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- PDB-7jup: Structure of human TRPA1 in complex with antagonist compound 21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7jup
タイトルStructure of human TRPA1 in complex with antagonist compound 21
要素Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN/Antagonist / TRPA1 / channel / agonist / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-Antagonist complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of blood circulation / positive regulation of monoatomic anion transport / cellular response to food / temperature-gated cation channel activity / regulation of neuronal action potential / cellular response to carbon dioxide / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / urinary bladder smooth muscle contraction ...regulation of blood circulation / positive regulation of monoatomic anion transport / cellular response to food / temperature-gated cation channel activity / regulation of neuronal action potential / cellular response to carbon dioxide / osmolarity-sensing monoatomic cation channel activity / stereocilium bundle / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of pain / urinary bladder smooth muscle contraction / thermoception / cellular response to toxic substance / cellular response to caffeine / response to pain / calcium ion transmembrane import into cytosol / TRP channels / cellular response to cold / intracellularly gated calcium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / voltage-gated calcium channel activity / monoatomic ion transport / sensory perception of pain / response to cold / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / cellular response to hydrogen peroxide / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to heat / channel activity / protein homotetramerization / cell surface receptor signaling pathway / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VKM / Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Rohou, A. / Rouge, L.
引用ジャーナル: J Med Chem / 年: 2021
タイトル: Tetrahydrofuran-Based Transient Receptor Potential Ankyrin 1 (TRPA1) Antagonists: Ligand-Based Discovery, Activity in a Rodent Asthma Model, and Mechanism-of-Action via Cryogenic Electron Microscopy.
著者: Jack A Terrett / Huifen Chen / Daniel G Shore / Elisia Villemure / Robin Larouche-Gauthier / Martin Déry / Francis Beaumier / Léa Constantineau-Forget / Chantal Grand-Maître / Luce ...著者: Jack A Terrett / Huifen Chen / Daniel G Shore / Elisia Villemure / Robin Larouche-Gauthier / Martin Déry / Francis Beaumier / Léa Constantineau-Forget / Chantal Grand-Maître / Luce Lépissier / Stéphane Ciblat / Claudio Sturino / Yong Chen / Baihua Hu / Aijun Lu / Yunli Wang / Andrew P Cridland / Stuart I Ward / David H Hackos / Rebecca M Reese / Shannon D Shields / Jun Chen / Alessia Balestrini / Lorena Riol-Blanco / Wyne P Lee / John Liu / Eric Suto / Xiumin Wu / Juan Zhang / Justin Q Ly / Hank La / Kevin Johnson / Matt Baumgardner / Kang-Jye Chou / Alexis Rohou / Lionel Rougé / Brian S Safina / Steven Magnuson / Matthew Volgraf /
要旨: Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a nonselective calcium-permeable ion channel highly expressed in the primary sensory neurons functioning as a polymodal sensor for exogenous and ...Transient receptor potential ankyrin 1 (TRPA1) is a nonselective calcium-permeable ion channel highly expressed in the primary sensory neurons functioning as a polymodal sensor for exogenous and endogenous stimuli and has generated widespread interest as a target for inhibition due to its implication in neuropathic pain and respiratory disease. Herein, we describe the optimization of a series of potent, selective, and orally bioavailable TRPA1 small molecule antagonists, leading to the discovery of a novel tetrahydrofuran-based linker. Given the balance of physicochemical properties and strong target engagement in a rat AITC-induced pain assay, compound was progressed into a guinea pig ovalbumin asthma model where it exhibited significant dose-dependent reduction of inflammatory response. Furthermore, the structure of the TRPA1 channel bound to compound was determined via cryogenic electron microscopy to a resolution of 3 Å, revealing the binding site and mechanism of action for this class of antagonists.
履歴
登録2020年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22490
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
B: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
C: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
D: Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,0748
ポリマ－290,4894
非ポリマー1,5864
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Transient receptor potential cation channel subfamily A member 1 / Ankyrin-like with transmembrane domains protein 1 / Transformation-sensitive protein p120 / Wasabi receptor


分子量: 72622.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRPA1, ANKTM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75762
#2: 化合物
ChemComp-VKM / 1-({3-[(3R,5R)-5-(4-fluorophenyl)oxolan-3-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl}methyl)-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one


分子量: 396.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H17FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TRPA1 bound by antagonist compound 21 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris1
2150 mMNaClNaCl1
30.5 mMTCEP1
試料濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Solarus plasma cleaner / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Triple blot. Put blot in vitroblot Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually Apply 3.5ul to grid, wait 30sec, blot manually, apply final 3.5ul, final blot by vitrobot (3.5s)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.6 sec. / 電子線照射量: 41.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8915
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cisTEM1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cisTEMCTF補正
7Cootモデルフィッティング
8ISOLDEモデルフィッティング
10cisTEM初期オイラー角割当
11cisTEM最終オイラー角割当
12cisTEM分類3D reconstruction
13cisTEM３次元再構成
14PHENIX３次元再構成density modification
15PHENIXモデル精密化
16Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 395169
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 101265 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: No data beyond 4.4 A were used during refinement. / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6X2J

6x2j


Accession code: 6X2J / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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