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- PDB-7jyx: Crystal Structure of HLA A*2402 in complex with TYQWIIRNWET, an 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jyx
タイトルCrystal Structure of HLA A*2402 in complex with TYQWIIRNWET, an 11-mer epitope from Influenza
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA A*2402 / influenza virus / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Gras, S. / Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1173871 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159272 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: CD8 + T cell landscape in Indigenous and non-Indigenous people restricted by influenza mortality-associated HLA-A*24:02 allomorph.
著者: Hensen, L. / Illing, P.T. / Bridie Clemens, E. / Nguyen, T.H.O. / Koutsakos, M. / van de Sandt, C.E. / Mifsud, N.A. / Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Chua, B.Y. / Halim, H. / Rizzetto, S. / ...著者: Hensen, L. / Illing, P.T. / Bridie Clemens, E. / Nguyen, T.H.O. / Koutsakos, M. / van de Sandt, C.E. / Mifsud, N.A. / Nguyen, A.T. / Szeto, C. / Chua, B.Y. / Halim, H. / Rizzetto, S. / Luciani, F. / Loh, L. / Grant, E.J. / Saunders, P.M. / Brooks, A.G. / Rockman, S. / Kotsimbos, T.C. / Cheng, A.C. / Richards, M. / Westall, G.P. / Wakim, L.M. / Loudovaris, T. / Mannering, S.I. / Elliott, M. / Tangye, S.G. / Jackson, D.C. / Flanagan, K.L. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Davies, J. / Miller, A. / Tong, S.Y.C. / Purcell, A.W. / Kedzierska, K.
履歴
登録2020年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6856
ポリマ－90,6856
非ポリマー00
水1,29772
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3423
ポリマ－45,3423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3423
ポリマ－45,3423
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.678, 43.645, 236.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.560, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / HLA-A*2402 heavy chain


分子量: 31952.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411J078
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド PB2 peptide from Influenza, TYQWIIRNWET


分子量: 1510.671 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: peptide from influenza virus
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.57 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: 24% PEG8000, 0.1 HEPES pH 7.5, 5% v/v Ethyl acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→39.23 Å / Num. obs: 19624 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 78.39 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.95→3.13 Å / Rmerge(I) obs: 0.404 / Num. unique obs: 3149

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F7M

4f7m


解像度: 2.95→39.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.453
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 989 5.04 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.212 19617 99.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 194.81 Å2 / Biso mean: 64.69 Å2 / Biso min: 14.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.6467 Å20 Å2-4.1792 Å2
2---6.6209 Å20 Å2
3----4.0259 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.95→39.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6291 0 0 72 6363
Biso mean---42.61 -
残基数----766
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2240SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1119HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6479HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion803SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7061SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6479HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8788HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.7
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.47
LS精密化 シェル解像度: 2.95→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3302 21 5.24 %
Rwork0.2809 380 -
all0.2842 401 -
obs--99.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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