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- PDB-7k0a: Puromycin N-acetyltransferase in complex with acetylated puromyci... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7k0a
タイトルPuromycin N-acetyltransferase in complex with acetylated puromycin and CoA
要素Puromycin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme acetyletransferase complex selection marker / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素; アシル基を移すもの / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-Acetylpuromycin / Puromycin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces alboniger (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Peat, T.S. / Caputo, A.T. / Newman, J. / Adams, T.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structure-guided selection of puromycin N-acetyltransferase mutants with enhanced selection stringency for deriving mammalian cell lines expressing recombinant proteins.
著者: Caputo, A.T. / Eder, O.M. / Bereznakova, H. / Pothuis, H. / Ardevol, A. / Newman, J. / Nuttall, S. / Peat, T.S. / Adams, T.E.
履歴
登録2020年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Puromycin N-acetyltransferase
B: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,70017
ポリマ－45,1632
非ポリマー3,53715
水4,918273
1
A: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4599
ポリマ－22,5811
非ポリマー1,8788
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Puromycin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2418
ポリマ－22,5811
非ポリマー1,6597
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.596, 141.509, 98.985
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.341, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

21A-527-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains A B)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Puromycin N-acetyltransferase


分子量: 22581.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces alboniger (バクテリア)
遺伝子: pac / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P13249, 転移酵素; アシル基を移すもの

-
非ポリマー , 6種, 288分子

#2: 化合物 ChemComp-VQ1 / N-Acetylpuromycin / 3'-[(N-acetyl-O-methyl-L-tyrosyl)amino]-3'-deoxy-N,N-dimethyladenosine / N-アセチルプロマイシン


分子量: 513.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H31N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.94 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.26
詳細: 9.9% (w/v) 1,6-hexanediol, 1.59 M ammonium sulfate, 7.4 % (v/v) polyethylene glycol 400, 0.1 M HEPES pH 8.26, 0.5 n-hexyl-b-D-glucopyranoside

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX210.9537
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX220.9537
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX230.9537
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2016年3月11日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2016年3月11日
ADSC QUANTUM 315r3CCD2016年4月8日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.95371
21
31
反射解像度: 2→70.75 Å / Num. obs: 33396 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.2 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.376 / Rpim(I) all: 0.136 / Rrim(I) all: 0.4 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 15.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2460 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.608 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7K09

7k09


解像度: 2→42.488 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 4.723 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1619 4.852 %
Rwork0.2071 31752 -
all0.209 --
obs-33371 99.97 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.713 Å2-0 Å20.798 Å2
2---2.055 Å2-0 Å2
3---3.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.488 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2968 0 226 273 3467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133298
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6211.74521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3311.5977008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5145396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.42519.518166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.77915460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6431533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2425
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02698
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2665
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1830.22839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1620.21595
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0830.21496
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.130.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1630.217
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1820.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2681.4511581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2631.4511580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0232.1711978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0232.1711979
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2011.9321716
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0921.8811693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3552.7842542
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2342.7082507
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.20429.45414277
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.10929.28114105
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0690.056254
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.0520.2751110.2582356X-RAY DIFFRACTION99.9595
2.052-2.1080.301970.2582303X-RAY DIFFRACTION99.9584
2.108-2.1690.2311140.2192216X-RAY DIFFRACTION100
2.169-2.2360.2821180.2572129X-RAY DIFFRACTION99.9111
2.236-2.3090.3181210.2892101X-RAY DIFFRACTION99.9101
2.309-2.390.242960.1822012X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.480.2221190.1791955X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.5810.2441140.1811839X-RAY DIFFRACTION100
2.581-2.6960.193800.1771816X-RAY DIFFRACTION100
2.696-2.8280.24810.1711739X-RAY DIFFRACTION100
2.828-2.980.226700.1791636X-RAY DIFFRACTION99.9414
2.98-3.1610.223610.1911556X-RAY DIFFRACTION100
3.161-3.3790.206760.1831476X-RAY DIFFRACTION100
3.379-3.6490.207770.1981359X-RAY DIFFRACTION100
3.649-3.9960.268630.21246X-RAY DIFFRACTION100
3.996-4.4670.204680.1821132X-RAY DIFFRACTION100
4.467-5.1550.206580.1891000X-RAY DIFFRACTION100
5.155-6.3070.291420.231843X-RAY DIFFRACTION100
6.307-8.8920.243290.233672X-RAY DIFFRACTION100
8.892-42.4880.267240.246366X-RAY DIFFRACTION99.4898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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