PDB-7k0x: Marsupial T cell receptor Spl_145

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7k0x

タイトル

Marsupial T cell receptor Spl_145

要素

T cell receptor gamma chain
T cell receptor mu chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / T cell receptor / antigen recognition / IgV domain

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Wegrecki, M. / Kannan Sivaraman, K. / Le Nours, J. / Rossjohn, J.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2021
タイトル: The molecular assembly of the marsupial gamma mu T cell receptor defines a third T cell lineage.
著者: Morrissey, K.A. / Wegrecki, M. / Praveena, T. / Hansen, V.L. / Bu, L. / Sivaraman, K.K. / Darko, S. / Douek, D.C. / Rossjohn, J. / Miller, R.D. / Le Nours, J.

履歴

登録	2020年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年3月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7k0x.cif.gz	511.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7k0x.ent.gz	351.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7k0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/7k0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7k0zC 7l15C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y6b-d 5j7r-1 5idr-1 5idr-2 6n5e-3 2yjp-d 3m6a-3 1wkb-d 6pe9-2 4i18-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

C: T cell receptor mu chain

D: T cell receptor gamma chain

A: T cell receptor mu chain

B: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

130 kDa, 4 ポリマー
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1

C: T cell receptor mu chain

D: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.1 kDa, 2 ポリマー
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2

A: T cell receptor mu chain

B: T cell receptor gamma chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.925, 87.112, 214.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 3 through 41 or (resid 42...	B	D	3 - 137	3 - 137
1	2	1	LYS	LYS	PHE	PHE	(chain 'B' and (resid 3 through 41 or (resid 42...	B	D	140 - 217	140 - 217
2	1	1	GLY	GLY	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 3 through 25 or (resid 26...	D	B	3 - 137	3 - 137
2	2	1	LYS	LYS	PHE	PHE	(chain 'D' and (resid 3 through 25 or (resid 26...	D	B	140 - 217	140 - 217
1	1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 9 through 16 or (resid 17...	C	A	9 - 107	9 - 107
1	2	2	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'C' and (resid 9 through 16 or (resid 17...	C	A	119 - 134	119 - 134
2	1	2	VAL	VAL	LEU	LEU	(chain 'A' and ((resid 9 through 12 and (name N...	A	C	9 - 107	9 - 107
2	2	2	ARG	ARG	LEU	LEU	(chain 'A' and ((resid 9 through 12 and (name N...	A	C	119 - 134	119 - 134

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質

T cell receptor mu chain

分子量: 38105.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: タンパク質

T cell receptor gamma chain

分子量: 25988.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Monodelphis domestica (ハイイロジネズミオポッサム)
細胞株 (発現宿主): HEK293S / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20-25% PEG 3350, 0.2M Na Formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→49.26 Å / Num. obs: 25260 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 60.88 Å² / CC_1/2: 0.789 / R_pim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4496 / CC_1/2: 0.653 / R_pim(I) all: 0.643 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished

