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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jws | ||||||
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Title | Crystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28 | ||||||
![]() | Retinal dehydrogenase 1![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hurley, T.D. / Buchman, C. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Development of 2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one inhibitors of aldehyde dehydrogenase 1A (ALDH1A) as potential adjuncts to ovarian cancer chemotherapy. Authors: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / ...Authors: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / Buckanovich, R.J. / Hurley, T.D. / Larsen, S.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 217.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 171.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7jwtC ![]() 7jwuC ![]() 7jwvC ![]() 7jwwC ![]() 6dumS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 54897.590 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N121S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||
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#2: Chemical | ![]() #3: Chemical | ChemComp-VLY / | #4: Chemical | ChemComp-CL / | ![]() #5: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | Y | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.37 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.4 Details: 100 mM sodium BisTris, pH 6.4, 9% PEG3350, 200 mM NaCl, and 5-10 mM YbCl3, 250 uM (R)-1-methyl-5-phenyl-6-((1-phenylethyl)thio)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4(5H)-one, 1% v/v DMSO |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Mar 25, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.6→109.07 Å / Num. obs: 66172 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 24.1 / Net I/σ(I): 11.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 6DUM Resolution: 1.6→109.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.092 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.1119 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 70.66 Å2 / Biso mean: 30.561 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.6→109.07 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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