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- PDB-7jwx: Crystal Structure of Trypsin Bound O-methyl Benzamidine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwx
タイトルCrystal Structure of Trypsin Bound O-methyl Benzamidine
要素Cationic trypsin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VN1 / Serine protease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Packianathan, C. / Laganowsky, A.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Small molecule peptidomimetic trypsin inhibitors: validation of an EKO binding mode, but with a twist.
著者: Lyu, R.L. / Joy, S. / Packianathan, C. / Laganowsky, A. / Burgess, K.
履歴
登録2020年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cationic trypsin
B: Cationic trypsin
C: Cationic trypsin
D: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,82719
ポリマ－93,2974
非ポリマー2,53015
水8,071448
1
A: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9164
ポリマ－23,3241
非ポリマー5923
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8554
ポリマ－23,3241
非ポリマー5313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0125
ポリマ－23,3241
非ポリマー6884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Cationic trypsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0446
ポリマ－23,3241
非ポリマー7195
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.270, 70.320, 137.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 133.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin

-
非ポリマー , 6種, 463分子

#2: 化合物
ChemComp-VN1 / 4-[(1-{(1S,2S)-1-[1-(4-aminobutyl)-1H-1,2,3-triazol-4-yl]-2-methylbutyl}-1H-1,2,3-triazol-4-yl)methoxy]-3-methoxybenzene-1-carboximidamide


分子量: 455.557 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H33N9O2
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.9M (NH4)2 SO4, 50mM MES pH 6.0, 2mM O-methyl Benzamidine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年7月27日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→40 Å / Num. obs: 52631 / % possible obs: 98.51 % / 冗長度: 3.07 % / Biso Wilson estimate: 27.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.38→2.46 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3703 / CC1/2: 0.928 / Rrim(I) all: 0.33 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F2S

1f2s


解像度: 2.38→38.58 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 2632 5 %
Rwork0.2119 49985 -
obs0.2141 52617 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 78.28 Å2 / Biso mean: 29.0329 Å2 / Biso min: 12.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→38.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6516 0 164 448 7128
Biso mean--29.68 31.12 -
残基数----892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.38-2.420.34731270.27812415254290
2.42-2.470.34561360.2572572270898
2.47-2.520.26731370.24162617275499
2.52-2.580.2921370.23952594273199
2.58-2.630.3271380.23672625276399
2.63-2.70.27081390.2432635277499
2.7-2.770.30351380.24282630276899
2.77-2.860.35011380.24822613275199
2.86-2.950.2791380.24062634277299
2.95-3.050.25311400.23482665280599
3.05-3.180.24941390.21332629276899
3.18-3.320.26161390.21892642278199
3.32-3.490.26971400.216726562796100
3.49-3.710.22921400.20126562796100
3.71-40.25441390.18726442783100
4-4.40.19711420.1712698284099
4.4-5.040.21221400.17732664280499
5.04-6.340.24271410.20512678281999
6.34-38.580.21761440.20092718286298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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