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- PDB-7jxh: HER2 in complex with JBJ-08-178-01 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jxh
タイトルHER2 in complex with JBJ-08-178-01
要素Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / HER2 / ErbB2 / kinase / inhibitor / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse ...negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / motor neuron axon guidance / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuromuscular junction development / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / oligodendrocyte differentiation / ERBB2 Regulates Cell Motility / semaphorin-plexin signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of protein targeting to membrane / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / Schwann cell development / Signaling by ERBB2 / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to epidermal growth factor stimulus / myelination / GRB2 events in ERBB2 signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SHC1 events in ERBB2 signaling / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / neurogenesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / basal plasma membrane / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of translation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / positive regulation of MAP kinase activity / wound healing / Signaling by ERBB2 ECD mutants / neuromuscular junction / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / receptor tyrosine kinase binding / cellular response to growth factor stimulus / Downregulation of ERBB2 signaling / ruffle membrane / peptidyl-tyrosine phosphorylation / transmembrane signaling receptor activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / myelin sheath / presynaptic membrane / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / basolateral plasma membrane / protein tyrosine kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / endosome membrane / intracellular signal transduction / positive regulation of protein phosphorylation / protein heterodimerization activity / apical plasma membrane / protein phosphorylation / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VOY / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Beyett, T.S. / Eck, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5R01CA201049-05 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1F32CA247198-01 米国
引用ジャーナル: Cancer Res. / : 2022
タイトル: A Novel HER2-Selective Kinase Inhibitor Is Effective in HER2 Mutant and Amplified Non-Small Cell Lung Cancer.
著者: Son, J. / Jang, J. / Beyett, T.S. / Eum, Y. / Haikala, H.M. / Verano, A. / Lin, M. / Hatcher, J.M. / Kwiatkowski, N.P. / Eser, P.O. / Poitras, M.J. / Wang, S. / Xu, M. / Gokhale, P.C. / ...著者: Son, J. / Jang, J. / Beyett, T.S. / Eum, Y. / Haikala, H.M. / Verano, A. / Lin, M. / Hatcher, J.M. / Kwiatkowski, N.P. / Eser, P.O. / Poitras, M.J. / Wang, S. / Xu, M. / Gokhale, P.C. / Cameron, M.D. / Eck, M.J. / Gray, N.S. / Janne, P.A.
履歴
登録2020年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
C: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
D: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
E: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
F: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
G: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
H: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)299,57716
ポリマ-295,0768
非ポリマー4,5018
00
1
B: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
ポリマ-36,8851
非ポリマー5631
0
タイプ名称対称操作
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手法PISA
2
A: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
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手法PISA
3
C: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
ポリマ-36,8851
非ポリマー5631
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手法PISA
4
D: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
ポリマ-36,8851
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タイプ名称対称操作
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5
E: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作
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6
F: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作
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手法PISA
7
G: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作
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8
H: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4472
ポリマ-36,8851
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タイプ名称対称操作
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手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.138, 154.617, 93.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 713 through 740 or resid 746...
21(chain B and (resid 713 through 740 or resid 746...
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71(chain G and (resid 713 through 740 or resid 746...
81(chain H and (resid 713 through 740 or resid 746...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
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861(chain H and (resid 713 through 740 or resid 746...H1001

-
要素

#1: タンパク質
Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / ...Metastatic lymph node gene 19 protein / MLN 19 / Proto-oncogene Neu / Proto-oncogene c-ErbB-2 / Tyrosine kinase-type cell surface receptor HER2 / p185erbB2


分子量: 36884.512 Da / 分子数: 8 / 断片: kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB2, HER2, MLN19, NEU, NGL / プラスミド: pTriEX / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P04626, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-VOY / (2E)-N-[3-cyano-7-ethoxy-4-({3-methyl-4-[([1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)oxy]phenyl}amino)quinolin-6-yl]-4-(dimethylamino)but-2-enamide


