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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jws | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human ALDH1A1 bound to compound (R)-28 | ||||||
要素 | Retinal dehydrogenase 1レチナールデヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / レチナールデヒドロゲナーゼ / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Fructose catabolism ...fructosamine catabolic process / 3-deoxyglucosone dehydrogenase activity / ベンズアルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / benzaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / maintenance of lens transparency / gamma-aminobutyric acid biosynthetic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase activity / レチナールデヒドロゲナーゼ / アミノブチルアルデヒドデヒドロゲナーゼ / Fructose catabolism / Ethanol oxidation / cellular aldehyde metabolic process / RA biosynthesis pathway / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (non-phosphorylating) activity / アルデヒドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / cellular detoxification of aldehyde / androgen binding / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / negative regulation of cold-induced thermogenesis / retinal dehydrogenase activity / retinol metabolic process / retinoid metabolic process / GTPase activator activity / NAD binding / 神経繊維 / シナプス / extracellular exosome / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Hurley, T.D. / Buchman, C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: Development of 2,5-dihydro-4H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-one inhibitors of aldehyde dehydrogenase 1A (ALDH1A) as potential adjuncts to ovarian cancer chemotherapy. 著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / ...著者: Huddle, B.C. / Grimley, E. / Chtcherbinine, M. / Buchman, C.D. / Takahashi, C. / Debnath, B. / McGonigal, S.C. / Mao, S. / Li, S. / Felton, J. / Pan, S. / Wen, B. / Sun, D. / Neamati, N. / Buckanovich, R.J. / Hurley, T.D. / Larsen, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jws.cif.gz | 217.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jws.ent.gz | 171.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jws | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54897.590 Da / 分子数: 1 / 変異: N121S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH1A1, ALDC, ALDH1, PUMB1 / プラスミド: pET7b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: V9HW83, UniProt: P00352*PLUS | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-VLY / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: 100 mM sodium BisTris, pH 6.4, 9% PEG3350, 200 mM NaCl, and 5-10 mM YbCl3, 250 uM (R)-1-methyl-5-phenyl-6-((1-phenylethyl)thio)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4(5H)-one, 1% v/v DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→109.07 Å / Num. obs: 66172 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.019 / Net I/av σ(I): 24.1 / Net I/σ(I): 11.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6DUM 解像度: 1.6→109.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 7.092 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.1119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.66 Å2 / Biso mean: 30.561 Å2 / Biso min: 12.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→109.07 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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