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- PDB-7jz0: Crystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp16/10 Heterodimer in Complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jz0
タイトルCrystal Structure of SARS-CoV-2 Nsp16/10 Heterodimer in Complex with (m7GpppA2m)pUpUpApApA (Cap-1) and S-Adenosyl-L-homocysteine (SAH).
要素
  • 2'-O-methyltransferase
  • Non-structural protein 10
  • RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / nsp16 / nsp10 / complex / VIRAL PROTEIN / SAH / Cap-1 / VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Maturation of replicase proteins / TRAF3-dependent IRF activation pathway / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / snRNP Assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / G-quadruplex RNA binding / mRNA guanylyltransferase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / DNA helicase / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lyase activity / single-stranded RNA binding / viral protein processing / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / Lipocalin signature. / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Coronavirus Nsp6 transmembrane protein profile. / Coronavirus Nsp4 ectodomain (4Ecto) profile. / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / Coronavirus replicase NSP7 / : / : / Coronavirus Nsp3 ectodomain (3Ecto) profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Rosas-Lemus, M. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J.S. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用
ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Mn2+ coordinates Cap-0-RNA to align substrates for efficient 2'-O-methyl transfer by SARS-CoV-2 nsp16
著者: Minasov, G. / Rosas-Lemus, M. / Shuvalova, L. / Inniss, N.L. / Brunzelle, J.S. / Daczkowski, C.M. / Hoover, P. / Mesecar, A.D. / Satchell, K.J.F.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: Structure of SARS-CoV-2 2′- O -methyltransferase heterodimer with RNA Cap analog and sulfates bound reveals new strategies for structure-based inhibitor design
著者: Rosas-Lemus, M. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Inniss, N. / Kiryukhina, O. / Brunzelle, J. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年11月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年3月6日Group: Data collection / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12026年4月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
E: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')
F: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,53731
ポリマ－101,7986
非ポリマー1,73925
水7,080393
1
A: 2'-O-methyltransferase
B: Non-structural protein 10
E: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,80716
ポリマ－50,8993
非ポリマー90813
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2'-O-methyltransferase
D: Non-structural protein 10
F: RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,73015
ポリマ－50,8993
非ポリマー83112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.238, 167.238, 98.867
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 2'-O-methyltransferase / NSP16


分子量: 33556.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (DE3)magic
参照: UniProt: P0DTD1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質 Non-structural protein 10 / NSP10


分子量: 15004.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: rep, 1a-1b / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): (DE3)magic / 参照: UniProt: P0DTD1

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 EF

#3: RNA鎖 RNA (5'-D(*(M7G))-R(P*(A2M)P*UP*U)-3')


分子量: 2338.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
非ポリマー , 6種, 418分子

#4: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.63 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Protein: 4.7mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Anions (E6), 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.5M Sodium succinate; Soak: ...詳細: Protein: 4.7mg/ml (nsp10/nsp16 1:1), 0.15M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 7.5 , 2mM SAM, 1mM TCEP, 5% Glycerol; Screen: Anions (E6), 0.1M Sodium acetate pH 4.6, 0.5M Sodium succinate; Soak: 17 hours, 0.2mM [M7Gppp]rArUrUrArArA, 5mM SAM, 5mM Manganese chloride, Cryo: 4M Sodium formate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年8月7日 / 詳細: BE
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 86204 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.097 / Rsym value: 0.09 / Χ2: 1.387 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 1.239 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4265 / CC1/2: 0.735 / Rpim(I) all: 0.493 / Rrim(I) all: 1.335 / Rsym value: 1.239 / Χ2: 0.999 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6w4h