分子量: 562.622 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C31H30N8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / 解説: Rod
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M PIPES pH 6.5, 0.3 M ammonium tartrate, 25% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月10日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→91.34 Å / Num. obs: 75837 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 48.579 Å2 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.595 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.26-3.3270.91260718051.4773.9392.6
8.86-91.226.89.21372520140.0360.09599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PP0
解像度: 3.27→91.34 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2849 3908 5.15 %
Rwork0.239 71929 -
obs0.2413 75837 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.27 Å2 / Biso mean: 65.1921 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.27→91.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17524 0 336 0 17860
Biso mean--45.76 --
残基数----2190
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
12B10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
13C10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
14D10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
15E10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
16F10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
17G10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
18H10107X-RAY DIFFRACTION14.928TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.27-3.310.32031410.3203246596
3.31-3.350.38831180.3503259798
3.35-3.40.38071460.345254298
3.4-3.440.37231370.3292256898
3.44-3.490.32661360.3176257299
3.49-3.540.31921310.3018256098
3.54-3.60.35511520.3032260898
3.6-3.660.30991440.3099254498
3.66-3.720.42431280.3048257498
3.72-3.790.33981470.2968255396
3.79-3.860.311370.2609254099
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3.94-4.030.32731400.25022580100
4.03-4.120.29041380.2463262299
4.12-4.220.28521420.2234257299
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4.34-4.460.2771420.214258699
4.46-4.610.24421320.1966258799
4.61-4.770.21831350.1882258298
4.77-4.960.26991400.2011252496
4.96-5.190.24181290.1982256898
5.19-5.460.26971410.2039260499
5.46-5.810.28311470.22012600100
5.81-6.250.24261480.2072257599
6.25-6.880.27291350.2086258999
6.88-7.880.23591380.2124254797
7.88-9.920.21531480.1666255899
9.93-91.340.24471420.2127253396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4633-0.11620.76336.26262.13841.89650.0597-0.203-0.0003-0.1355-0.03210.0574-0.0815-0.1021-0.08140.3478-0.04850.0340.43640.04620.327230.8954.97241.619
21.78-0.6023-0.59475.59380.68122.98590.07130.0130.14250.2853-0.02760.0940.1758-0.0378-0.05460.2818-0.0734-0.06690.36710.07860.290765.0545.05176.392
31.3167-1.8533-0.46556.49911.42232.2814-0.13150.0566-0.0278-0.20880.08950.04660.10180.00290.01650.3757-0.1045-0.04660.38340.05420.401420.769-1.95586.023
41.0117-2.0079-0.3785.77290.83292.1620.01690.1205-0.0513-0.2726-0.03180.16150.01270.03810.03550.3051-0.0399-0.02760.35950.03350.255876.536-2.35330.099
52.5305-2.81020.29256.0818-0.61281.9987-0.02210.03590.08370.1294-0.01340.2112-0.2421-0.1080.07510.2556-0.0169-0.01580.3878-0.06260.328739.71843.75175.95
61.82030.81790.0815.4110.52641.7133-0.16410.00620.1774-0.25640.11950.7092-0.2424-0.08480.04220.46350.06340.04080.39310.06530.323265.648-33.82950.171
71.8331-1.67730.31446.1284-1.56771.4457-0.03080.0571-0.1346-0.31170.1459-0.1142-0.0172-0.054-0.15770.4356-0.07140.09280.4015-0.03630.323951.3836.61431.381
81.5134-0.62140.46994.772-2.12012.72190.0188-0.07780.20240.4382-0.2343-0.441-0.23120.22570.16410.3142-0.0607-0.05090.3285-0.02460.428686.25535.95586.485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 708:996 OR RESID 1101:1101 ) )B708 - 996
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN B AND ( RESID 708:996 OR RESID 1101:1101 ) )B1101
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 706:992 )A706 - 992
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 710:992 )C710 - 992
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 710:992 )D710 - 992
6X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 709:992 )E709 - 992
7X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 713:991 OR RESID 1101:1101 ) )F713 - 991
8X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND ( RESID 713:991 OR RESID 1101:1101 ) )F1101
9X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 706:992 )G706 - 992
10X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 707:992 )H707 - 992

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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