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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7jwi | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B17.R2 TCR in complex with H2D-b-NP366 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / TCR / MHC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding ...helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / viral penetration into host nucleus / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / host cell / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
データ登録者 | Farenc, C. / Rossjohn, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2021 タイトル: Canonical T cell receptor docking on peptide-MHC is essential for T cell signaling. 著者: Zareie, P. / Szeto, C. / Farenc, C. / Gunasinghe, S.D. / Kolawole, E.M. / Nguyen, A. / Blyth, C. / Sng, X.Y.X. / Li, J. / Jones, C.M. / Fulcher, A.J. / Jacobs, J.R. / Wei, Q. / Wojciech, L. / ...著者: Zareie, P. / Szeto, C. / Farenc, C. / Gunasinghe, S.D. / Kolawole, E.M. / Nguyen, A. / Blyth, C. / Sng, X.Y.X. / Li, J. / Jones, C.M. / Fulcher, A.J. / Jacobs, J.R. / Wei, Q. / Wojciech, L. / Petersen, J. / Gascoigne, N.R.J. / Evavold, B.D. / Gaus, K. / Gras, S. / Rossjohn, J. / La Gruta, N.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7jwi.cif.gz | 184.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7jwi.ent.gz | 143 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7jwi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7jwi_validation.pdf.gz | 475.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7jwi_full_validation.pdf.gz | 480.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7jwi_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7jwi_validation.cif.gz | 41.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jwi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/7jwi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE
#1: タンパク質 | 分子量: 40885.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769 |
#4: タンパク質 | 分子量: 23117.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
#5: タンパク質 | 分子量: 27868.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1026.099 Da / 分子数: 1 / Fragment: NP-366 epitope (UNP residues 366-374) / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 参照: UniProt: Q9Q0U8 |
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-非ポリマー , 2種, 91分子
#6: 化合物 | ChemComp-EDO / |
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#7: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium/sodium tartrate, 0.1 M Bis-tris propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.02→44.27 Å / Num. obs: 28123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.53 |
反射 シェル | 解像度: 3.02→3.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / Num. unique obs: 2781 / CC1/2: 0.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 5SWZ 解像度: 3.02→44.27 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 63.18 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.49 Å | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.02→44.27 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.02→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0
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