解像度: 3.1→45.65 Å / SU ML: 0.4361 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6104
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	1215	4.82 %
R_work	0.2026	23984	-
obs	0.2051	25199	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8119	0	109	0	8228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	8425
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6806	11486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0474	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.443	1227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1-3.22	0.4006	111	0.2971	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.37	0.3209	154	0.2464	2577	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.37-3.55	0.2677	135	0.2232	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
3.55-3.77	0.272	129	0.2168	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.77-4.06	0.269	147	0.1976	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.06-4.47	0.2143	132	0.1655	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.47-5.12	0.206	125	0.1574	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.96
5.12-6.44	0.2383	129	0.1927	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
6.44-45.65	0.229	153	0.217	2830	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.16656194417	-1.81339406169	1.21087575996	9.60750803988	-3.39979479735	2.55190891829	0.572461453009	-0.51265122148	-0.0763637202677	-0.596558218475	-0.0624737640828	0.741247824189	0.556648105272	0.233844534758	-0.449893464927	0.917760086049	0.0241754453829	-0.000281308728849	0.636319720749	-0.00165218655023	0.606932874874	-10.4137144151	-20.5390277642	30.9983098308
2	2.51351568995	1.46926575407	2.63244627229	1.81073678604	1.92017902322	4.60085274928	-0.127103073233	0.0980234567721	0.191438863263	-0.367570085876	-0.115362106641	0.0614698596315	-0.3006112739	-0.171439426019	0.244183656526	0.337354811172	0.086539713219	-0.0142092341762	0.22070633274	-0.00133430453303	0.247489070421	-5.8395524169	-15.394234033	-20.6779657111
3	4.60512835666	3.01408057182	0.697490842743	5.64974434193	-0.831871323495	1.81200332611	0.101720873275	-0.234248603123	-0.241602005873	0.0860083225027	-0.26053500992	-0.267191814406	0.0930641399882	0.248192353019	0.115359351572	0.256092103493	0.0272402475113	-0.00285042257177	0.211594745775	0.0516420895514	0.187044255413	5.96478499713	-27.5557823575	-0.630409211111
4	2.38965533845	-0.166496106094	0.563207341303	2.55271257749	-1.62704876957	7.23796960696	0.0978620666604	0.414039614839	-0.00112870571144	-0.52107802409	-0.194033955585	-0.0560297186592	0.36969427617	1.07048984436	0.109466995701	0.360608214131	0.0585796862074	0.0133736247143	0.338548653992	-0.0276468132196	0.304429273981	-5.0241463032	-35.2756123855	-25.237794692
5	6.17720852384	3.82551323528	-1.86833690626	7.25801024965	-2.61480396838	3.53285335393	0.138465669085	-0.277667817413	-0.183553463628	0.140328516738	-0.114136539853	-0.688270718678	-1.20531709333	1.4542609393	-0.00142650188107	1.04653070366	-0.428043797781	0.0504639495934	0.986453660522	-0.118047491528	0.605706842666	-21.9473433608	11.3437036113	18.8746217762
6	2.99140818175	0.765394910779	0.362396297488	6.98456868724	-1.40619022042	4.69884753188	0.0714055168981	0.264308320521	0.343291431315	0.0299346829518	0.10707506053	-0.081411663883	-0.848273942917	0.177429400079	-0.12109776644	0.39577436147	-0.0167250891947	-0.00203619433932	0.263481936411	0.116923609406	0.475379300378	-16.037843019	22.9686224078	-23.5908832066
7	3.03620641794	-0.0834433344643	5.18275459566	1.00941960056	1.20890380344	8.43641952506	-0.0669803739813	0.144176087675	-0.220296471384	-0.0929859935629	-0.0851819080694	-0.00864734155844	0.154125159925	0.183683029254	0.0427178622016	0.664225635902	-0.0264568501344	-0.0890228885914	0.502865005617	0.154181427862	0.370700495859	-41.6729651538	12.3939220312	-50.3550334713
8	4.66816237159	2.17178816718	-0.271548688747	1.85073249231	-0.40504869335	3.08571690028	0.225771311793	0.0083800082107	0.0502809119141	0.261994601616	0.057384360774	0.118966254509	0.270956733652	-0.0326483155933	-0.213302680031	0.374408702501	0.0144906449802	-0.111706065358	0.239173017086	0.151896290378	0.350469322543	-24.3063458599	3.93455444749	-14.3786615153
9	1.02811680506	0.294277485152	1.06306652596	2.96219026444	-1.62498659046	4.74734641096	0.280868462567	0.176995647906	-0.2769714799	-0.769055676211	-0.434049506984	-0.234688463765	0.903670410397	1.15552201567	0.210775880394	0.683566035382	0.13778154559	-0.0905990714675	0.749083759306	0.234346327089	0.482208945352	-34.471939536	-0.375376658217	-40.2048943976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 9 through 134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 135 through 341 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 2 through 116 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 117 through 220 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 5 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 135 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 244 through 340 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 115 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 219 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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