6w4h


解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 8.181 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1981 4338 5 %RANDOM
Rwork0.1733 ---
obs0.1745 81799 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 171.9 Å2 / Biso mean: 55.875 Å2 / Biso min: 27.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.29 Å20.65 Å2-0 Å2
2--1.29 Å20 Å2
3----4.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6496 188 91 398 7173
Biso mean--60.53 56.93 -
残基数----850
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0137087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3441.6529650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3811.59814954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.7885868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.65123.98304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9151144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.7471521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0530.028032
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0470.021589
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.208 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 313 -
Rwork0.271 5927 -
all-6240 -
obs--99.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.59020.08120.47011.3564-0.14342.6454-0.04850.1177-0.0275-0.27780.0910.06440.2104-0.1106-0.04250.2599-0.00170.0110.02620.01310.170185.325323.3048-2.5945
21.67560.2868-0.30651.60890.01953.5306-0.0855-0.0564-0.0859-0.03620.1191-0.10650.40670.2186-0.03360.24930.06110.01250.0318-0.01460.170793.576220.53124.3963
32.09050.05421.20351.13110.0923.4623-0.0873-0.02250.2039-0.10690.0849-0.0066-0.19840.04280.00240.20370.03440.01050.02110.020.203189.212532.4162.3019
44.1378-0.9441-0.14355.3363-2.21197.2525-0.14890.4224-0.1952-0.53450.024-0.84540.2711.05870.12490.27340.05050.17330.2766-0.06440.1984107.048321.7456-15.5131
54.57076.5795-2.7349.9281-4.76673.2162-0.13160.1187-0.1877-0.35170.081-0.2090.30910.13560.05070.47180.05340.06190.083-0.0640.235191.06142.7991-9.7133
61.5968-3.54210.13469.537-0.28960.0888-0.1524-0.2145-0.0991-0.20950.25390.25760.0402-0.0282-0.10150.28560.0137-0.0230.19840.01590.260780.797714.55192.6362
70.673-1.48440.144811.47015.33933.99350.0253-0.0514-0.0534-0.032-0.05620.19090.0199-0.05110.03090.097-0.0963-0.00320.20380.02850.329754.99773.0322-13.4608
83.22-0.42530.46073.1947-0.10851.90040.02190.5157-0.3752-0.6219-0.02450.59210.2575-0.3480.00260.3648-0.1132-0.22210.1963-0.02780.23666.431419.6749-17.0999
90.75050.10961.14867.9501-8.050410.29560.1182-0.1562-0.3895-0.63930.1835-0.38140.8108-0.4165-0.30170.49660.0509-0.06920.3792-0.01270.331559.289830.8798-35.9
104.5551-0.0502-2.10992.0951.13213.5691-0.10780.2296-0.4244-0.18210.0715-0.10080.22750.26450.03630.36180.0353-0.02030.0792-0.08070.19689.7874-37.1428-24.8645
111.33930.17830.06221.62280.03642.81480.05180.02020.1306-0.13250.02770.1282-0.3538-0.041-0.07950.33940.03660.00850.00560.00090.226281.5861-20.051-10.7843
121.56060.0863-0.00970.99720.56983.05020.04090.1585-0.0699-0.26250.1282-0.1557-0.18250.5213-0.16910.3407-0.00050.04140.1104-0.04790.209794.0927-25.9767-19.1572
134.03042.93312.43023.08762.26255.15910.2205-0.1285-0.45270.22210.087-0.22630.25130.0823-0.30750.28680.0321-0.00340.0506-0.0030.220385.8137-30.0764-1.0221
