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万見
- PDB-7jq8: Solution NMR structure of human Brd3 ET domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jq8
タイトルSolution NMR structure of human Brd3 ET domain
要素
  • Bromodomain-containing protein 3
  • Integrase peptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / BET proteins / BRD3 / extra-terminal domain / MLV-IN TP
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / histone H3K9me2/3 reader activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly ...histone H3K27cr reader activity / histone H3K18cr reader activity / histone H3K9cr reader activity / retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / histone H3K9me2/3 reader activity / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / lncRNA binding / endodermal cell differentiation / : / protein localization to chromatin / molecular condensate scaffold activity / protein-DNA complex / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / host multivesicular body / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / histone binding / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / chromatin remodeling / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / symbiont entry into host cell / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / host cell plasma membrane / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #220 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #220 / Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Bromodomain, conserved site / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Bromodomain signature. / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Aiyer, S. / Swapna, G.V.T. / Roth, J.M. / Montelione, G.T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorNIH-MIRA R35GM122518 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorRO1 GM110639 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorGM120574 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A common binding motif in the ET domain of BRD3 forms polymorphic structural interfaces with host and viral proteins.
著者: Aiyer, S. / Swapna, G.V.T. / Ma, L.C. / Liu, G. / Hao, J. / Chalmers, G. / Jacobs, B.C. / Montelione, G.T. / Roth, M.J.
履歴
登録2020年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Integrase peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0772
ポリマ－14,0772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NMR rotational correlation times and Heteronuclear NOE experiments with and without the peptide indicated a complex formed between Brd3 ET and MLV CT TP
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1640 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9630 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 11264.543 Da / 分子数: 1 / 断片: NET domain, residues 554-640 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / プラスミド: pET15_NESG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15059
#2: タンパク質・ペプチド Integrase peptide / IN / p46


分子量: 2812.281 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal Tail, residues 1716-1738 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (isolate Shinnick) (ウイルス)
株: isolate Shinnick / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET15_NESG / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P03355, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic11D 1H
121isotropic12D HNOE
131isotropic12D NH-HSQC
141isotropic12D CH-HSQC
151isotropic12D TROSY
161isotropic13D CBCA(CO)NH
1111isotropic13D HBHA(CO)NH
1101isotropic13D HNCA
191isotropic13D HN(CA)CB
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
171isotropic13D CN-simNOESY
2122isotropic11D 1H
2232isotropic12D NH HSQC
2222isotropic12D CHHSQC
2212isotropic12D CT CHHSQC
2202isotropic13D HNCO
2192isotropic13D HNCA
2182isotropic13D HN(CA)CB
2172isotropic13D CBCA(CO)NH
2162isotropic13D HBHA(CO)NH
2152isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2142isotropic13D 12C-14N filtered NOESY
2132isotropic12D-homoNOESY-13C15Nfilter
2242isotropic12D HNOE
3253isotropic13D Aromatic -NOESY
3263isotropic13D CN simNOESY
4274isotropic11D 1H
4284isotropic12D NHHSQC
4324isotropic12D NH-TROSY
4314isotropic12D CHHSQC
4304isotropic13D HNCA
4294isotropic13D HN(CA)CB
4334isotropic13D HBHA(CO)NH
4344isotropic13D (H)CCH-TOCSY
4354isotropic13D CN simNOESY
4364isotropic13D 12C 14N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MLV IN TP, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O350 uL of the protein sample with 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol13C_15N_TP90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O275 uL of the protein sample with 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol13C_15N_Brd3-un_TP90% H2O/10% D2O
solution30.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O275 uL of the protein sample with 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol13C_15N_Brd3ET-TP90% H2O/10% D2O
solution40.5 mM Brd3 ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O275 uL of the protein sample with 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol13C_15N_Brd3ET-TP90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMLV IN TP[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance1
0.5 mMBrd3 ET[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance2
0.5 mMBrd3 ETnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMsodium phosphatenatural abundance3
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance3
0.5 mMBrd3 ETnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
20 mMsodium phosphatenatural abundance4
2 mM2-mercaptoethanolnatural abundance4
試料状態

詳細: 20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl and 2 mM 2-mercaptoethanol / イオン強度: 100mM NaCl mM / Ionic strength err: 0.2 / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.05 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabel
113C_15N_TP
213C_15N_Brd3_un-TP
313C_15N_Brd3-TP
413C_15N-TP_un_ET

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz / 詳細: Equipped with 5mm TXI cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
ASDP2.3Huang, J and Montelione G.T.geometry optimization
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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