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- PDB-7jvs: Crystal Structure of an Essential Ribosomal Processing Protease P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jvs
タイトルCrystal Structure of an Essential Ribosomal Processing Protease Prp from S. aureus in complex with a Substrate Peptide
要素
  • L27 ribosomal peptide
  • Ribosomal-processing cysteine protease Prp
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / cysteine protease ribosomal protein L27
機能・相同性Cysteine protease Prp / Cysteine protease Prp superfamily / Cysteine protease Prp / peptidase activity / リボソーム / タンパク質分解 / NICKEL (II) ION / Predicted ribosomal protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wright, H.T. / Peterson, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21: NIH R21 AI109202 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of an Essential Ribosomal Processing Protease Prp from S. aureus in complex with a Substrate Peptide
著者: Wright, H.T. / Peterson, D. / Christie, G.
履歴
登録2020年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Ribosomal-processing cysteine protease Prp
C: L27 ribosomal peptide
D: Ribosomal-processing cysteine protease Prp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9466
ポリマ－24,8073
非ポリマー1393
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.552, 56.824, 130.278
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-202-

NI

-
要素

#1: タンパク質 Ribosomal-processing cysteine protease Prp / Ribosome-associated protein


分子量: 11699.790 Da / 分子数: 2 / 変異: C34S, N63Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: BN1321_260284, BTN44_03930, C7P97_01985, CSC87_06715, DD544_01544, DD547_01729, DDL17_04735, DQV20_11645, DQV53_09155, E3A28_00240, E3K14_08315, E4U00_05990, EP54_09330, EQ90_02345, ...遺伝子: BN1321_260284, BTN44_03930, C7P97_01985, CSC87_06715, DD544_01544, DD547_01729, DDL17_04735, DQV20_11645, DQV53_09155, E3A28_00240, E3K14_08315, E4U00_05990, EP54_09330, EQ90_02345, ERS072840_00776, FA040_12870, FVP29_06750, GF545_03610, GIX97_04380, GO677_13485, GO706_06595, GO746_11035, GO793_02925, GO793_12515, GO803_01985, GO805_05045, GO810_16085, GO821_00235, GO894_13395, GO915_03870, GO941_09805, HMPREF3211_01798, M1K003_1397, NCTC10654_01710, NCTC10702_02585, NCTC5664_03624, NCTC6133_02188, NCTC7878_03165, RK64_08805, SAMEA1029528_01686, SAMEA1029547_02076, SAMEA1029553_02519, SAMEA1469856_00607, SAMEA1469884_01223, SAMEA1531680_00288, SAMEA1531701_01205, SAMEA1964876_02447, SAMEA1965205_02481, SAMEA1966505_02490, SAMEA1969349_02416, SAMEA1969845_01676, SAMEA1971706_01055, SAMEA1972827_01838, SAMEA2076212_01600, SAMEA2076218_01666, SAMEA2076220_01752, SAMEA2076226_01556, SAMEA2076463_02381, SAMEA2076464_02394, SAMEA2076470_02431, SAMEA2076472_02346, SAMEA2076478_02402, SAMEA2076480_02456, SAMEA2076481_02468, SAMEA2076743_02501, SAMEA2076745_02445, SAMEA2076746_02444, SAMEA2076747_02486, SAMEA2076749_02400, SAMEA2076751_02425, SAMEA2076752_02493, SAMEA2076755_02464, SAMEA2076756_02514, SAMEA2076758_02521, SAMEA2076759_02515, SAMEA2076761_02557, SAMEA2076762_01945, SAMEA2076763_01877, SAMEA2076764_02486, SAMEA2076765_02396, SAMEA2077023_02451, SAMEA2077025_02500, SAMEA2077027_02451, SAMEA2077029_02463, SAMEA2077031_02497, SAMEA2077034_01994, SAMEA2077035_02483, SAMEA2077039_02486, SAMEA2077040_02404, SAMEA2077041_02447, SAMEA2077044_02452, SAMEA2077045_02427, SAMEA2077046_02417, SAMEA2077293_02510, SAMEA2077294_02438, SAMEA2077295_02425, SAMEA2077297_02396, SAMEA2077300_02477, SAMEA2077301_02476, SAMEA2077302_02443, SAMEA2077303_02458, SAMEA2077307_02357, SAMEA2078252_02489, SAMEA2078256_02457, SAMEA2078307_02502, SAMEA2078308_02409, SAMEA2078553_02399, SAMEA2078558_02472, SAMEA2078560_02496, SAMEA2078569_00046, SAMEA