141.7389-2.1041.05155.8835-1.1793.5034-0.1547-0.06420.08890.30390.1427-0.3453-0.35580.65880.0120.2296-0.09190.00250.1877-0.05770.198996.9154-16.1248-1.1827
150.32821.8704-0.100310.9485-0.34150.21320.03010.00230.03440.1320.02240.1428-0.03150.0116-0.05240.25610.0278-0.02070.14750.01870.199380.8616-15.745-19.1212
160.1149-0.8523-0.5459.5343.09922.87720.0610.01330.0582-0.11020.2548-0.0939-0.3841-0.1575-0.31580.19850.19620.02520.21770.00360.396152.6699-5.3225-8.755
172.59460.83010.55643.259-0.63453.5970.1839-0.11520.26350.0887-0.06030.6014-0.2147-0.8462-0.12370.24420.07170.0280.2172-0.00470.367263.8794-22.9404-5.155
1811.79692.70985.35594.67421.00255.3567-0.1001-0.89140.54010.631-0.1770.5190.0081-0.21340.27710.48140.12460.11510.1273-0.09930.463165.4854-4.1086-0.343
193.29650.6579-1.51863.9216-0.9136.06570.043-0.32750.4030.32770.10440.8304-0.4303-1.3362-0.14740.19540.12770.13770.4483-0.05590.42357.9942-20.41591.1781
201.7349-5.00064.455414.459-12.874711.47380.0663-0.0375-0.0843-0.08820.13430.28040.0864-0.0961-0.20060.2367-0.01120.05380.23350.03110.272181.794825.623116.4175
214.9206-6.6694-7.177729.925328.089626.61260.06170.2262-0.20890.3118-0.57470.50860.2496-0.57560.5130.3532-0.09420.01040.3822-0.02290.256479.114220.49838.1266
222.483-4.79492.73049.3302-5.31843.03860.3638-0.1518-0.4384-0.90280.16880.83220.5331-0.1115-0.53260.7280.0882-0.00370.56240.16020.567174.90920.22965.2478
2327.35033.861-15.38170.55-2.17138.6508-0.5095-0.2483-0.9775-0.0289-0.0459-0.09980.27960.13330.55530.87610.0293-0.12490.3255-0.06290.837370.967626.98235.1053
240.10860.1115-0.29420.1283-0.31980.82280.0019-0.046-0.0205-0.0609-0.02380.01750.09660.10480.0220.425-0.005-0.10170.20780.02190.266683.5713-26.9649-32.6985
2512.240812.3791-1.271719.734-9.31999.0784-0.902-0.23490.28310.57410.68420.0722-1.5675-0.99770.21780.53490.1776-0.08980.17310.01920.144979.8488-21.5871-24.9956
2610.1411-7.3052-3.11597.12752.51241.00230.0546-0.14920.7252-0.27810.2247-0.6378-0.04670.0511-0.27930.41460.03950.06550.18030.04810.317775.4905-20.9294-22.9497
2712.7896-4.62717.13381.6774-2.58183.98060.2210.3831-0.0637-0.1115-0.16260.04140.13120.2132-0.05840.55650.0179-0.08510.3392-0.09020.325571.1456-27.1592-23.8284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6798 - 6931
2X-RAY DIFFRACTION2A6932 - 7014
3X-RAY DIFFRACTION3A7015 - 7052
4X-RAY DIFFRACTION4A7053 - 7079
5X-RAY DIFFRACTION5A7080 - 7096
6X-RAY DIFFRACTION6A7101
7X-RAY DIFFRACTION7B4264 - 4289
8X-RAY DIFFRACTION8B4290 - 4375
9X-RAY DIFFRACTION9B4376 - 4392
10X-RAY DIFFRACTION10C6799 - 6832
11X-RAY DIFFRACTION11C6833 - 6938
12X-RAY DIFFRACTION12C6939 - 7037
13X-RAY DIFFRACTION13C7038 - 7062
14X-RAY DIFFRACTION14C7063 - 7096
15X-RAY DIFFRACTION15C7101
16X-RAY DIFFRACTION16D4271 - 4286
17X-RAY DIFFRACTION17D4287 - 4332
18X-RAY DIFFRACTION18D4333 - 4342
19X-RAY DIFFRACTION19D4343 - 4385
20X-RAY DIFFRACTION20E0
21X-RAY DIFFRACTION21E1
22X-RAY DIFFRACTION22E2
23X-RAY DIFFRACTION23E3
24X-RAY DIFFRACTION24F0
25X-RAY DIFFRACTION25F1
26X-RAY DIFFRACTION26F2
27X-RAY DIFFRACTION27F3 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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