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- PDB-7jvw: Crystal structure of human histone deacetylase 8 (HDAC8) G320R mu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jvw
タイトルCrystal structure of human histone deacetylase 8 (HDAC8) G320R mutation complexed with M344
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / Histone deacetylase / Cornelia de Lange Syndrome (CdLS)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / regulation of telomere maintenance / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway ...histone decrotonylase activity / histone deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / regulation of telomere maintenance / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / Hsp70 protein binding / negative regulation of protein ubiquitination / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HDACs deacetylate histones / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Hsp90 protein binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / regulation of protein stability / Separation of Sister Chromatids / heterochromatin formation / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B3N / : / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.40301779656 Å
データ登録者Osko, J.D. / Christianson, D.W. / Decroos, C. / Porter, N.J. / Lee, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of histone deacetylase 8 mutants associated with Cornelia de Lange Syndrome spectrum disorders.
著者: Osko, J.D. / Porter, N.J. / Decroos, C. / Lee, M.S. / Watson, P.R. / Raible, S.E. / Krantz, I.D. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2020年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,56610
ポリマ－86,6642
非ポリマー9028
水2,576143
1
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7835
ポリマ－43,3321
非ポリマー4514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7835
ポリマ－43,3321
非ポリマー4514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.980, 82.750, 94.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HD8


分子量: 43332.137 Da / 分子数: 2 / 変異: G320R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-B3N / 4-(dimethylamino)-N-[7-(hydroxyamino)-7-oxoheptyl]benzamide / M344 / M-344


分子量: 307.388 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N3O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5.3, 3% PEG1500, 4 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→82.75 Å / Num. obs: 31564 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.6910203953 Å2 / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.961 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 30670 / CC1/2: 0.578 / Rpim(I) all: 0.571 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3EWF

3ewf


解像度: 2.40301779656→48.9900201109 Å / SU ML: 0.381622707936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33674203891 / 位相誤差: 29.5397908894
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254332779861 1566 5.12484864352 %
Rwork0.195250273152 28991 -
obs0.198349862029 30557 96.818858718 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.6687983774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.40301779656→48.9900201109 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5376 0 50 143 5569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007770213140425599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.933757187347610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531953909583839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00601023546547967
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.597674280074425
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.404-2.48060.3633732737521440.2840912745412545X-RAY DIFFRACTION95.253276656
2.4806-2.56920.3696618609621450.2846493326492609X-RAY DIFFRACTION96.2600489339
2.5692-2.67210.3343417889141350.2790483098932623X-RAY DIFFRACTION95.4986149584
2.6721-2.79370.3199999550151400.2398280879192607X-RAY DIFFRACTION96.5893108298
2.7937-2.9410.3370730881341360.2171128459662624X-RAY DIFFRACTION96.7402733964
2.941-3.12520.2892052861671370.2071693852512630X-RAY DIFFRACTION97.1558988764
3.1252-3.36640.2523531158191390.1953603200242634X-RAY DIFFRACTION97.1278458844
3.3664-3.70510.2749035813091400.2056252973612648X-RAY DIFFRACTION97.2105997211
3.7051-4.2410.2193718517841410.1653046230382661X-RAY DIFFRACTION97.2916666667
4.241-5.34220.2020702670431630.1492540042322667X-RAY DIFFRACTION97.957770855
5.3422-48.980.1941902126261460.1663106756952743X-RAY DIFFRACTION97.8990172823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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