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- PDB-7jx3: Mapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jx3
タイトルMapping neutralizing and immunodominant sites on the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain by structure-guided high-resolution serology
要素
  • (Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody ...) x 3
  • (Light chain of Fab domain of monoclonal antibody ...) x 3
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / COVID-19 / SARS-CoV-2 / neutralizing monoclonal antibody / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / viral translation / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / membrane fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Snell, G. / Czudnochowski, N. / Rosen, L.E. / Nix, J.C. / Corti, D. / Veesler, D. / Park, Y.J. / Walls, A.C. / Tortorici, M.A. / Cameroni, E. ...Snell, G. / Czudnochowski, N. / Rosen, L.E. / Nix, J.C. / Corti, D. / Veesler, D. / Park, Y.J. / Walls, A.C. / Tortorici, M.A. / Cameroni, E. / Pinto, D. / Beltramello, M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120553 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Seattle Structural Genomics Center for Infectious Diseases (SSGCID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Mapping Neutralizing and Immunodominant Sites on the SARS-CoV-2 Spike Receptor-Binding Domain by Structure-Guided High-Resolution Serology.
著者: Luca Piccoli / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Nadine Czudnochowski / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Chiara Silacci-Fregni / Dora Pinto / Laura E Rosen / John E Bowen / ...著者: Luca Piccoli / Young-Jun Park / M Alejandra Tortorici / Nadine Czudnochowski / Alexandra C Walls / Martina Beltramello / Chiara Silacci-Fregni / Dora Pinto / Laura E Rosen / John E Bowen / Oliver J Acton / Stefano Jaconi / Barbara Guarino / Andrea Minola / Fabrizia Zatta / Nicole Sprugasci / Jessica Bassi / Alessia Peter / Anna De Marco / Jay C Nix / Federico Mele / Sandra Jovic / Blanca Fernandez Rodriguez / Sneha V Gupta / Feng Jin / Giovanni Piumatti / Giorgia Lo Presti / Alessandra Franzetti Pellanda / Maira Biggiogero / Maciej Tarkowski / Matteo S Pizzuto / Elisabetta Cameroni / Colin Havenar-Daughton / Megan Smithey / David Hong / Valentino Lepori / Emiliano Albanese / Alessandro Ceschi / Enos Bernasconi / Luigia Elzi / Paolo Ferrari / Christian Garzoni / Agostino Riva / Gyorgy Snell / Federica Sallusto / Katja Fink / Herbert W Virgin / Antonio Lanzavecchia / Davide Corti / David Veesler /
要旨: Analysis of the specificity and kinetics of neutralizing antibodies (nAbs) elicited by SARS-CoV-2 infection is crucial for understanding immune protection and identifying targets for vaccine design. ...Analysis of the specificity and kinetics of neutralizing antibodies (nAbs) elicited by SARS-CoV-2 infection is crucial for understanding immune protection and identifying targets for vaccine design. In a cohort of 647 SARS-CoV-2-infected subjects, we found that both the magnitude of Ab responses to SARS-CoV-2 spike (S) and nucleoprotein and nAb titers correlate with clinical scores. The receptor-binding domain (RBD) is immunodominant and the target of 90% of the neutralizing activity present in SARS-CoV-2 immune sera. Whereas overall RBD-specific serum IgG titers waned with a half-life of 49 days, nAb titers and avidity increased over time for some individuals, consistent with affinity maturation. We structurally defined an RBD antigenic map and serologically quantified serum Abs specific for distinct RBD epitopes leading to the identification of two major receptor-binding motif antigenic sites. Our results explain the immunodominance of the receptor-binding motif and will guide the design of COVID-19 vaccines and therapeutics.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22021年1月27日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / entity_name_com / Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name
改定 1.32023年10月18日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.42024年8月7日Group: Other / Structure summary
カテゴリ: pdbx_SG_project / pdbx_database_status / struct_keywords
Item: _pdbx_database_status.SG_entry / _struct_keywords.text
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S309
A: Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S309
D: Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S2H14
C: Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S2H14
L: Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S304
H: Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S304
R: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,4348
ポリマ－165,2137
非ポリマー2211
水45025
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16350 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area63540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)79.540, 127.780, 192.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
抗体 , 6種, 6分子 BADCLH

#1: 抗体 Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S309


分子量: 23204.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S309


分子量: 24573.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S2H14


分子量: 23139.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S2H14


分子量: 24246.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Light chain of Fab domain of monoclonal antibody S304


分子量: 23370.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 Heavy chain of Fab domain of monoclonal antibody S304


分子量: 23729.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 / 非ポリマー , 3種, 27分子 R

#7: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein / Spike glycoprotein


分子量: 22948.783 Da / 分子数: 1 / Fragment: Receptor binding domain (UNP residues 328-531) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 16.2% w/v PEG4000, 0.09 M sodium citrate, pH 6.0, 0.18 M ammonium acetate, 0.02 M potassium acetate, 0.01 MES, pH 6, 1.5% v/v pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2020年8月7日
放射モノクロメーター: double crystal SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.75 Å / Num. obs: 55237 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.199 / Rpim(I) all: 0.079 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 406155
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.736.82.4183068245030.390.9992.6190.799.9
11.24-47.756.90.04449537140.9970.0180.04737.693.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6M0J

6m0j


解像度: 2.65→47.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 53.058 / SU ML: 0.439 / SU R Cruickshank DPI: 0.9723 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.972 / ESU R Free: 0.367 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2881 2586 4.7 %RANDOM
Rwork0.2578 ---
obs0.2591 52027 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 166.18 Å2 / Biso mean: 66.749 Å2 / Biso min: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å21.38 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3---0.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11484 0 14 25 11523
Biso mean--90.07 46.58 -
残基数----1512
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.01311793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.6516069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2231.57224365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.10151504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.60322.877511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.949151833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2731547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022433
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 159 -
Rwork0.412 3341 -
all-3500 -
obs--86.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1155-0.17751.98590.5402-0.05265.5218-0.06450.148-0.19810.07690.12560.08-0.2486-0.1253-0.06110.02780.0403-0.00810.71440.00390.091-5.226-19.0811.171
21.0687-0.08071.4290.95381.13054.4383-0.24640.08450.08460.0054-0.10860.2116-0.5134-0.530.35490.09690.13550.00470.71730.09030.1697-13.499-7.1222.616
33.7858-0.2109-1.81571.96270.25992.98340.14290.05630.15010.2348-0.0821-0.0084-0.2141-0.0027-0.06080.29250.0623-0.11810.38430.03120.079821.812-15.17656.042
41.2165-2.0801-0.3313.65920.57110.0930.0204-0.06540.0769-0.18390.0072-0.1696-0.0055-0.0281-0.02760.27230.0817-0.01370.77550.03560.117955.365-47.69529.526
53.0404-2.8748-1.22353.69391.18080.4963-0.2248-0.31920.21710.22060.2991-0.47690.09940.1524-0.07430.29240.134-0.09270.90090.02420.255566.147-43.51643.692
60.08130.1631-0.09475.5716-3.16441.80840.00370.0559-0.0833-0.16880.19690.33750.126-0.1869-0.20060.5593-0.0646-0.1990.5439-0.03590.18944.817-49.33782.657
70.16360.3949-0.23745.6138-1.85190.69680.0809-0.053-0.13650.1395-0.2461-0.2168-0.07290.10680.16530.5222-0.0966-0.17230.42750.03890.141117.574-48.24295.129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2A1 - 228
3X-RAY DIFFRACTION3R332 - 527
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5D1 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6H2 - 221
7X-RAY DIFFRACTION7L1 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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