PDB-7juj: Cruzain bound to Gallinamide inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7juj

タイトル

Cruzain bound to Gallinamide inhibitor

要素

Cruzipain

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cysteine protease / Cruzain / Gallinamide / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cruzipain / proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Silva, E.B. / Sharma, V. / Alvarez, L.H. / Gerwick, W.H. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Intramolecular Interactions Enhance the Potency of Gallinamide A Analogues against Trypanosoma cruzi .
著者: Barbosa Da Silva, E. / Sharma, V. / Hernandez-Alvarez, L. / Tang, A.H. / Stoye, A. / O'Donoghue, A.J. / Gerwick, W.H. / Payne, R.J. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.

履歴

登録	2020年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7juj.cif.gz	502.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7juj.ent.gz	418.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7juj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7juj_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7juj_full_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示
XML形式データ	7juj_validation.xml.gz	51.5 KB	表示
CIF形式データ	7juj_validation.cif.gz	69.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/7juj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7s18C 7s19C 3kkuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7juj-5 1me4-d 1f29-3 1f2a-d 3s68-d 1gec-d 3lxs-1 5qc4-1 1khq-d 1f29-1 4w5c-2 2h5o-1 5qc0-2 1u9q-d 3hvj-2 4klb-3 1aec-d 4w5b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (13)

登録構造単位

A: Cruzipain

B: Cruzipain

C: Cruzipain

D: Cruzipain

E: Cruzipain

F: Cruzipain

ヘテロ分子

140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Cruzipain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
23.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.850, 139.850, 163.150
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-441- HOH

#1: タンパク質	Cruzipain / Cruzaine / Major cysteine proteinase 分子量: 22715.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: S of CYS25 forms covalent bond with gallinamide 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ARCTIC EXPRESS / 参照: UniProt: P25779, cruzipain
#2: 化合物	ChemComp-GN9 / gallinamide A, bound form / (2S)-1-{[(2S)-1-({(2S)-5-[(2S)-3-methoxy-2-methyl-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-5-oxopentan-2-yl}amino)-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-4-methyl-1-oxopentan-2-yl N,N-dimethyl-L-isoleucinate 分子量: 594.783 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₅₄N₄O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.67 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.7 詳細: 0.82 M Potassium phosphate, pH 9.7; 0.01 M Betaine hydrochloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Liquid Nitrogen flow / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→9.84 Å / Num. obs: 82446 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0.43 / 冗長度: 26.6 % / B_iso Wilson estimate: 57.29 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_sym value: 0.33 / Χ²: 99.8 / Net I/σ(I): 11.83
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 26.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.43 / Num. unique obs: 6011 / CC_1/2: 0.212 / R_sym value: 8.826 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KKU

3kku

解像度: 2.2→9.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 18.884 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2665	4150	5 %	RANDOM
R_work	0.2013	-	-	-
obs	0.2047	78166	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.34 Å² / B_iso mean: 64.595 Å² / B_iso min: 35.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→9.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9552	0	266	233	10051
B_iso mean	-	-	90.61	52.51	-
残基数	-	-	-	-	1290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	10136
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.816	1.942	13908
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.882	3.003	20986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.801	5	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.126	25.694	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.269	15	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.714	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11791
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2268

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.494	281	-
R_work	0.431	5695	-
all	-	5976	-
obs	-	-	99.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7025	-0.4769	0.4967	1.9885	-1.1358	4.5642	-0.006	-0.1395	0.2047	0.1114	-0.0272	-0.103	-0.4664	0.1569	0.0331	0.1187	0.0027	0.0379	0.0839	-0.0355	0.0613	147.124	22.173	20.718
2	2.3205	1.0989	-1.135	2.9308	-1.1093	2.6465	-0.0485	0.4887	0.0263	-0.2501	0.2178	0.2906	0.236	-0.7309	-0.1693	0.1166	0.0108	-0.0373	0.4311	0.0006	0.0493	117.55	-0.326	23.519
3	2.0451	0.2811	-0.7506	2.2766	-0.2307	3.5473	0.0595	0.0661	-0.0921	0.0716	-0.0093	-0.2866	0.3383	0.4886	-0.0502	0.157	0.0621	-0.0428	0.2408	-0.0965	0.11	144.241	61.41	23.118
4	1.5178	0.2465	-0.1361	2.6524	0.2856	2.3429	0.0683	0.0661	0.0906	-0.0421	-0.0645	0.2141	-0.0396	-0.4107	-0.0038	0.0666	0.0666	0.0023	0.1659	-0.0343	0.0569	120.391	60.564	2.751
5	1.6105	-1.0329	-0.0897	2.8201	0.4274	1.4916	0.0777	0.2051	-0.1386	-0.2857	-0.1242	0.1278	-0.0132	-0.0536	0.0466	0.142	0.0029	0.014	0.1141	-0.0218	0.0298	131.578	28.6	-12.66
6	4.4969	-0.719	-0.258	1.8998	-0.6074	3.5226	0.0508	-0.2224	-0.9929	0.0066	0.1666	0.3363	0.1729	-0.363	-0.2174	0.3285	-0.008	-0.0428	0.6827	0.1667	0.5947	102.299	20.058	-2.913

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 215
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	301

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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