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万見
- PDB-7jwl: Crystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Penicillin Binding Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jwl
タイトルCrystal Structure of Pseudomonas aeruginosa Penicillin Binding Protein 3 (PAE-PBP3) bound to ETX0462
要素Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
キーワードANTIBIOTIC / PSEUDOMONAS AERUGINOSA / PBP3 / ETX0462
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ETX0462 (Bound form) / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mayclin, S.J. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Sylvester, M. / Wu, X. / Shapiro, A. / Moussa, S. / Durand-Reville, T.F.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Rational design of a new antibiotic class for drug-resistant infections.
著者: Durand-Reville, T.F. / Miller, A.A. / O'Donnell, J.P. / Wu, X. / Sylvester, M.A. / Guler, S. / Iyer, R. / Shapiro, A.B. / Carter, N.M. / Velez-Vega, C. / Moussa, S.H. / McLeod, S.M. / Chen, A. ...著者: Durand-Reville, T.F. / Miller, A.A. / O'Donnell, J.P. / Wu, X. / Sylvester, M.A. / Guler, S. / Iyer, R. / Shapiro, A.B. / Carter, N.M. / Velez-Vega, C. / Moussa, S.H. / McLeod, S.M. / Chen, A. / Tanudra, A.M. / Zhang, J. / Comita-Prevoir, J. / Romero, J.A. / Huynh, H. / Ferguson, A.D. / Horanyi, P.S. / Mayclin, S.J. / Heine, H.S. / Drusano, G.L. / Cummings, J.E. / Slayden, R.A. / Tommasi, R.A.
履歴
登録2020年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年9月22日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32021年9月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7293
ポリマ－58,3291
非ポリマー4002
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21690 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)68.540, 83.950, 90.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein 3 / PBP-3


分子量: 58329.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_ ...遺伝子: pbpB, ftsI, ftsI_2, ALP65_00912, CAZ10_21230, CGU42_01090, DZ934_06595, DZ962_00565, E4V10_06485, ECC04_026610, ERJ99_003095, FCG96_14995, FLI88_02250, IPC1481_11065, IPC1482_17070, IPC165_24935, IPC170_23205, IPC669_10550, RW109_RW109_05757
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q51504, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-VMM / ETX0462 (Bound form) / (4R,7S)-7-(N'-hydroxy-N-methylcarbamimidoyl)-1-methyl-4-[(sulfooxy)amino]-1,4,5,7-tetrahydro-6H-pyrazolo[3,4-c]pyridine-6-carboxylic acid


分子量: 364.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N6O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MORPHEUS H12 (293699H12): 12.5% W/V PEG1000, 12.5% W/V PEG3350, 12.5% V/V MPD, 100MM BICINE/TRIZMA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.72 Å / Num. obs: 26980 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.098 % / Biso Wilson estimate: 44.06 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rrim(I) all: 0.073 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 17.37 / Num. measured all: 164537
反射 シェル解像度: 2.2→39.72 Å / 冗長度: 5.061 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 3.09 / Num. measured obs: 1655 / Num. possible: 357 / Num. unique obs: 327 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.03 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829: ???精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4wel

4wel


解像度: 2.2→39.72 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.214 2063 7.65 %
Rwork0.164 --
obs0.168 26962 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.79 Å2 / Biso mean: 43.87 Å2 / Biso min: 19.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3724 0 24 206 3954
Biso mean--37.72 46.73 -
残基数----500
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 173 -
Rwork0.1975 1566 -
all-1739 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.22130.0918-0.2361-0.0476-1.27643.0379-0.020.0275-0.00430.2122-0.2525-0.054-0.32790.15470.220.5981-0.0102-0.05580.3622-0.02380.30798.014830.91235.3207
20.4090.03970.27220.6770.62562.06660.0039-0.0719-0.04680.01680.044-0.00240.09390.0234-0.05160.2252-0.0389-0.00660.25760.0410.26614.772319.7702-8.1726
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0
2X-RAY DIFFRACTION2A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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