PDB-7jzi: Crystal structure of LAIR1 ectodomain (from MGD21) in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jzi

タイトル

Crystal structure of LAIR1 ectodomain (from MGD21) in complex with Plasmodium RIFIN (PF3D7_1040300) V2 domain

要素

LAIR1 ectodomain from antibody MGD21
Rifin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / LAIR1 / insertion / antibody / RIFIN / Malaria

機能・相同性

Variant surface antigen Rifin / Rifin / membrane => GO:0016020 / : / Rifin

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.707 Å

データ登録者

Xu, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis of LAIR1 targeting by polymorphic Plasmodium RIFINs.
著者: Xu, K. / Wang, Y. / Shen, C.H. / Chen, Y. / Zhang, B. / Liu, K. / Tsybovsky, Y. / Wang, S. / Farney, S.K. / Gorman, J. / Stephens, T. / Verardi, R. / Yang, Y. / Zhou, T. / Chuang, G.Y. / ...

履歴

登録	2020年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年9月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jzi.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jzi.ent.gz	76.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jzi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jzi_validation.pdf.gz	461 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jzi_full_validation.pdf.gz	472.9 KB	表示
XML形式データ	7jzi_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	7jzi_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/7jzi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jz1C 7jz4C 7jzkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dje-1 1bm9-2 1j0r-2 4jcz-d 5ow5-1 6trp-d 2uuz-d 4kjm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LAIR1 ectodomain from antibody MGD21

B: Rifin

C: LAIR1 ectodomain from antibody MGD21

D: Rifin

ヘテロ分子

52.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LAIR1 ectodomain from antibody MGD21

B: Rifin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LAIR1 ectodomain from antibody MGD21

D: Rifin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.409, 72.178, 57.917
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.080, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	(chain C and resid 109 through 205)
1	2	(chain B and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))
2	2	(chain D and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A	A	108 - 205
2	1	1	(chain C and resid 109 through 205)	C	109 - 205
1	1	2	(chain B and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))	B	190 - 231
1	2	2	(chain B and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))	B	233 - 311
2	1	2	(chain D and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))	D	190 - 231
2	2	2	(chain D and (resid 190 through 231 or resid 233 through 311))	D	233 - 311

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: 抗体	LAIR1 ectodomain from antibody MGD21 分子量: 11088.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質	Rifin 分子量: 15127.448 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫) 株: isolate NF54 / 遺伝子: CK202_4895 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2I0BRG0
#3: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.085 M Na HEPES pH 7.5, 17% PEG 4000, 15% Glycerol, 8.5% Isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1.0722 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0722 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 31123 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 88.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.027 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 1.838 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	5.6	0.593	768	0.9	0.253	0.647	0.676	94.6
2.75-2.8	6.1	0.494	787	0.92	0.207	0.537	0.727	96.9
2.8-2.85	6.4	0.358	787	0.968	0.147	0.388	0.807	99
2.85-2.91	6.9	0.334	807	0.975	0.134	0.361	0.828	99
2.91-2.97	7.1	0.278	827	0.982	0.11	0.299	0.938	99.8
2.97-3.04	7.3	0.263	789	0.984	0.103	0.283	0.966	99.7
3.04-3.12	7.5	0.241	812	0.985	0.093	0.259	1.001	99.8
3.12-3.2	7.6	0.18	812	0.992	0.07	0.193	1.255	99.8
3.2-3.3	7.6	0.145	795	0.993	0.056	0.155	1.375	99.9
3.3-3.4	7.6	0.131	830	0.994	0.05	0.14	1.424	100
3.4-3.52	7.7	0.109	796	0.993	0.042	0.117	1.512	99.9
3.52-3.66	7.6	0.1	817	0.993	0.038	0.107	1.51	100
3.66-3.83	7.7	0.091	826	0.996	0.035	0.097	1.697	100
3.83-4.03	7.6	0.08	804	0.996	0.031	0.086	1.998	100
4.03-4.29	7.6	0.072	815	0.997	0.028	0.077	2.046	100
4.29-4.62	7.6	0.067	809	0.996	0.026	0.071	2.038	100
4.62-5.08	7.6	0.058	832	0.997	0.023	0.063	2.482	100
5.08-5.81	7.6	0.053	821	0.998	0.021	0.057	3.188	100
5.81-7.32	7.5	0.054	828	0.998	0.021	0.058	3.815	100
7.32-50	6.6	0.053	745	0.997	0.022	0.058	6.323	87.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.707→44.761 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2807	3112	10 %
R_work	0.2397	28011	-
obs	0.2438	31123	97.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 280.5 Å² / B_iso mean: 111.112 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.707→44.761 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3417	0	2	11	3430
B_iso mean	-	-	276.68	106.01	-
残基数	-	-	-	-	450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	4685
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	550
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.934	2109

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	909	X-RAY DIFFRACTION	15.472	TORSIONAL
1	2	C	909	X-RAY DIFFRACTION	15.472	TORSIONAL
2	1	B	1048	X-RAY DIFFRACTION	15.472	TORSIONAL
2	2	D	1048	X-RAY DIFFRACTION	15.472	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.707-2.7492	0.3661	122	0.3636	1044	80
2.7492-2.7943	0.4197	139	0.3605	1202	93
2.7943-2.8425	0.3473	132	0.3363	1273	97
2.8425-2.8941	0.5321	152	0.3273	1326	99
2.8941-2.9498	0.3424	143	0.3123	1196	98
2.9498-3.01	0.3384	134	0.294	1315	99
3.01-3.0754	0.3632	163	0.3226	1308	100
3.0754-3.147	0.3228	134	0.3228	1285	100
3.147-3.2256	0.3465	155	0.2949	1333	100
3.2256-3.3128	0.3727	130	0.2965	1277	100
3.3128-3.4103	0.3122	150	0.3012	1333	100
3.4103-3.5203	0.3674	147	0.2776	1292	100
3.5203-3.6461	0.3595	138	0.2841	1297	100
3.6461-3.792	0.2328	146	0.2318	1313	100
3.792-3.9645	0.3404	132	0.2459	1307	100
3.9645-4.1733	0.3706	152	0.2333	1294	100
4.1733-4.4346	0.279	148	0.2038	1308	100
4.4346-4.7766	0.2612	134	0.2067	1301	100
4.7766-5.2566	0.2528	137	0.2081	1320	100
5.2566-6.0157	0.2216	150	0.1998	1277	100
6.0157-7.5732	0.2306	147	0.2274	1315	100
7.5732-44.76	0.2142	127	0.2066	1095	84

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