2078570_02413, SAMEA2078572_02514, SAMEA2078824_02435, SAMEA2079048_02570, SAMEA2079051_02465, SAMEA2079277_01808, SAMEA2079291_02682, SAMEA2079503_02553, SAMEA2079507_01005, SAMEA2079512_02667, SAMEA2079517_02674, SAMEA2079724_01337, SAMEA2079727_01612, SAMEA2079728_01943, SAMEA2079732_01656, SAMEA2079946_01624, SAMEA2079949_01591, SAMEA2079952_01419, SAMEA2079957_01912, SAMEA2079958_01822, SAMEA2079960_01835, SAMEA2079961_01609, SAMEA2079968_01340, SAMEA2080329_01468, SAMEA2080330_01912, SAMEA2080334_01932, SAMEA2080433_01740, SAMEA2080812_02522, SAMEA2080898_02518, SAMEA2080900_02445, SAMEA2080904_02459, SAMEA2080913_02507, SAMEA2081043_02492, SAMEA2081053_02569, SAMEA2081054_02533, SAMEA2081055_02521, SAMEA2081060_01823, SAMEA2081211_00857, SAMEA2081213_00881, SAMEA2081218_01649, SAMEA2081341_01341, SAMEA2081342_01612, SAMEA2081349_01864, SAMEA2081359_01619, SAMEA2081362_01623, SAMEA2081468_02419, SAMEA2081474_02496, SAMEA2081475_02467, SAMEA2081476_02433, SAMEA2081479_02517, SAMEA2081480_02464, SAMEA2081560_02361, SAMEA2081561_02437, SAMEA2081564_02416, SAMEA2081567_02404, SAMEA2081568_02500, SAMEA2081569_02476, SAMEA2081570_02367, SAMEA2081571_02441, SAMEA2081572_02441, SAMEA2081573_02444, SAMEA2081575_02417, SAMEA2081577_02472, SAMEA2081578_02440, SAMEA2081579_02464, SAMEA2081581_02376, SAMEA2081582_02553, SAMEA2081673_01456, SAMEA2081674_01693, SAMEA958766_01141, SAMEA958770_01541, SAMEA958772_01367, SAMEA958778_01377, SAMEA958779_02720, SAMEA958785_01190, SAMEA958793_01565, SAMEA958798_01254, SAMEA958804_01429, SAMEA958810_02901, SAMEA958836_01614, SAMEA958838_02812, SAMEA958845_01498, SAMEA958846_01744, SAMEA958848_02333, SAMEA958855_02126, SAMEA958858_02293, SAMEA958870_02489, SAMEA958898_01783, SAMEA958906_02170, SAMEA958924_01277, SAMEA958925_01299, SAMEA958951_01296, SAMEA958953_00896, SAMEA958961_01996, SAMEA958979_01146, SAMEA958987_02151, SAMEA958995_01155, SAST44_01826, SAST45_01804
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIL / 参照: UniProt: W8U5D2
#2: タンパク質・ペプチド L27 ribosomal peptide


分子量: 1407.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: amino terminal K acetylated carboxyl terminal G amidated
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 1000, Hepes, CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54056 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月17日 / 詳細: Varimax-HF Arc
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54056 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→28.84 Å / Num. obs: 9024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 40.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.3-2.3915.81.372.19410.820.3531.416100
8.61-28.8414.50.08424.82050.9980.0220.08798

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
CrysalisProデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PEO

4peo


解像度: 2.3→28.84 Å / SU ML: 0.268 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.8235
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 508 5.68 %
Rwork0.2244 8442 -
obs0.2266 8950 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1661 0 3 24 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01661687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53552298
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0976276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085304
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8764580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.530.31991170.25522066X-RAY DIFFRACTION99.23
2.53-2.90.35781320.26662079X-RAY DIFFRACTION99.64
2.9-3.650.28061190.23772102X-RAY DIFFRACTION99.51
3.65-28.840.22451400.20012195X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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