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万見
- PDB-7jyz: Solution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jyz
タイトルSolution NMR structure and dynamics of human Brd3 ET in complex with MLV IN CTD
要素
  • Bromodomain-containing protein 3
  • Integrase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Integrase / Brd3 ET / MLV IN CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell late endosome membrane / lncRNA binding / virion assembly / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / lysine-acetylated histone binding / molecular condensate scaffold activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA ...host cell late endosome membrane / lncRNA binding / virion assembly / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / lysine-acetylated histone binding / molecular condensate scaffold activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / chromatin organization / viral nucleocapsid / aspartic-type endopeptidase activity / DNA recombination / structural constituent of virion / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / host cell plasma membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / : / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / NET domain superfamily / : / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Bromodomain-like superfamily / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Bromodomain / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 3 / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Aiyer, S. / Liu, G. / Swapna, G.V.T. / Hao, J. / Ma, L.C. / Roth, M.J. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorNIH-MIRA R35GM122518 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorRO1 GM110639 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM120574 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A common binding motif in the ET domain of BRD3 forms polymorphic structural interfaces with host and viral proteins.
著者: Aiyer, S. / Swapna, G.V.T. / Ma, L.C. / Liu, G. / Hao, J. / Chalmers, G. / Jacobs, B.C. / Montelione, G.T. / Roth, M.J.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_ref
Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Bromodomain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3962
ポリマ－21,3962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, T1, T2 relaxation experiments and rotational correlation times indicate the complex formation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1530 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14790 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 10131.592 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
遺伝子: gag-pro-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8UN00, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase, ribonuclease H
#2: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 11264.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic22D 1H-15N HSQC-TROSY
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HNCA
1111isotropic23D HN(CO)CA
1101isotropic23D HN(CA)CB
191isotropic23D CBCA(CO)NH
181isotropic23D HBHA(CO)NH
171isotropic23D HNHA
161isotropic23D (H)CCH-COSY
1151isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic23D 13C-15N simNOESY
1131isotropic23D 13C-NOESY-aromatic
2122isotropic12D 15N-T1-relaxation
2162isotropic12D 15N-T2-relaxation
2172isotropic12D HNOE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O100 mM NaCl, 20mM Sodium Phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol13C_15N_Brd3ET_13C_15N_MLV-IN-CTD90% H2O/10% D2O
solution20.25 mM [U-15N] Brd3 ET, 0.25 mM [U-15N] MLV-IN-CTD, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O100 mM NaCl, 20mM Sodium Phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol15N_Brd3ET_15N_MLV-IN-CTD90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMBrd3 ET[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.25 mMMLV-IN-CTD[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance1
0.25 mMBrd3 ET[U-15N]2
0.25 mMMLV-IN-CTD[U-15N]2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance2
試料状態

詳細: 20 mM sodium phosphate, 100mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol / イオン強度: 100 mM NaCl mM / Ionic strength err: 0.2 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabelpH
1conditions-17
2conditions-27.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001Equipped with 5mm TCI probe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002Equipped with a 5 mm TXI cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.3b, 3.2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
AutoAssign2.4Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
ASDP2.3Huang, Y. et al.geometry optimization
ASDP2.3Huang, Y. et al.structure calculation
CYANA3.98.13Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 10
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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