MYR IS MISSING.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H NOESY
1422D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-1, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-2, 10 mM sodium phosphate-3, 10 % [U-99% 2H] D2O-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [1H] MYR-ALPHA-M-5, 200 mM [U-99% 2H] Dodecylphosphocholine-6, 10 mM sodium phosphate-7, 100 % [U-99% 2H] D2O-8, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMMYR-ALPHA-M-1[1H]1
200 mMDodecylphosphocholine-2[U-99% 2H]1
10 mMsodium phosphate-31
10 %D2O-4[U-99% 2H]1
0.7 mMMYR-ALPHA-M-5[1H]2
200 mMDodecylphosphocholine-6[U-99% 2H]2
10 mMsodium phosphate-72
100 %D2O-8[U-99% 2H]2
試料状態pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardpeak picking
Sparky3.11Goddardデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMR constraintsNOE constraints total: 204 / NOE intraresidue total count: 35 / NOE long range total count: 14 / NOE medium range total count: 86 / NOE sequential total count: 70 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 20 / Protein psi angle constraints total count: 22
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 7.2 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 9.45 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.47 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.17 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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