PDB-7jww: Crystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7jww

タイトル

Crystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28

要素

Retinal dehydrogenase 1

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / retinal dehydrogenase / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Fructose catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Hurley, T.D. / Buchman, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Development of 2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one inhibitors of aldehyde dehydrogenase 1A (ALDH1A) as potential adjuncts to ovarian cancer chemotherapy.
著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / ...

履歴

登録	2020年8月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7jww.cif.gz	214.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7jww.ent.gz	169 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7jww.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7jww_validation.pdf.gz	763.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7jww_full_validation.pdf.gz	767.2 KB	表示
XML形式データ	7jww_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	7jww_validation.cif.gz	32.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jww ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jww	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7jwsC 7jwtC 7jwuC 7jwvC 6dumS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n81-1 1nzx-2 4x4l-1 7jwv-1 1o02-1 2ono-2 5l13-1 7jwu-1 3n80-1 4fr8-2 2vle-1 1o02-2 4kwf-1 5ac2-1 1o04-2 3n83-2 2onp-1 3inl-1 5ac1-2 5l2o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (8) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (8) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#13 - 2001年1月
アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase)
類似性 (1)
#127 - 2010年7月
クリスタリン (Crystallins)
類似性 (8)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (8)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Retinal dehydrogenase 1

ヘテロ分子

55.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Retinal dehydrogenase 1

ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1

ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1

ヘテロ分子

A: Retinal dehydrogenase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.944, 108.944, 83.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	89
Space group name H-M	P422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-947- HOH

#1: タンパク質	Retinal dehydrogenase 1 / RalDH1 / ALDH-E1 / ALHDII / Aldehyde dehydrogenase family 1 member A1 / Aldehyde dehydrogenase / cytosolic 分子量: 54897.590 Da / 分子数: 1 / 変異: N121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / プラスミド: pET7b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9HW83, UniProt: P00352*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION 分子量: 173.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#3: 化合物	ChemComp-VMG / 5-{4-[(Z)-2-hydroxyethenyl]phenyl}-1-methyl-6-{[(1R)-1-phenylethyl]sulfanyl}-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 406.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₂N₄O₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM sodium BisTris, pH 6.4, 9% PEG3350, 200 mM NaCl, and 5-10 mM YbCl3, 250 uM 5-(4-(2-hydroxyethyl)phenyl)-1-methyl-6-((1-phenylethyl)thio)-1,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one, 1% v/v DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50.01 Å / Num. obs: 66324 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.036 / Net I/av σ(I): 23.6 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.6-1.63	8.6	0.765	3276	0.748	0.272	0.813	1.062	100
1.63-1.66	9.4	0.743	3250	0.81	0.251	0.785	1.079	100
1.66-1.69	9.7	0.666	3264	0.824	0.221	0.703	1.082	100
1.69-1.72	9.7	0.574	3266	0.87	0.191	0.605	1.057	100
1.72-1.76	9.7	0.499	3283	0.895	0.166	0.527	1.069	100
1.76-1.8	9.7	0.442	3268	0.921	0.147	0.466	1.062	100
1.8-1.85	9.7	0.369	3287	0.933	0.123	0.389	1.055	100
1.85-1.9	9.8	0.309	3261	0.964	0.103	0.325	1.067	100
1.9-1.95	9.7	0.259	3300	0.969	0.086	0.273	1.045	100
1.95-2.02	9.8	0.216	3292	0.975	0.072	0.228	1.037	100
2.02-2.09	9.8	0.178	3283	0.983	0.06	0.188	1.041	100
2.09-2.17	9.8	0.153	3297	0.988	0.051	0.161	1.04	100
2.17-2.27	9.7	0.125	3324	0.992	0.042	0.132	1.045	100
2.27-2.39	9.8	0.109	3298	0.994	0.036	0.115	0.996	100
2.39-2.54	9.7	0.097	3337	0.995	0.033	0.103	1.061	100
2.54-2.74	9.7	0.08	3343	0.996	0.027	0.084	1.054	100
2.74-3.01	9.7	0.066	3338	0.998	0.022	0.069	0.963	100
3.01-3.45	9.7	0.05	3372	0.999	0.017	0.053	1.036	100
3.45-4.34	9.5	0.038	3414	0.999	0.013	0.04	0.982	100
4.34-50	8.8	0.038	3571	0.999	0.014	0.041	0.898	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6DUM

6dum

解像度: 1.6→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 6.919 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.1146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2726	3343	5 %	RANDOM
R_work	0.2348	-	-	-
obs	0.2366	62974	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.9 Å² / B_iso mean: 31.624 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3814	0	31	285	4130
B_iso mean	-	-	27.41	26.68	-
残基数	-	-	-	-	494

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.323	1.971	5381
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.923	3	8775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.062	5	505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.401	24.699	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.101	15	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.701	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4506
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	884

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	237	5 %
R_work	0.378	4591	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0921	-0.0762	-0.3196	1.8821	-0.2803	0.6192	-0.257	-0.5779	-0.5863	0.5602	0.0509	0.112	0.0469	0.042	0.2061	0.2558	0.1039	0.1643	0.1867	0.1864	0.2507	53.962	-22.171	20.984
2	2.3724	0.377	-0.3752	2.3654	-0.8084	1.2583	-0.2621	-0.5797	-0.2369	0.4727	0.1193	0.6484	-0.0127	-0.0626	0.1428	0.2157	0.0975	0.2599	0.188	0.0699	0.3843	28.116	-10.3	21.174
3	1.4897	0.0488	-0.0029	1.83	-0.5635	0.9663	-0.2298	-0.0964	0.0652	0.1571	0.0511	-0.3634	-0.0197	-0.0508	0.1788	0.0574	0.0152	-0.0511	0.0161	0.0021	0.14	69.194	3.135	4.891
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.7389	0.306	0.2161	0.6506	0.1811	0.913	30.577	-29.243	40.096

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	8 - 140
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	163 - 269
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	270 - 485
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	141 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	486 - 501
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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